As vias do microbioma começam quando os micróbios digerem partes dos seus alimentos que não consegue decompor totalmente. Eles usam diferentes enzimas para converter fibras e outros nutrientes em moléculas mais simples. Esses produtos podem atuar localmente no intestino ou viajar pelo corpo.
De seguida, as vias do microbioma ajudam a controlar o ambiente intestinal. Alguns microrganismos produzem ácidos gordos de cadeia curta (como o butirato), que podem sustentar o revestimento intestinal e ajudar a regular a inflamação. Outras vias moldam a decomposição dos ácidos biliários e quão bem absorve gorduras e nutrientes lipossolúveis.
Por fim, as vias ligam-se ao sistema imunitário e ao metabolismo. Moléculas microbianas podem influenciar as respostas imunitárias e afetar sinais que orientam o uso de energia. Quando as vias mudam, pode notar alterações na digestão, nos padrões de fezes, ou em como o seu corpo processa os açúcares e as gorduras.