Fermentation wandelt Lebensmittelzucker oder Proteine in neue Verbindungen um. Typische Ergebnisse sind Milchsäure, Essigsäure, Kohlendioxid und Alkohol. Diese Veränderungen können den Geschmack und die Haltbarkeit verbessern, während sie Nährstoffe für manche Menschen auch leichter absorbierbar machen.
Viele fermentierte Lebensmittel enthalten lebende Mikroben, während andere vor allem „mikrobielle Überreste“ wie organische Säuren und Enzyme liefern. Die Verdauung im Magen und Dünndarm reduziert einige lebende Mikroben, doch die von ihnen hinterlassenen Verbindungen können das Magen-Darm-Umfeld weiterhin beeinflussen.
Im Dickdarm können diese Verbindungen beeinflussen, welche Mikroben am besten wachsen. Das kann helfen, das Gleichgewicht in Richtung Organismen zu verschieben, die die Verdauung und die Barrierefunktion des Darms unterstützen, auch wenn die Reaktionen von Person zu Person unterschiedlich sind.