Os ácidos biliares começam no fígado, depois seguem para o intestino delgado para ajudar a digerir as gorduras. Depois de cumprirem o seu papel, grande parte da mistura de ácidos biliares desloca-se para o cólon, onde as bactérias intestinais podem alterá-la.
No cólon, algumas bactérias convertem ácidos biliares primários em ácidos biliares secundários através de enzimas que modificam a sua estrutura. Este passo também pode afetar a forma como os ácidos biliares são reabsorvidos e quanto tempo permanecem no intestino.
Como os ácidos biliares moldam o ambiente intestinal, os ácidos biliares secundários podem influenciar quais micróbios prospere. Por sua vez, esses micróbios continuam a alterar os ácidos biliares, criando um ciclo de retroalimentação entre a química dos ácidos biliares e o microbioma.