O metabolismo microbiano ocorre principalmente no cólon, onde muitos microrganismos encontram carboidratos não digeridos, fibras e alguns compostos biliares.
Em seguida, os micróbios “fermentam” certas fibras, produzindo ácidos gordos de cadeia curta (AGCCs) como acetato, propionato e butirato. Estes AGCC ajudam a nutrir as células do intestino, apoiar a barreira intestinal e influenciar como o seu corpo processa a energia.
O metabolismo microbiano também depende de sinais químicos. Por exemplo, os micróbios interagem com os ácidos biliares e podem alterar as suas formas, o que pode afetar a digestão e a inflamação. Quando os padrões alimentares mudam, a comunidade microbiana e a sua produção também podem mudar.