Dobre mikroby trawią części diety, które nie możesz samodzielnie w pełni strawić. Podczas tego procesu wytwarzają metabolity, takie jak kwasy tłuszczowe o krótkim łańcuchu (SCFA), gazów i inne drobne cząsteczki.
Te metabolity działają lokalnie w jelicie i mogą także przemieszczać się we krwi. Na przykład kwasy tłuszczowe o krótkim łańcuchu pomagają odżywiać komórki wyściełające jelito i mogą wspierać barierę jelitową, co pomaga powstrzymać przedostawanie się szkodliwych czynników tam, gdzie nie powinny.
Metabolity mikrobiologiczne także „rozmawiają” z układami organizmu, sygnalizując komórki układu odpornościowego i wpływając na to, jak organizm radzi sobie z cukrami i tłuszczami. Gdy produkcja metabolitów jest zaburzona, może to zmienić środowisko jelitowe, komfort trawienia oraz stan zapalny.