A mucosa intestinal é uma barreira. Ela mantém a maior parte dos alimentos e microrganismos no intestino, ao mesmo tempo que permite a absorção de água e nutrientes.
Esta barreira baseia-se em junções apertadas entre as células. Quando estas junções são perturbadas, mais moléculas maiores e fragmentos microbianos podem atravessar o revestimento.
O microbioma intestinal ajuda a regular a resistência da barreira. Alguns micróbios produzem compostos benéficos, como ácidos gordos de cadeia curta, que apoiam o revestimento intestinal. Outros, especialmente após determinados padrões alimentares ou uso de antibióticos, podem reduzir estes sinais protetores.