Mikrobiom-Sequenzierungsoptionen: Eine kurze Anleitung zur Auswahl der richtigen Methode

Bei der Auswahl von Microbiom-Sequenzierungsoptionen wägen Forscher typischerweise 16S rRNA-Gensequenzierung, Shotgun-Metagenomik und gezielte Sequenzierungs-Panels ab. 16S rRNA-Sequenzierung ist kostengünstig und schnell, ideal zur Erkundung der allgemeinen bakteriellen Zusammensetzung, ist jedoch meist auf Gattungsebene begrenzt und liefert keine direkten funktionalen Daten. Shotgun-Metagenomik sequenziert die gesamte DNA in einer Probe, ermöglicht taxonomische Bestimmungen auf Art- und manchmal Stammebene sowie Einblicke in Stoffwechselwege, ist aber teurer und erfordert aufwändigere Datenanalyse. Gezielt ausgewählte Sequenzierungs-Panels bieten eine Zwischenlösung, indem sie sich auf vordefinierte Gene oder Wege konzentrieren, um Kosten mit nützlichen funktionalen Informationen zu balancieren. Ihre Wahl sollte sich danach richten, ob Ihr Ziel die taxonomische Profilierung, funktionale Ableitungen oder beides ist, sowie nach Budget und Projektumfang. Kosten und Genauigkeit variieren bei diesen Microbiom-Sequenzierungsoptionen. 16S-Sequenzierung kostet bei Batch-Betrieb wenige bis einige Dutzend Dollar pro Probe, während Shotgun-Metagenomik aufgrund der Sequenztiefe und des Datenverarbeitungsaufwands deutlich mehr kosten kann. Die Genauigkeit hängt von der Lesezahl, Referenzdatenbanken und der Pipelinenauswahl ab; Shotgun bietet umfassendere Daten, erfordert aber sorgfältige Qualitätskontrolle und bioinformatische Unterstützung. Bei der Planung einer Studie sollten Sie die zu beantwortenden Fragen klären (Wer ist da, was machen sie und wie hängt das mit Gesundheit oder Produkteergebnissen zusammen), die benötigte Auflösung und wie die Ergebnisse in klinischen, Verbraucher- oder Forschungszusammenhängen genutzt werden. Um Microbiom-Sequenzierungsoptionen in ein praktisches Produkt umzuwandeln, bietet InnerBuddies ein White-Label-Gut-Gesundheitssystem an, das Ihre Microbiom-Testprogramme unterstützt. Die Plattform umfasst einen Gut Microbiome Health Index (0–100), basierend auf einer exklusiven IP-Vereinbarung mit der EAFIT-Universität in Kolumbien, sowie Bakterien-Abundanzen für die 40 wichtigsten Taxa mit Benchmarking in gesunden Kohorten und Bacteria-Funktionen, die als positiv oder negativ kategorisiert und gelabelt sind. Zudem bietet es Target Group Analysis für Bereiche wie gesaltetes Altern, Ausdauersport und Haut- & Haargesundheit, zusammen mit personalisierter Ernährung, Probiotika- und Präbiotika-Empfehlungen, die auf Diät- und Stuhldaten basieren. InnerBuddies bedient sowohl Verbraucher-Gut-Tests als auch B2B-Partnerschaften, wobei alle B2B-Optionen auch direkt an Verbraucher zugänglich sind. Weitere Informationen zu ihrer Microbiom-Testlösung finden Sie auf der Produktseite hier: InnerBuddies Microbiom-Test Produktseite. Für Teams, die überlegen, wie man Microbiom-Sequenzierung im großen Maßstab implementiert, empfiehlt es sich, die Datengewinnung mit einer Plattform zu kombinieren, die die Ergebnisse in praktische Maßnahmen umsetzt. Wenn Sie einen White-Label-Ansatz oder ein konsumfertiges Programm erkunden, werfen Sie einen Blick auf die B2B-Möglichkeiten oder Mitgliedschaftsdienste von InnerBuddies: InnerBuddies B2B-Seite und InnerBuddies Gut Health Membership.