Quando comes, partes não digeridas (como fibra e amido resistente) chegam ao cólon. As bactérias do intestino as decompõem, alterando quais espécies crescem ou ficam mais ativas. Isto pode acontecer dentro de horas, especialmente para refeições ricas em carboidratos fermentáveis.
À medida que os microrganismos digerem os alimentos, eles produzem compostos como ácidos gordos de cadeia curta (AGCC). Estes metabólitos ajudam a sustentar o revestimento do intestino, influenciam os sinais de inflamação e afetam como o corpo lida com açúcares e gorduras. Alguns alimentos também alteram os ácidos biliares, o que pode moldar ainda mais a atividade microbiana.
O resultado final é uma mudança de curto prazo na digestão, no gás, nos padrões de evacuação e, por vezes, na energia. Com o tempo, padrões alimentares repetidos treinam o seu microbioma, o que pode tornar as suas respostas mais previsíveis ou mais variáveis.