Qu'est-ce que le microbiome ? Définition et aliments utiles
Qu'est-ce que le microbiome ? Le microbiome est l'ensemble formé par les micro-organismes présents dans un environnement, leurs gènes et les conditions de vie de cet environnement. Dans l'intestin, cet écosystème comprend notamment des bactéries, mais aussi des champignons et des virus. Pour le soutenir au quotidien, les habitudes les plus utiles sont généralement une alimentation variée, suffisamment riche en fibres, et une introduction progressive des changements alimentaires.
Réponse courte : le microbiote désigne la communauté de micro-organismes elle-même. Le microbiome est un terme plus large qui peut inclure ces micro-organismes, leurs gènes et leur environnement. Dans l'usage courant, les deux mots sont parfois employés comme des synonymes, mais cette distinction aide à mieux comprendre le sujet.
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Microbiote et microbiome : quelle différence ?
Le microbiote correspond aux organismes vivants qui occupent un environnement donné, comme l'intestin, la peau ou la bouche. Le microbiome décrit l'écosystème dans son ensemble : les micro-organismes, leur matériel génétique, leurs interactions et leur habitat. Selon les sources scientifiques, le mot microbiome peut être utilisé avec une définition légèrement différente, mais l'idée générale reste la même.
| Terme | Ce qu'il désigne | Image simple |
|---|---|---|
| Microbiote | La communauté de micro-organismes présents dans un milieu. | Les habitants d'une ville. |
| Microbiome | La communauté, ses gènes et son environnement, selon la définition retenue. | La ville entière, avec ses habitants et son fonctionnement. |
À retenir : le microbiote représente surtout les habitants ; le microbiome représente l'écosystème plus large. On parle souvent de microbiote intestinal pour désigner les micro-organismes du tube digestif et de microbiome intestinal lorsqu'on s'intéresse également à leurs gènes et à leur environnement.
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Quel est le rôle du microbiome intestinal ?
Le microbiome intestinal interagit avec les aliments, la paroi digestive et l'organisme. Son fonctionnement varie d'une personne à l'autre et peut évoluer avec l'alimentation, l'âge, le mode de vie, certains médicaments et d'autres facteurs. Parmi ses fonctions étudiées, on peut citer :
- La transformation des fibres : certaines bactéries utilisent des fibres que l'organisme humain digère difficilement et produisent des composés comme des acides gras à chaîne courte.
- Les interactions avec la barrière intestinale : les micro-organismes participent à un environnement intestinal complexe, sans que cela permette de prédire à lui seul l'état de santé d'une personne.
- Les interactions avec le système immunitaire : le microbiote intestinal contribue à son éducation et à son fonctionnement normal, mais il ne remplace pas les défenses de l'organisme ni un traitement médical.
- Les échanges avec l'organisme : l'intestin communique avec d'autres systèmes, notamment par l'axe intestin-cerveau. Les recherches continuent d'en préciser les effets et les limites.
Quels aliments sont bons pour le microbiome ?
Aucun aliment ne convient de la même manière à tout le monde. Pour soutenir la diversité alimentaire et fournir des substrats aux micro-organismes intestinaux, privilégiez surtout une alimentation variée et peu centrée sur les produits ultra-transformés.
1. Varier les sources de fibres
Les fibres sont présentes dans les légumes, les fruits, les légumineuses, les noix, les graines et les céréales complètes. Une variété de végétaux fournit différents types de fibres et peut contribuer à nourrir différentes populations microbiennes.
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- Légumineuses comme les lentilles, les pois chiches et les haricots ;
- Avoine, pain complet et autres céréales complètes ;
- Fruits, noix et graines, selon les goûts et la tolérance digestive.
2. Découvrir les aliments fermentés
Le yaourt nature, le kéfir, le miso ou certains légumes fermentés comme la choucroute peuvent s'intégrer à une alimentation équilibrée. Leur composition varie selon le produit et le procédé de fabrication. La présence de micro-organismes vivants n'est donc pas garantie dans tous les aliments fermentés, notamment après certains traitements.
3. Inclure des aliments riches en polyphénols
Les baies, les olives, les noix, le thé et le cacao peu sucré contiennent des polyphénols. Ils peuvent compléter une alimentation diversifiée, sans être considérés comme un traitement ou une solution unique pour le microbiome.
Comment augmenter les fibres sans inconfort ?
- Ajoutez progressivement un nouvel aliment riche en fibres.
- Augmentez les portions selon votre tolérance et vos habitudes.
- Buvez suffisamment, sauf contre-indication médicale.
- Observez votre confort digestif plutôt que de suivre une liste d'aliments obligatoire.
Une augmentation trop rapide des fibres peut provoquer des ballonnements ou des gaz chez certaines personnes. En cas de maladie digestive connue, d'intolérance ou de symptômes persistants, demandez conseil à un professionnel de santé.
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Quels sont les symptômes d'un mauvais microbiote ?
Il n'existe pas de liste fiable de symptômes permettant, à elle seule, de diagnostiquer un « mauvais microbiote ». Des ballonnements, des changements du transit, des douleurs abdominales ou une digestion inconfortable peuvent avoir de nombreuses causes, et leur présence ne prouve pas un déséquilibre du microbiote.
Si des symptômes sont persistants, intenses, s'aggravent ou s'accompagnent de signes préoccupants, consultez un médecin. Un test du microbiome ne suffit pas nécessairement à expliquer des symptômes ni à orienter seul un traitement. N'arrêtez pas un médicament et ne modifiez pas un traitement sans avis médical.
Questions fréquentes sur le microbiome
Qu'est-ce qu'un microbiome ?
Le microbiome est l'écosystème associé à une communauté de micro-organismes. Dans l'intestin, il peut désigner les micro-organismes, leurs gènes et leur environnement, selon la définition utilisée. Les bactéries y sont nombreuses, mais elles ne sont pas les seuls organismes concernés.
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Le microbiote désigne principalement les micro-organismes présents dans un milieu. Le microbiome est un concept plus large qui peut englober le microbiote, ses gènes et son environnement. Dans les articles grand public, les deux termes sont parfois utilisés de façon interchangeable.
Quels sont les aliments bons pour le microbiome ?
Les aliments riches en fibres, comme les légumes, les fruits, les légumineuses et les céréales complètes, sont de bons points de départ. Les aliments fermentés tels que le yaourt nature, le kéfir ou certains légumes fermentés peuvent aussi trouver leur place dans une alimentation variée. Introduisez les fibres progressivement si votre digestion est sensible.
Quels sont les symptômes d'un mauvais microbiote ?
Des troubles digestifs peuvent être associés à de nombreuses situations et ne permettent pas d'identifier seuls un microbiote déséquilibré. En cas de symptômes durables, sévères ou inhabituels, demandez un avis médical plutôt que de vous auto-diagnostiquer à partir d'un test ou d'une liste de symptômes.