Qu'est-ce qu'un Phylum ? Définition, Classification et Exemples dans le Microbiome

Dans l'étude de la biologie, la taxonomie est essentielle pour classer et comprendre les liens entre les organismes vivants. Le phylum (ou embranchement) est l'un des niveaux clés de cette classification. Mais quelle est sa définition exacte, et comment se situe-t-il dans la hiérarchie taxonomique ? Plus important pour notre santé, comment ce concept nous aide-t-il à comprendre les similitudes entre le microbiome de notre intestin et celui du sol ? Cet article répond à ces questions de manière claire et détaillée, en commençant par les bases.

Qu'est-ce qu'un phylum ? Définition simple

Un phylum (pluriel : phylums ou phyla) est un niveau de classification dans la taxonomie biologique, le système qui organise le vivant. Il se situe entre le règne (comme le règne animal) et la classe.

Pour faire simple, un phylum regroupe des organismes qui partagent un plan d'organisation corporel fondamental et descendent d'un ancêtre commun. Par exemple, tous les animaux du phylum des Chordés possèdent, à un stade de leur développement, une structure dorsale rigide appelée notochorde.

Les 7 niveaux de classification taxonomique

Pour bien comprendre la place du phylum, voici les sept niveaux principaux de classification, du plus général au plus spécifique, en prenant l'exemple de l'être humain :

Niveau	Exemple pour l'Humain
Règne	Animal (Animalia)
Embranchement (Phylum)	Chordés (Chordata)
Classe	Mammifères (Mammalia)
Ordre	Primates
Famille	Hominidés (Hominidae)
Genre	Homo
Espèce	Homo sapiens

Le phylum se situe donc au deuxième niveau, ce qui en fait une catégorie large et fondamentale pour regrouper des formes de vie ayant des caractéristiques évolutives communes.

Phylum humain et application aux bactéries

L'être humain (Homo sapiens) appartient au phylum des Chordés. Dans le contexte des microbiomes, on parle de phylums bactériens pour classer les micro-organismes. Ces phylums regroupent des bactéries partageant des caractéristiques génétiques et métaboliques essentielles. Les principaux phylums bactériens retrouvés dans le microbiome humain incluent les Firmicutes, les Bacteroidota, les Actinobacteria et les Proteobacteria.

Phylums bactériens communs entre sol et intestin

Il est fascinant de constater que certains de ces mêmes phylums bactériens sont présents à la fois dans le microbiome de la rhizosphère (la zone du sol autour des racines des plantes) et dans le microbiome intestinal humain. Cette similarité suggère des fonctions écologiques parallèles et un lien profond entre ces deux écosystèmes.

Bacteroidota

Les Bacteroidota (anciennement Bacteroidetes) sont abondants dans l'intestin humain, où ils excellent pour décomposer les glucides complexes. Dans le sol, ils jouent un rôle similaire en dégradant la matière organique. Leur présence dans les deux environnements souligne leur importance dans le cycle des nutriments.

Firmicutes

Les Firmicutes sont un autre phylum majeur du microbiote intestinal, souvent associé au métabolisme énergétique. On les trouve également dans le sol, où ils participent à la décomposition. Le rapport Firmicutes/Bacteroidota est souvent étudié comme un indicateur de l'équilibre du microbiome intestinal.

Actinobacteria

Les Actinobacteria sont réputées pour leur capacité à produire des composés naturels, comme des antibiotiques dans le sol. Dans l'intestin, elles aident à dégrader des composés complexes et contribuent à la diversité microbienne.

Proteobacteria

Les Proteobacteria forment un vaste phylum comprenant des espèces bénéfiques et quelques pathogènes. Elles sont vitales pour la fixation de l'azote dans le sol et jouent un rôle dans la régulation immunitaire dans l'intestin.

Liens et implications pour la santé

La présence de phylums bactériens similaires dans le sol et l'intestin n'est pas une coïncidence. Elle reflète des fonctions écologiques communes, comme le recyclage des nutriments. Une exposition à une diversité de microbes du sol, via la consommation de légumes cultivés dans des sols sains, peut contribuer à la diversité de notre propre microbiome intestinal. Bien que la plupart de ces microbes ne colonisent pas l'intestin durablement, cette exposition transitoire peut jouer un rôle dans l'éducation de notre système immunitaire. Une alimentation variée riche en fibres est un excellent moyen de soutenir ces microbes bénéfiques.

FAQ : Réponses aux questions courantes sur les phylums

Que signifie "phyla" en français ?

"Phyla" est le pluriel du mot anglais "phylum". En français, on utilise le plus souvent le terme "phylums" comme pluriel, ou on conserve le pluriel latin "phyla" dans un contexte scientifique. Les deux sont acceptés.

Qu'est-ce qu'un phylum ?

Un phylum est un rang important dans la classification du vivant (la taxonomie). Il se situe juste en dessous du règne et regroupe des organismes qui partagent des caractéristiques structurales fondamentales issues d'un ancêtre commun.

Quelle est la définition de "phylum" ?

La définition précise d'un phylum est : un niveau taxonomique qui catégorise les organismes d'un même règne en fonction de leur plan d'organisation évolutif fondamental. C'est une étape clé pour comprendre la diversité biologique.

Quels sont les 7 niveaux de classification ?

Les 7 niveaux principaux de classification taxonomique, par ordre décroissant de généralité, sont : Règne, Embranchement (Phylum), Classe, Ordre, Famille, Genre, Espèce. Cette hiérarchie permet d'organiser et d'étudier toutes les formes de vie.

Conclusion

Comprendre ce qu'est un phylum est fondamental pour appréhender la biologie, qu'il s'agisse de notre propre classification comme Chordés ou de celle des bactéries qui composent nos microbiomes. La découverte de phylums bactériens communs au sol et à l'intestin humain révèle des interconnexions écologiques importantes. En favorisant une alimentation diversifiée et un environnement sain, nous pouvons soutenir l'équilibre de ces écosystèmes microbiens essentiels à notre bien-être.