Wat is metagenomica? Uitleg, toepassingen en analysetijd
Metagenomica is de analyse van al het DNA in een gemeenschap van micro-organismen. Bij een darmmicrobioomanalyse gaat het bijvoorbeeld om DNA uit een ontlastingsmonster. Zo kun je onderzoeken welke micro-organismen aanwezig zijn en welke genetische eigenschappen zij mogelijk hebben, zonder ze eerst afzonderlijk te kweken. In dit artikel lees je hoe metagenomica werkt, wat shotgun-metagenomica inhoudt, welke toepassingen er zijn en hoe lang een analyse doorgaans duurt.
Wat is metagenomica?
Metagenomica is een wetenschappelijke methode waarbij het totale genetische materiaal uit een complex monster wordt onderzocht. Dat monster kan bijvoorbeeld ontlasting, speeksel, bodem of water zijn. Het onderzochte DNA is afkomstig uit een gemeenschap van micro-organismen, zoals bacteriën, virussen, schimmels en archaea.
Het woord metagenoom verwijst naar de gezamenlijke verzameling van genetisch materiaal in zo'n gemeenschap. Metagenomisch DNA is de gemengde DNA-fractie die uit het monster wordt gehaald. Door dit DNA te sequencen en met databanken te vergelijken, kunnen onderzoekers aanwijzingen krijgen over de aanwezige micro-organismen en de genen die zij dragen.
Ontdek de microbioom test
ISO-gecertificeerd EU-laboratorium • Monster blijft stabiel tijdens verzending • GDPR-veilige gegevens
Een eenvoudige vergelijking: bij een traditionele aanpak bekijk je misschien enkele geselecteerde boeken uit een bibliotheek. Met metagenomica onderzoek je juist een groot deel van de bibliotheek tegelijk. De methode geeft daardoor een breed beeld, maar de uitkomst blijft afhankelijk van de kwaliteit van het monster, de gebruikte databanken en de analysemethode.
Hoe werkt metagenomica?
Een metagenomische analyse bestaat meestal uit meerdere stappen:
Bekijk voorbeeldaanbevelingen van het InnerBuddies-platform
Bekijk alvast de aanbevelingen voor voeding, supplementen, het voedingsdagboek en recepten die InnerBuddies kan genereren op basis van je darmmicrobioomtest
- Monster verzamelen: het biologische of omgevingsmonster wordt volgens instructies afgenomen en naar het laboratorium gestuurd.
- DNA-extractie: het genetische materiaal wordt uit het monster geïsoleerd.
- Sequencing: de DNA-fragmenten worden gelezen met een sequencingtechniek.
- Bio-informatica: gespecialiseerde software vergelijkt de gelezen fragmenten met referentiedatabanken.
- Rapportage: de resultaten worden gecontroleerd en samengevat in een rapport.
De analyse laat zien welk DNA in het monster is aangetroffen. Dat betekent niet automatisch dat elk micro-organisme actief is of dat een gevonden gen daadwerkelijk tot een bepaald gezondheidseffect leidt. De resultaten zijn daarom vooral informatief en moeten in hun context worden geïnterpreteerd.
Hoe lang duurt een metagenomische analyse?
Van monstername tot rapport duurt een metagenomische analyse vaak ongeveer 2 tot 6 weken. De precieze doorlooptijd verschilt per laboratorium, methode, monsterkwaliteit en hoeveelheid analyses die op dat moment worden verwerkt.
De belangrijkste onderdelen zijn doorgaans:
- DNA-extractie en kwaliteitscontrole: ongeveer 1 tot 3 dagen
- Sequencing: ongeveer 1 tot 7 dagen
- Bio-informatica en vergelijking met databanken: ongeveer 1 tot 3 weken
- Controle en rapportage: enkele dagen
Bij een commerciële darmmicrobioomtest van InnerBuddies ontvang je het persoonlijke rapport doorgaans binnen ongeveer 3 tot 4 weken na ontvangst en verwerking van het monster. Deze termijn kan veranderen door logistiek, monsterkwaliteit of laboratoriumcapaciteit. Controleer daarom altijd de actuele informatie bij de aanbieder.
Voorbeelden van metagenomica
Metagenomica kan in verschillende soorten onderzoek worden toegepast:
2-minuten zelfcheck Is een darmmicrobioomtest nuttig voor jou? Beantwoord een paar korte vragen en ontdek of een microbioomtest echt nuttig is voor jou. ✔ Duurt slechts 2 minuten ✔ Gebaseerd op je klachten & leefstijl ✔ Duidelijke ja/nee aanbeveling Check of een test bij mij past →- Darmmicrobioom: ontlastingsmonsters kunnen worden onderzocht om de samenstelling van de microbiële gemeenschap en mogelijke genetische functies in kaart te brengen.
- Microbiota in de mond: speeksel of tandplak kan informatie geven over de micro-organismen in de mondholte.
- Vaginale microbiota: onderzoekers kunnen de aanwezige micro-organismen bestuderen in het kader van wetenschappelijk onderzoek.
- Omgevingsonderzoek: bodem-, water- en luchtmonsters kunnen worden gebruikt om microbiële diversiteit in ecosystemen te onderzoeken.
Het voordeel van deze aanpak is dat je niet vooraf alle micro-organismen hoeft te kweken of te selecteren. Tegelijkertijd kunnen niet alle DNA-fragmenten met zekerheid worden herkend en zegt aanwezigheid op zichzelf niet altijd iets over activiteit of gezondheid.
Wat is shotgun-metagenomica?
Shotgun-metagenomica is een vorm van metagenomica waarbij het totale DNA in veel willekeurige fragmenten wordt gelezen. De naam verwijst naar het idee dat het DNA niet op één vooraf gekozen plek wordt onderzocht, maar breed en in veel fragmenten tegelijk.
Hoe werkt shotgun-metagenomica?
- DNA isoleren: het DNA van de aanwezige micro-organismen wordt uit het monster gehaald.
- DNA fragmenteren: het totale DNA wordt in kleinere stukken verdeeld.
- Sequencen: een next-generation sequencing-platform leest miljoenen fragmenten.
- Gegevens analyseren: software vergelijkt de fragmenten met referentiedatabanken om mogelijke soorten en genen te herkennen.
- Resultaten interpreteren: de uitkomsten worden samengevat in een rapport met aandacht voor de gebruikte analysemethode en beperkingen.
Je kunt het vergelijken met meerdere puzzels die door elkaar zijn geraakt. De computer probeert de stukjes opnieuw aan de juiste puzzel te koppelen. Hoeveel informatie daaruit komt, hangt onder meer af van de hoeveelheid gelezen DNA en de kwaliteit van de referentiedatabanken.
Wat is het verschil tussen shotgun-metagenomica en 16S-sequencing?
Bij 16S rRNA-sequencing wordt een specifiek merkergebied in bacterieel DNA onderzocht. Deze aanpak kan een bruikbaar overzicht geven van veel bacteriën, maar richt zich op een beperkter deel van het genetische materiaal.
Word lid van de InnerBuddies-community
Voer elke paar maanden een darmmicrobioomtest uit en volg je vooruitgang terwijl je onze aanbevelingen opvolgt
Shotgun-metagenomica onderzoekt een veel groter deel van al het DNA in het monster. Daardoor kan de methode naast bacteriën ook aanwijzingen geven over virussen, schimmels en archaea, afhankelijk van de analysemethode. Ook kunnen genen en mogelijke functies worden onderzocht. Dit betekent niet dat shotgun-metagenomica altijd beter is voor elke onderzoeksvraag; de geschikte methode hangt af van het doel, het monster en de gewenste nauwkeurigheid.
Wat kun je leren van een darmmicrobioomtest?
Een darmmicrobioomtest kan educatieve informatie geven over het DNA dat in een ontlastingsmonster wordt aangetroffen. Een rapport kan bijvoorbeeld informatie bevatten over:
- de relatieve aanwezigheid van bepaalde micro-organismen;
- de diversiteit binnen de onderzochte microbiële gemeenschap;
- mogelijke genetische functies die in het monster zijn gevonden;
- veranderingen tussen metingen op verschillende momenten, als de monsters op een vergelijkbare manier zijn verzameld.
De uitslag is geen diagnose en vervangt geen onderzoek door een arts of andere gekwalificeerde zorgprofessional. Een microbiometest kan niet op zichzelf vaststellen waardoor je klachten ontstaan of welke behandeling je nodig hebt. Bespreek aanhoudende, ernstige of verergerende klachten met een zorgprofessional.
Wat kun je verwachten van een InnerBuddies-test?
Een monster thuis verzamelen
De test is bedoeld voor thuisgebruik. Je ontvangt een kit met instructies voor het verzamelen van een klein ontlastingsmonster. Daarna stuur je het monster met de meegeleverde voorgefrankeerde envelop naar het laboratorium. Volg de instructies zorgvuldig, omdat een correcte afname en verzending invloed kunnen hebben op de bruikbaarheid van het monster.
Een persoonlijk rapport ontvangen
Na de laboratoriumanalyse ontvang je een gepersonaliseerd rapport over de onderzochte microbiële samenstelling en de manier waarop de resultaten zijn geanalyseerd. Gebruik het rapport als algemene, educatieve informatie. Als je gezondheidsklachten hebt of veranderingen in voeding, supplementen of behandeling overweegt, bespreek dit dan met een gekwalificeerde zorgprofessional.
2-minuten zelfcheck Is een darmmicrobioomtest nuttig voor jou? Beantwoord een paar korte vragen en ontdek of een microbioomtest echt nuttig is voor jou. ✔ Duurt slechts 2 minuten ✔ Gebaseerd op je klachten & leefstijl ✔ Duidelijke ja/nee aanbeveling Check of een test bij mij past →Veelgestelde vragen over metagenomica
Is metagenomica hetzelfde als metagenomics?
Ja. Metagenomics is de Engelse term voor metagenomica. Beide verwijzen naar het onderzoeken van genetisch materiaal uit een gemeenschap van micro-organismen.
Geeft metagenomica een volledig beeld van het microbioom?
Metagenomica geeft een breed beeld van het DNA dat in een monster wordt aangetroffen. Het is geen absoluut volledig overzicht: sommige micro-organismen worden mogelijk niet herkend, en de uitslag hangt af van monsterkwaliteit, sequencingdiepte en de gebruikte databanken. Bovendien laat DNA-aanwezigheid niet automatisch zien welke micro-organismen op dat moment actief zijn.
Kan een microbiometest ziekten diagnosticeren?
Nee. Een microbiometest is geen zelfstandige diagnostische test. De resultaten kunnen context bieden voor algemene voorlichting, maar kunnen niet bepalen of je een ziekte hebt of welke behandeling geschikt is.
Metagenomica kort samengevat
Metagenomica onderzoekt het gezamenlijke DNA van micro-organismen in een monster. Shotgun-metagenomica doet dit breed en kan daardoor informatie geven over verschillende soorten micro-organismen en mogelijke genetische functies. Een analyse duurt vaak 2 tot 6 weken, terwijl een InnerBuddies-rapport doorgaans binnen 3 tot 4 weken beschikbaar is. Meer informatie over de toepassing voor je darmmicrobioom vind je op onze pagina over darmmicrobioomtesten en in de informatie over darmgezondheid.