Définition d’un phylum : classification et microbiomes
En bref : la définition d’un phylum est celle d’un rang de classification biologique, généralement appelé embranchement en français. Il regroupe des organismes partageant des caractéristiques évolutives et un plan d’organisation général. En microbiologie, parler de phylums bactériens permet de décrire de grands ensembles de bactéries, notamment dans le microbiome intestinal et le microbiome du sol.
Cette notion aide à organiser la diversité du vivant, mais elle ne suffit pas à prédire précisément le rôle d’une bactérie, son innocuité ou son effet sur la santé. Pour cela, il faut examiner des niveaux plus précis, comme le genre et l’espèce, ainsi que le contexte écologique.
Phylum : définition simple
Un phylum est un rang de la taxonomie biologique. En français, le terme traditionnel correspondant est embranchement. Il se situe généralement entre le règne et la classe dans la présentation classique de la classification du vivant.
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Un phylum rassemble des organismes qui partagent un ancêtre commun et des caractéristiques générales liées à leur évolution. Chez les animaux, par exemple, l’être humain appartient au phylum des Chordés, ou Chordata. Les Chordés possèdent notamment une notochorde à un stade de leur développement, même si cette structure est transformée ou remplacée chez certains groupes.
Quelle est la place du phylum dans la classification du vivant ?
La classification biologique va du plus général au plus précis. Les catégories peuvent varier selon les organismes et les systèmes utilisés, mais les sept niveaux classiques sont les suivants :
- Règne : Animalia, par exemple.
- Embranchement ou phylum : Chordata chez l’être humain.
- Classe : Mammalia, les mammifères.
- Ordre : Primates.
- Famille : Hominidae.
- Genre : Homo.
- Espèce : Homo sapiens.
Dans les classifications modernes, le domaine est souvent ajouté au-dessus du règne. La taxonomie peut aussi employer des rangs intermédiaires, comme le sous-embranchement ou la sous-classe. Le phylum reste donc une catégorie large, utile pour comprendre les relations générales entre groupes d’organismes.
Phylum ou embranchement : quel terme utiliser en français ?
Embranchement est le terme français traditionnel pour désigner un phylum. Le mot anglais phylum est toutefois très courant dans les publications scientifiques et les contenus de microbiologie. En français, on rencontre aussi le pluriel phylums. Le pluriel latin phyla peut également être utilisé dans un contexte spécialisé.
Ces termes désignent le même niveau de classification. Il ne faut pas le confondre avec une famille ou une espèce : un phylum regroupe un ensemble beaucoup plus vaste d’organismes.
Que signifie un phylum chez les bactéries ?
Chez les bactéries, un phylum regroupe de nombreuses lignées définies principalement à partir de leurs relations évolutives et de leurs caractéristiques génétiques. Les noms et les limites de certains groupes peuvent évoluer avec les progrès de la génomique. On voit par exemple les noms Firmicutes et Bacillota employés selon les bases de données ou les conventions taxonomiques.
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Phylums bactériens communs à la rhizosphère et à l’intestin
La rhizosphère est la zone du sol directement influencée par les racines d’une plante. Elle contient une communauté microbienne façonnée par les racines, la matière organique, l’humidité et les propriétés du sol. Certains grands phylums bactériens observés dans la rhizosphère se retrouvent également dans le microbiome intestinal humain.
Cette ressemblance indique surtout que des groupes très anciens et très diversifiés peuvent être présents dans plusieurs écosystèmes. Elle ne signifie pas que les mêmes espèces vivent dans les deux milieux, ni qu’elles y remplissent exactement les mêmes fonctions.
Bacteroidota
Les Bacteroidota comprennent des bactéries capables de participer à la dégradation de nombreuses molécules organiques. Dans l’intestin, certaines espèces contribuent à la transformation de glucides complexes. Dans le sol, des membres de ce phylum participent à la décomposition de la matière organique. Ces fonctions dépendent toutefois des espèces présentes et des conditions de chaque environnement.
Firmicutes ou Bacillota
Les Firmicutes, aussi appelés Bacillota dans certaines nomenclatures, forment un groupe très vaste. Plusieurs de ses membres sont courants dans le microbiome intestinal, tandis que d’autres vivent dans le sol et participent à la décomposition ou à la formation de spores. Le rapport entre Firmicutes et Bacteroidota a parfois été utilisé dans des études sur le microbiome, mais il ne constitue pas un indicateur universel ou un outil de diagnostic à lui seul.
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Actinobacteria
Les Actinobacteria sont présents dans de nombreux sols et comprennent des bactéries impliquées dans la transformation de composés organiques. Certaines lignées sont étudiées pour les molécules qu’elles produisent. Dans l’intestin, des membres de ce phylum, comme les bifidobactéries, font partie de la communauté microbienne de certaines personnes. Leur rôle varie selon les espèces et le contexte.
Proteobacteria
Les Proteobacteria regroupent des bactéries très diverses, présentes dans les sols, l’eau, les plantes et les animaux. Certaines participent à des cycles biogéochimiques, notamment au cycle de l’azote. D’autres peuvent être associées à des infections dans des circonstances particulières. La simple détection de ce phylum ne permet pas de conclure qu’une bactérie est bénéfique ou dangereuse.
Ce que cette comparaison permet de comprendre
Comparer la rhizosphère et l’intestin montre que les microbiomes sont des écosystèmes dynamiques. Dans les deux cas, les bactéries interagissent avec leur environnement, utilisent des ressources disponibles et participent à la transformation de la matière. Toutefois, la température, le pH, l’oxygène, les nutriments et les autres organismes diffèrent fortement entre le sol et l’intestin.
Il est donc préférable de parler de phylums partagés ou de groupes taxonomiques communs plutôt que de transfert direct entre les deux écosystèmes. Une bactérie du sol ne colonise pas nécessairement l’intestin, et la présence d’un groupe dans un légume ou un sol ne garantit pas un effet particulier sur la santé.
Comment soutenir son microbiome intestinal au quotidien ?
Pour une personne en bonne santé, une alimentation variée contenant des sources de fibres est généralement une manière raisonnable de favoriser un environnement intestinal diversifié. Il peut être utile de varier progressivement les légumes, fruits, légumineuses, céréales complètes, noix et graines selon ses préférences et sa tolérance.
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- Boire suffisamment selon ses besoins et les recommandations de son professionnel de santé.
- Laver les fruits et légumes conformément aux recommandations de sécurité alimentaire.
- Éviter de consommer de la terre ou des aliments mal lavés : un sol sain n’est pas synonyme d’absence de microbes indésirables.
Ces conseils généraux ne remplacent pas un avis médical. En cas de symptômes digestifs persistants, sévères ou qui s’aggravent, mieux vaut consulter un professionnel de santé.
FAQ sur la définition d’un phylum
Que signifie phylum en français ?
En français, phylum signifie principalement embranchement. Il s’agit d’un rang taxonomique situé, dans la hiérarchie classique, entre le règne et la classe.
Quelle est la définition de la notion de phylum ?
Un phylum est une catégorie de la classification biologique qui regroupe des organismes partageant une histoire évolutive et des caractéristiques générales communes. C’est un niveau large : pour identifier plus précisément un organisme, on utilise ensuite des rangs comme la classe, l’ordre, la famille, le genre et l’espèce.
À retenir
- Un phylum est aussi appelé embranchement en français.
- Il se situe traditionnellement entre le règne et la classe.
- Les phylums bactériens regroupent des lignées très diverses.
- Certains phylums sont présents à la fois dans la rhizosphère et le microbiome intestinal.
- Un phylum commun ne signifie ni espèces identiques ni fonctions identiques.