A inflamação crônica ocorre quando a atividade imunitária permanece elevada durante demasiado tempo. Em vez de retornar ao normal após uma lesão ou infecção, sinais como citocinas continuam a aumentar. Isto pode levar a irritação contínua e ao estresse tecidual.
A inflamação também está ligada a alterações no fluxo sanguíneo e no metabolismo. Com o passar do tempo, o corpo pode direcionar recursos para a defesa constante, o que pode afetar o uso de energia e a reparação. Algumas pessoas desenvolvem um nível de 'baixo grau' que ainda assim provoca dano a longo prazo.
O microbioma intestinal desempenha um papel, pois ajuda a controlar o sistema imunitário. Quando o equilíbrio microbiano está desequilibrado, mais moléculas inflamatórias podem atravessar a mucosa intestinal com maior facilidade. Isto pode favorecer a ativação imunitária e agravar a inflamação, especialmente no intestino.