Microbiote intestinal : bonnes bactéries, déséquilibre et conseils

À retenir sur le microbiote intestinal

Le microbiote intestinal est l’ensemble des micro-organismes vivant dans le tube digestif. Il contribue notamment à la transformation de certaines fibres, à la production de composés issus de la fermentation et à la résistance à la colonisation par certains microbes. Un déséquilibre, souvent appelé dysbiose intestinale, peut être associé à des troubles digestifs, mais ses symptômes ne permettent pas à eux seuls de poser un diagnostic.

• La diversité et l’équilibre du microbiote comptent davantage que la recherche de bactéries exclusivement bonnes ou mauvaises.
• Les fibres variées, une alimentation diversifiée, le sommeil et l’activité physique peuvent contribuer à soutenir cet écosystème.
• Les probiotiques ne conviennent pas à toutes les situations et leur effet dépend de la souche et du contexte.

Microbiote ou microbiome : quelle différence ?

Le microbiote désigne la communauté de micro-organismes présente dans un environnement, comme l’intestin, la bouche ou la peau. Le microbiome désigne plus précisément l’ensemble de leurs génomes et, selon les usages, peut aussi désigner leur environnement génétique et fonctionnel. Dans le langage courant, les deux termes sont parfois employés comme des synonymes. Dans cet article, nous parlons surtout du microbiote intestinal.

Les principaux microbiotes du corps

On peut notamment distinguer les microbiotes intestinal, cutané, buccal, vaginal et respiratoire. Chacun possède un environnement différent et ne doit pas être interprété comme une simple version du microbiote intestinal.

Quel est le rôle du microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal forme un écosystème dynamique qui varie selon l’alimentation, l’âge, les médicaments, le mode de vie et d’autres facteurs. Ses fonctions étudiées comprennent :

• La fermentation des fibres que les enzymes humaines ne dégradent pas complètement.
• La production de composés issus de cette fermentation, dont certains acides gras à chaîne courte.
• La participation à la barrière intestinale et à la compétition entre micro-organismes.
• Des interactions avec le système immunitaire, sans que cela signifie qu’il suffise à prévenir ou traiter une maladie.
• La contribution au métabolisme de certains nutriments et à la production de quelques vitamines, selon les micro-organismes présents.

Les recherches sur l’axe intestin-cerveau sont encore en cours. Le microbiote peut être associé à certains aspects du bien-être, de l’humeur ou du stress, mais il ne permet pas d’expliquer à lui seul les symptômes psychiques ou physiques.

Que signifie avoir de mauvaises bactéries intestinales ?

L’expression mauvaises bactéries intestinales est une simplification. Des micro-organismes potentiellement problématiques peuvent être présents sans provoquer de trouble, tandis que des bactéries habituellement commensales peuvent devenir gênantes si l’écosystème est perturbé. L’objectif n’est donc pas d’éliminer toutes les bactéries, mais de favoriser un environnement diversifié et stable.

Quels facteurs peuvent perturber le microbiote ?

• Un traitement antibiotique, qui peut modifier temporairement la composition microbienne, lorsqu’il est prescrit par un professionnel.
• Une alimentation peu diversifiée et pauvre en fibres.
• Des changements importants du transit, une infection ou une maladie, qui nécessitent parfois une évaluation médicale.
• Le stress, le manque de sommeil et la sédentarité, qui peuvent influencer le fonctionnement digestif et l’équilibre général.

Les antibiotiques ne doivent pas être arrêtés ou évités lorsqu’ils sont médicalement nécessaires. Il est préférable d’en discuter avec le prescripteur.

Quels symptômes peuvent évoquer un déséquilibre ?

Ballonnements, gaz, constipation, diarrhée ou digestion difficile peuvent accompagner de nombreuses situations, avec ou sans modification du microbiote. Une fatigue, des changements cutanés ou une variation du moral sont également non spécifiques. Ces signes ne suffisent donc pas à confirmer une dysbiose ni à identifier une bactérie précise.

Consultez un professionnel de santé si les symptômes persistent, s’aggravent ou reviennent fréquemment. Demandez rapidement un avis en cas de sang dans les selles, fièvre importante, douleur intense, vomissements répétés, signes de déshydratation ou perte de poids inexpliquée.

Quels aliments peuvent soutenir le microbiote intestinal ?

Il n’existe pas de régime universel ni d’aliment capable de rééquilibrer à lui seul le microbiote. Une approche progressive et variée est généralement plus pertinente.

1. Les fibres et les prébiotiques

Les prébiotiques sont des substances, souvent des fibres, utilisées par certains micro-organismes. On en trouve notamment dans :

• les légumes comme les poireaux, oignons, ail, asperges et artichauts ;
• les légumineuses comme les lentilles, pois chiches et haricots ;
• les fruits, dont les pommes et les bananes légèrement vertes ;
• l’avoine, l’orge et d’autres céréales complètes ;
• les noix et graines, selon la tolérance individuelle.

Augmentez les fibres progressivement et buvez suffisamment, car une hausse brutale peut accentuer les gaz ou les ballonnements chez certaines personnes.

2. Les aliments fermentés

Le yaourt nature, le kéfir, le miso et certains légumes lacto-fermentés peuvent apporter des micro-organismes vivants ou des composés issus de la fermentation. Leur teneur et leur effet varient selon le produit. Les aliments fermentés ne sont pas tous des probiotiques au sens scientifique, et les produits pasteurisés après fermentation peuvent ne plus contenir de micro-organismes vivants.

3. La diversité avant les interdits

Une alimentation riche en végétaux variés, adaptée à vos préférences et à votre tolérance, peut apporter différents types de fibres. Limiter les aliments ultra-transformés et les excès de sucres ajoutés peut aussi s’inscrire dans une alimentation équilibrée, sans imposer de restriction extrême.

Les probiotiques sont-ils utiles contre Escherichia coli ou la diarrhée ?

Il n’existe pas un probiotique unique recommandé pour toutes les situations liées à Escherichia coli. Certaines souches ont été étudiées dans des contextes précis, mais leur intérêt dépend de la cause de la diarrhée, de la souche, de la dose et de l’état de santé. Un probiotique ne remplace pas un diagnostic, une réhydratation ou un traitement prescrit.

En cas de diarrhée, la priorité est de prévenir la déshydratation, notamment avec des solutions de réhydratation orale adaptées lorsque cela est nécessaire. Demandez conseil à un pharmacien ou à un médecin, surtout pour un enfant, une personne âgée, une personne enceinte ou une personne immunodéprimée. Consultez rapidement si la diarrhée est importante, sanglante, accompagnée de fièvre ou persistante.

Comment prendre soin de son microbiote au quotidien ?

1. Variez progressivement les légumes, fruits, légumineuses, céréales complètes, noix et graines.
2. Observez votre tolérance plutôt que de supprimer de nombreux aliments sans accompagnement.
3. Bougez régulièrement, en choisissant une activité adaptée à votre condition.
4. Protégez votre sommeil et prévoyez des moments de récupération.
5. Gérez le stress avec des pratiques réalistes comme la marche, la respiration ou la relaxation.
6. Utilisez les antibiotiques uniquement selon prescription et suivez les indications du professionnel de santé.

Les tests du microbiote vendus au grand public ne suffisent pas, à eux seuls, à diagnostiquer une maladie ou à déterminer un traitement personnalisé. Interprétez leurs résultats avec un professionnel qualifié.

FAQ sur le microbiote intestinal

Quelle différence entre microbiote et microbiome ?

Le microbiote correspond à la communauté de micro-organismes. Le microbiome désigne leurs génomes et peut aussi désigner, selon le contexte, l’ensemble de cet écosystème. Les termes sont parfois utilisés de façon interchangeable dans les contenus grand public.

Qu’est-ce qui détruit le microbiote intestinal ?

Le microbiote n’est généralement pas détruit par un seul aliment ou événement. Les antibiotiques, certaines maladies, les infections, une alimentation peu diversifiée et des changements de mode de vie peuvent le perturber. L’ampleur et la durée de ces changements varient selon les personnes.

Quel probiotique contre Escherichia coli ?

Aucun probiotique ne convient automatiquement contre toutes les infections ou souches d’Escherichia coli. Une diarrhée ou une infection suspectée doit être évaluée selon ses symptômes et son contexte par un professionnel de santé.

Quel probiotique pour la diarrhée ?

Le choix dépend de la cause et de la personne. Certaines souches ont fait l’objet d’études dans des situations particulières, mais les preuves et les recommandations ne sont pas universelles. Demandez conseil à un professionnel, sans retarder la réhydratation ni une consultation lorsque des signes d’alerte sont présents.