Kombucha é produzido quando leveduras e bactérias em um SCOBY fermentam os açúcares do chá. À medida que a fermentação prossegue, os micróbios criam ácidos orgânicos (como o ácido acético e o ácido gluónico), traços de compostos e dióxido de carbono, o que confere alguma efervescência.
Durante e após a fermentação, esses compostos podem apoiar a digestão e o funcionamento do intestino. Os ácidos orgânicos podem ajudar a criar um ambiente ligeiramente mais ácido no intestino, o que pode influenciar o crescimento de certos microrganismos.
Para o microbioma, o kombucha pode atuar de duas formas: pode fornecer subprodutos microbianos e pode fornecer pequenas quantidades de microrganismos vivos. A sua comunidade intestinal existente decide o que prospera, por isso a mesma bebida nem sempre leva às mesmas alterações.