Mikrobiom-Analysetechniken: Von 16S bis Metagenomik

Die Erforschung von Microbiomanalysentechniken von 16S bis Metagenomik eröffnet ein Spektrum an experimentellen Designs und Dateninterpretationen. In der Praxis wählen Forscher zwischen gezielter 16S rRNA-Gensequenzierung zur Bakterienprofilerstellung und Whole-Genome-Shotgun-Metagenomik-Ansätzen, um Gene und Wege zu erfassen. Diese Seite skizziert Sequenzierungsarbeitsschritte, wichtige bioinformatische Tipps und Fallstudien aus der Praxis, um Ihre Forschung zu verbessern. Sie lernen, wie Sie die Probenentnahme, DNA-Extraktion, Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierungsdurchläufe planen sowie wie Sie nachgelagerte Analysen an Ihre wissenschaftlichen Fragestellungen anpassen. Die Sequenzierungsarbeitsschritte für Microbiomanalysen variieren je nach Ansatz. Bei 16S führen Sie Amplifikationssequenzierungen des 16S rRNA-Gens durch, gefolgt von Datenverarbeitung mit DADA2 oder Deblur, um Amplicon-Sequenzvarianten (ASVs) zu erzeugen, gefolgt von taxonomischer Zuordnung mit SILVA oder Greengenes. Für Shotgun-Metagenomik erfolgt eine ungezielte Sequenzierung, um sowohl taxonomische als auch funktionale Signale zu erfassen, mit Tools wie Kraken2 oder MetaPhlAn3 für taxonomische Profile und HUMAnN3 für funktionale Wege. Wichtige bioinformatische Tipps umfassen strenge Qualitätskontrolle, Kontaminantenprüfung, richtige Normalisierung, Rarefaktion oder varianzstabilisierende Transformationen sowie eine durchdachte Abwägung zwischen Breite und Tiefe. Praktische Hinweise zu Reproduzierbarkeit, versionierten Workflows und containerisierten Umgebungen helfen, Ihre Ergebnisse robust und austauschbar zu gestalten. InnerBuddies bietet ein White-Label-Gut-Gesundheits-Operationssystem, das für die Skalierung von Microbiom-Tests entwickelt wurde. Die modulare Plattform beinhaltet einen Gut Microbiome Health Index (eine Punktzahl von 0–100), der aus einer exklusiven IP-Vereinbarung mit der EAFIT-Universität in Kolumbien stammt und eine standardisierte Gesundheitsbewertung über Kohorten hinweg bietet. Sie präsentiert auch Bakterien-Abständigkeiten mit einem Top-40-Bakterienpanel und vergleichende Einblicke gegen eine gesunde Kohorte sowie Bakterien-Funktionen, die metabolische Aktivitäten als positiv oder negativ kategorisieren, inklusive Kohorten-Benchmarks. Das Target Group Analysis geht über generische Zusammenfassungen hinaus und hebt Wege hervor, die für gesundes Altern, Ausdauer- und Kraftsport, Haut- & Haargesundheit sowie andere Verbraucher-Nischen relevant sind. Für ernährungsgetriebene Interventionen bietet Personalisiertes Ernährungsberatung, die 3-Tage-Futtertagebücher mit Stuhl-Daten abstimmt, um diätetische Empfehlungen zu individualisieren. Zur Unterstützung bei Probio- und Prebiotika empfiehlt es sich, Bakterienstämme, die auf den Mikrobiom-Profilen abgestimmt sind, gezielt auszuwählen. Mehr über InnerBuddies’ Microbiom-Test und dessen Einbindung in Ihre Produktentwicklung erfahren Sie auf der InnerBuddies Microbiom-Test-Produktseite. Für kontinuierliches Engagement bietet die Gut Health Membership ein Abonnement für Einblicke und Updates. Für Partnerschaften besuchen Sie die Partner-werden-Seite, um B2B-Kooperationen zu erkunden. Egal, ob Sie in der Wissenschaft, Industrie oder im Gesundheitswesen tätig sind, die Integration robuster Microbiomanalysentechniken mit einer skalierbaren Plattform kann Entdeckungen und Produktentwicklungen beschleunigen. Fallstudien zu gesundem Altern, Ausdauersport, Hautgesundheit und mehr zeigen, wie 16S- und Metagenomik-Insights in umsetzbare Strategien umgesetzt werden können. Wenn Sie praktische Arbeitsabläufe, Tipps zur Datenanalyse und reale Anwendungen erkunden möchten, können diese Ressourcen Ihnen helfen, die Grenzen Ihrer Microbiom-Forschung zu erweitern.