Techniki sekwencjonowania mikrobiomu: 16S do metagenomiki strzałkowej

Od 16S do shotgun metagenomiki, możesz odkryć, jak działają sekwencjonowanie mikrobiomu, porównać metody i wybrać najlepsze rozwiązanie dla swoich badań — kliknij, aby zanurzyć się w temacie. Zrozumienie technik sekwencjonowania mikrobiomu pomaga dostosować projekt badania do Twoich celów, budżetu i czasu realizacji. Tradycyjne techniki sekwencjonowania mikrobiomu, takie jak profilowanie genów 16S rRNA, skupiają się na bakteriach, podczas gdy sekwencjonowanie całościowego genomu typu shotgun analizuje cały materiał genetyczny w próbce, ujawniając informacje taksonomiczne, funkcjonalne, a nawet na poziomie szczepów. Twój wybór kształtuje dalszą analizę, interpretację danych i potencjalne zastosowania. Sekwencjonowanie 16S jest tanim sposobem na badanie dużej liczby próbek. Poprzez amplifikację krótkiego fragmentu genu 16S rRNA, ta metoda dostarcza szybkie profile mikroorganizmów z zazwyczaj rozdzielczością do poziomu rodzaju — a czasami gatunku. Wymaga stosunkowo niewielkich zasobów obliczeniowych i prostszych analiz, co czyni ją idealną do szerokich badań społeczności i badań wstępnych. Jednakże, 16S dostarcza ograniczonych informacji o funkcji i zazwyczaj pomija nie-bakteryjne składniki, więc nie może bezpośrednio ujawnić zdolności metabolicznych ani różnic szczepów. Jeśli Twoje badania koncentrują się na ogólnych zmianach składu społeczności w wielu próbkach, ta technika sekwencjonowania mikrobiomu jest często dobrym punktem startowym. Shotgun metagenomika oferuje głębsze spojrzenie na poziomie wyższej rozdzielczości. Sekwencjonując cały DNA w próbce, pozwala na przypisanie taksonomiczne do poziomu gatunku lub szczepu oraz bezpośrednie profilowanie funkcji genów i szlaków metabolicznych, obejmując bakterie, wirusy, grzyby i archeony. Ta metoda odsłania potencjał funkcjonalny i interakcje metaboliczne, co jest cenne w badaniach łączących mikrobiom z zdrowiem, spersonalizowaną dietą lub ukierunkowanymi strategiami probiotycznymi. Zaletami są wyższe koszty, bardziej skomplikowana przygotowanie bibliotek, większe wymagania obliczeniowe i większa wrażliwość na kontaminację DNA gospodarza. W badaniach dotyczących mechanizmów i ścieżek funkcjonalnych, shotgun metagenomika jest często wiodącą techniką sekwencjonowania mikrobiomu. Dla zespołów i organizacji rozwijających programy zdrowia jelit, InnerBuddies oferuje potężną platformę do wykorzystywania wyników sekwencjonowania. Nasz system operacyjny Gut Health, dostępny w wersji white-label, jest modułowy i bogaty w funkcje, zaprojektowany, aby wspierać własne produkty do testowania mikrobiomu. Funkcje takie jak indeks zdrowia mikrobiomu jelit (0–100) — wspierany przez wyłączną umowę z EAFIT University — oraz praktyczne wskazówki dotyczące abundancji bakterii i funkcji bakteryjnych pomagają benchmarkować wyniki wobec zdrowej populacji. Analiza grup docelowych i spersonalizowane zalecenia żywieniowe oraz probiotyczne/prebiotyczne przekładają wyniki sekwencjonowania na praktyczne wskazówki dostosowane do zdrowego starzenia się, sportu wytrzymałościowego, zdrowia skóry i włosów i innych. Aby zobaczyć te możliwości w działaniu, odwiedź stronę testu mikrobiomu InnerBuddies: Test mikrobiomu InnerBuddies, lub poznaj nasze programy dostępowe przez Członkostwo w zakresie zdrowia jelit. Jeśli rozważasz model partnerski, nasz program B2B może pomóc Ci współtworzyć rozwiązania z klientami: Zostań partnerem InnerBuddies.