Kwasy żółciowe zaczynają się w wątrobie, a następnie trafiają do jelita cienkiego, aby wspomagać trawienie tłuszczów. Po wykonaniu swojej pracy znaczna część mieszanki kwasów żółciowych trafia do jelita grubego, gdzie bakterie jelitowe mogą je zmieniać.
W jelicie grubym niektóre bakterie przekształcają kwasy żółciowe pierwszorzędowe w kwasy żółciowe drugorzędowe poprzez enzymy, które modyfikują ich strukturę. Ten krok może również wpływać na to, jak kwasy żółciowe są wchłaniane zwrotnie i jak długo pozostają w przewodzie pokarmowym.
Ponieważ kwasy żółciowe kształtują środowisko jelit, kwasy żółciowe drugorzędowe mogą wpływać na to, które mikroorganizmy rozwijają się tu najlepiej. Z kolei te mikroorganizmy nadal przekształcają kwasy żółciowe, tworząc pętlę zwrotną między chemią kwasów żółciowych a mikrobiomem.