Gallensäuren beginnen in der Leber, reisen dann in den Dünndarm, um Fette zu verdauen. Nachdem sie ihre Aufgabe erfüllt haben, gelangen große Teile der Gallensäure-Mischung in den Dickdarm, wo Darmbakterien sie verändern können.
Im Dickdarm wandeln einige Bakterien primäre Gallensäuren durch Enzyme um, die deren Struktur verändern, in sekundäre Gallensäuren. Dieser Schritt kann auch beeinflussen, wie Gallensäuren resorbiert werden und wie lange sie im Darm verbleiben.
Da Gallensäuren die Darmumgebung prägen, können sekundäre Gallensäuren beeinflussen, welche Mikroben gedeihen. Diese Mikroben verändern wiederum Gallensäuren und schaffen so eine Rückkopplung zwischen Gallensäurechemie und Mikrobiom.