Quel test permet-il le diagnostic de la prolifération bactérienne ?

Cet article explique ce qu’est un test de prolifération bactérienne, pourquoi il est important, et comment les cliniciens utilisent des tests spécifiques pour diagnostiquer une prolifération bactérienne de l’intestin grêle (SIBO) et des troubles liés. Il répond aux questions sur les tests les plus couramment utilisés (notamment le test respiratoire au lactulose et le test respiratoire à l’hydrogène), comment les résultats sont interprétés, et comment les cliniciens distinguent le SIBO d’une malabsorption des glucides ou d’autres troubles intestinaux. Vous trouverez également des informations pratiques sur la préparation au test, les limites de chaque méthode, les approches diagnostiques alternatives, ainsi que des ressources — y compris comment les kits de test du microbiome à domicile comme le test du microbiome InnerBuddies peuvent s’intégrer dans un plan diagnostique plus large.

Comprendre le test de prolifération bactérienne : un outil-clé pour le diagnostic du microbiome intestinal

La prolifération bactérienne désigne une augmentation anormale du nombre et/ou du type de bactéries dans l’intestin grêle. Contrairement au côlon, qui héberge normalement une microbiote dense et diversifiée, l’intestin grêle proximal contient en général peu de bactéries, ce qui permet une digestion et une absorption des nutriments efficaces. Lorsque cet équilibre est perturbé — à cause de troubles de la motilité intestinale, d’anomalies structurelles, de dysfonctionnements immunitaires ou d’autres causes —, des bactéries normalement présentes dans le côlon peuvent coloniser l’intestin grêle ou les organismes commensaux peuvent proliférer. Cliniquement, la prolifération bactérienne de l’intestin grêle (SIBO) peut se manifester par des ballonnements, des douleurs abdominales, des diarrhées ou de la constipation, une malabsorption des nutriments (y compris les vitamines liposolubles et la vitamine B12), voire des symptômes systémiques dans les cas graves. En raison du chevauchement entre les symptômes du SIBO et d’autres troubles digestifs comme le syndrome de l’intestin irritable (SII), la maladie cœliaque ou l’insuffisance pancréatique, un diagnostic précis est essentiel pour mettre en place un traitement adapté. Le terme "test de prolifération bactérienne" désigne globalement les méthodes diagnostiques utilisées pour détecter le SIBO ou d’autres déséquilibres microbiens de l’intestin grêle. Ces tests appartiennent à deux grandes catégories : le prélèvement direct (aspiration jéjunale et culture) et le test fonctionnel indirect (tests respiratoires mesurant les gaz produits par la fermentation bactérienne de certains substrats). Chaque approche présente des avantages et des limites en termes de sensibilité, de spécificité, d’invasivité, d’accessibilité, de coût et de faisabilité clinique. Le prélèvement direct par aspiration endoscopique suivi d’une culture reste la méthode de référence historique pour confirmer un nombre de bactéries supérieur à un seuil défini (souvent >10^3 CFU/mL, bien que ces seuils varient). Toutefois, cette méthode est invasive, nécessite une endoscopie, présente des limites d’échantillonnage (elle ne couvre qu’une petite partie de l’intestin grêle), et les techniques de culture peuvent omettre des organismes difficiles à cultiver. Le test respiratoire — principalement les tests au lactulose ou au glucose mesurant l’hydrogène et le méthane — offre une alternative non-invasive permettant d’inférer l’activité bactérienne dans l’intestin grêle à partir de la production de gaz après ingestion d’un substrat glucidique. Comme certaines bactéries produisent préférentiellement de l’hydrogène ou du méthane, la mesure simultanée des deux gaz permet de détecter les cas de SIBO dominés par l’un ou l’autre (le méthane est généralement associé à la constipation). Les tests respiratoires nécessitent une préparation standardisée et une interprétation rigoureuse pour limiter les faux positifs ou négatifs ; le régime alimentaire du patient, les antibiotiques récents, la motilité intestinale et le temps de transit peuvent tous influencer les résultats. En parallèle, les tests modernes du microbiome à domicile — comme le test du microbiome InnerBuddies — offrent une vision plus large de la composition microbienne du côlon via un échantillon de selles, ce qui permet d’évaluer les altérations coloniques et d’orienter les interventions à long terme, mais cela ne remplace pas les tests spécifiques du SIBO puisque les selles reflètent le microbiote du côlon et non celui de l’intestin grêle. Intégrer l’histoire clinique, les symptômes, les résultats des tests respiratoires ou par aspiration, ainsi que les données du microbiome fécal, permet une vue d’ensemble plus complète pour guider des décisions thérapeutiques personnalisées.

Test respiratoire au lactulose : le test de prolifération bactérienne le plus couramment utilisé pour l’analyse du microbiome intestinal

Le test respiratoire au lactulose est l’une des méthodes non-invasives les plus couramment utilisées pour détecter une prolifération bactérienne dans l’intestin grêle. Le lactulose est un disaccharide synthétique et non absorbable que l’humain ne digère pas ; il traverse l’intestin grêle inchangé jusqu’au côlon, où les bactéries coloniques le fermentent en produisant de l’hydrogène et, indirectement, du méthane (via des archées utilisant l’hydrogène). Lors d’un test au lactulose, le patient ingère une dose mesurée de ce sucre ; des échantillons d’air expiré sont prélevés à intervalles réguliers (habituellement toutes les 15 à 20 minutes) durant deux à trois heures. Ces échantillons sont analysés pour mesurer les concentrations d’hydrogène et de méthane. Le principe est que si des bactéries prolifèrent de manière excessive dans l’intestin grêle, elles fermenteront le lactulose plus tôt que les bactéries du côlon, entraînant une élévation des gaz dans l’air expiré plus précoce que celle observée en cas de fermentation colique normale. Un test respiratoire au lactulose positif classique montre une élévation précoce de l’hydrogène (ou du méthane) au cours des 60 à 90 premières minutes. Les cliniciens interprètent les patrons de production de gaz en conjonction avec la présentation clinique et la probabilité préalable. Par exemple, une élévation précoce d’hydrogène indique une fermentation dans l’intestin grêle proximal, compatible avec un SIBO, tandis qu’une élévation unique après 90 minutes reflète probablement une fermentation colique et ne permet pas de diagnostiquer un SIBO. Les avantages du test au lactulose incluent sa nature non-invasive, sa large disponibilité et sa capacité à évaluer le temps de transit oro-caecal en plus de détecter le SIBO. Ce test est particulièrement utile dans les études cliniques ou dans la pratique lorsqu’un suivi régulier est requis. Toutefois, des limitations importantes existent : comme le lactulose n’est pas absorbé, il peut atteindre rapidement le côlon et entraîner une fermentation colique précoce, faussant le résultat (faux positif). À l’inverse, un transit lent peut masquer une élévation précoce (faux négatif). La sensibilité et la spécificité varient selon les études et les protocoles — l’absence de normalisation universelle (dose de lactulose, intervalle d’échantillonnage, seuils d’interprétation) génère une variabilité considérable. Certaines archées productrices de méthane transforment l’hydrogène en méthane, ce qui rend importante la mesure simultanée du méthane pour détecter les cas de SIBO à dominance méthane, souvent associés à la constipation. Les cliniciens tiennent également compte des antibiotiques récents, des préparations coliques, de l’utilisation d’IPP, et du régime alimentaire du patient avant les tests, car ces éléments influent sur l’exactitude des résultats. Malgré ses limitations, le test respiratoire au lactulose est un outil de première ligne efficace. Combiné au contexte clinique, il guide souvent des décisions thérapeutiques telles que l’antibiothérapie ciblée, les modifications alimentaires (par exemple, un régime pauvre en FODMAP ou avec des ajustements spécifiques des glucides) et l’utilisation de procinétiques. Si les résultats ne sont pas concluants ou sont discordants avec les symptômes, d’autres tests — comme le test respiratoire au glucose, l’aspiration jéjunale ou un réexamen après avoir corrigé les facteurs de confusion — peuvent être nécessaires. Pour ceux qui souhaitent obtenir des données de base à domicile en complément des tests ciblés SIBO, des tests validés du microbiome basé sur les selles comme le test du microbiome InnerBuddies offrent un aperçu de la composition microbienne colique et des profils de dysbiose plus généraux ; bien qu’ils ne permettent pas de diagnostiquer un SIBO, ils sont utiles pour guider des stratégies alimentaires et microbiotiques à long terme et peuvent être achetés en ligne.