Quels sont les trois types de microbiome ? Guide pratique
Quels sont les trois types de microbiome ? Il n’existe pas une liste universelle de trois types, car le microbiome peut être décrit selon la partie du corps concernée, les micro-organismes présents ou leurs fonctions. Pour une première approche, on distingue généralement le microbiome intestinal, le microbiome oral et le microbiome cutané. Le microbiome des voies respiratoires et celui du système génito-urinaire sont également étudiés.
Dans cet article, vous apprendrez à différencier ces grands écosystèmes, à comprendre les termes microbiote et microbiome, à identifier les habitudes qui peuvent soutenir le microbiote intestinal et à interpréter les informations issues d’un test avec prudence.
Microbiote et microbiome : quelle différence ?
Le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement donné : bactéries, archées, champignons, virus et autres organismes microscopiques. Le terme microbiome est souvent utilisé pour parler de l’ensemble formé par ces micro-organismes, leurs gènes et leur environnement. Dans l’usage courant, les deux mots sont parfois employés comme des synonymes, mais cette distinction aide à mieux comprendre les articles scientifiques.
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Par exemple, le microbiote intestinal correspond aux organismes présents dans l’intestin. Le microbiome intestinal peut désigner cet écosystème dans son ensemble, y compris les gènes et les fonctions qu’il peut porter. Les définitions varient légèrement selon les sources et les méthodes d’analyse.
Les trois grands microbiomes du corps
1. Le microbiome intestinal
Le microbiome intestinal se trouve principalement dans le côlon, où les micro-organismes sont particulièrement nombreux. Il participe à la fermentation de certaines fibres, à la production de composés comme les acides gras à chaîne courte et aux interactions avec la barrière intestinale et le système immunitaire. Ces fonctions ne dépendent pas d’une seule bactérie, mais d’un réseau d’espèces et de leurs interactions.
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La composition du microbiote intestinal varie d’une personne à l’autre. Elle peut être influencée par l’alimentation, l’âge, l’environnement, le sommeil, le stress, les infections et certains médicaments. Une variation dans un échantillon ne signifie pas automatiquement qu’un problème de santé est présent.
2. Le microbiome oral
Le microbiome oral regroupe les micro-organismes de la bouche, notamment ceux présents sur la langue, les dents, les gencives et la salive. Il est influencé par l’hygiène bucco-dentaire, l’alimentation, la salive, le tabac et certains traitements. Son équilibre est surtout étudié dans le contexte de la santé bucco-dentaire.
Une bonne hygiène quotidienne et un suivi régulier auprès d’un professionnel dentaire restent les moyens de référence pour prendre soin de la bouche. Un test du microbiome intestinal ne permet pas d’évaluer directement le microbiome oral.
3. Le microbiome cutané
Le microbiome cutané vit à la surface de la peau et varie selon la zone du corps, l’humidité, la température, l’âge et les produits utilisés. Il interagit avec la barrière cutanée et l’environnement. La peau n’a pas la même communauté microbienne sur le visage, les mains ou le cuir chevelu.
Les produits doux et adaptés au type de peau peuvent aider à préserver la barrière cutanée. Il n’est toutefois pas nécessaire de rechercher une peau totalement exempte de micro-organismes : leur présence est normale et fait partie de l’écosystème cutané.
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Les expressions flore intestinale, communautés microbiennes et composition du microbiote ne désignent pas trois types séparés. Elles correspondent plutôt à trois manières de décrire le même écosystème intestinal.
- Flore intestinale : expression courante pour parler du microbiote intestinal. Le mot flore est pratique, mais microbiote est plus précis, car les micro-organismes ne sont pas des plantes.
- Communautés microbiennes : ensemble d’organismes qui coexistent et interagissent par la compétition, la coopération et les échanges de nutriments.
- Composition du microbiote : répartition des micro-organismes observés dans un échantillon, leur abondance relative et, selon la méthode, certaines fonctions génétiques potentielles.
Cette distinction évite de confondre un lieu, une communauté et une mesure. Elle explique aussi pourquoi deux analyses peuvent donner des résultats différents selon l’échantillon, la méthode et le moment du prélèvement.
Comment fonctionne une communauté microbienne ?
Dans l’intestin, les micro-organismes ne fonctionnent pas isolément. Certains dégradent des fibres et produisent des métabolites que d’autres utilisent. D’autres occupent des niches ou contribuent à la résistance de l’écosystème face à certaines perturbations. La diversité des espèces peut être intéressante, mais elle ne suffit pas à définir un microbiote sain : les fonctions, le contexte et les symptômes de la personne doivent aussi être pris en compte.
Les scientifiques étudient notamment la diversité, l’abondance relative, les gènes présents et les métabolites produits. Ces indicateurs décrivent un échantillon à un moment donné ; ils ne constituent pas, à eux seuls, un diagnostic médical.
Quels aliments sont bons pour le microbiome intestinal ?
Il n’existe pas un aliment unique qui rééquilibre le microbiote de tout le monde. Une alimentation variée apporte toutefois différents substrats aux micro-organismes intestinaux et peut contribuer à soutenir leur diversité.
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- Variez les légumes, les fruits, les légumineuses, les céréales complètes, les noix et les graines selon votre tolérance.
- Augmentez les fibres progressivement et buvez suffisamment, car un changement brutal peut provoquer des ballonnements.
- Privilégiez une alimentation peu transformée et diversifiée plutôt qu’une liste d’aliments prétendument indispensables.
- Les aliments fermentés, comme le yaourt nature, le kéfir, la choucroute ou le kimchi, peuvent convenir à certaines personnes. Vérifiez leur composition et commencez par de petites quantités si vous les tolérez mal.
En cas de maladie digestive, d’allergie, de régime médical ou de symptômes persistants, demandez conseil à un médecin ou à un diététicien avant de modifier fortement votre alimentation. Les probiotiques et les compléments ne sont pas automatiquement nécessaires et leurs effets peuvent varier selon les produits et les personnes.
Quels sont les symptômes d’un mauvais microbiote ?
Le terme mauvais microbiote est simplificateur : il n’existe pas un profil unique permettant de définir la santé de toutes les personnes. Des symptômes comme les ballonnements, les douleurs abdominales, la diarrhée ou la constipation peuvent avoir de nombreuses causes et ne permettent pas, à eux seuls, de conclure à une dysbiose.
Si des troubles digestifs sont persistants, importants, s’aggravent ou s’accompagnent de sang dans les selles, de fièvre, de vomissements répétés, d’une perte de poids involontaire ou d’une douleur intense, consultez rapidement un professionnel de santé. Un test du microbiote ne doit pas remplacer un examen médical.
Comment analyse-t-on le microbiome intestinal ?
Un test du microbiome intestinal repose généralement sur un échantillon de selles. L’ADN microbien peut être étudié par séquençage ciblé, comme le séquençage 16S, ou par métagénomique. Le séquençage 16S fournit surtout des informations sur certaines bactéries, tandis que la métagénomique peut donner une vision plus large des gènes détectés. Chaque méthode possède ses limites.
Un résultat peut aider à explorer la composition microbienne d’un échantillon et à réfléchir à des habitudes générales, mais il ne permet pas nécessairement de mesurer toutes les espèces présentes ni de prédire l’état de santé futur. Les résultats doivent être lus avec le contexte clinique, l’alimentation et les symptômes, idéalement avec l’aide d’un professionnel qualifié.
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Questions fréquentes
Qu’est-ce qu’un microbiome ?
Le microbiome désigne généralement l’écosystème formé par les micro-organismes d’un environnement, ainsi que leur matériel génétique et leurs interactions. Il peut être intestinal, oral, cutané ou situé dans une autre partie du corps.
Quelle est la différence entre microbiote et microbiome ?
Le microbiote correspond principalement aux micro-organismes présents dans un environnement. Le microbiome est souvent employé dans un sens plus large, incluant leurs gènes et leurs fonctions. Dans le langage courant, les deux termes sont parfois interchangeables.
Quels sont les aliments bons pour le microbiome ?
Une alimentation variée, riche en fibres et adaptée à votre tolérance peut soutenir le microbiote intestinal. Les légumes, fruits, légumineuses et céréales complètes sont des exemples courants. Les aliments fermentés peuvent aussi convenir à certaines personnes, sans être obligatoires.
Quels sont les symptômes d’un mauvais microbiote ?
Les troubles digestifs peuvent être associés à de nombreux facteurs et ne suffisent pas à identifier un déséquilibre du microbiote. En cas de symptômes persistants, sévères ou inquiétants, consultez un professionnel de santé plutôt que de vous fier à un autotest seul.