Flora jelitowa może wpływać na trawienie, pomagając przetwarzać błonnik i inne składniki odżywcze. Gdy mikroby są zrównoważone, konsystencja i regularność stolca często się poprawiają, ponieważ jelita mają lepsze wsparcie dla normalnego funkcjonowania.
Mają też wpływ na metabolizm i energię. Niektóre produkty uboczne mikroorganizmów mogą wpływać na to, jak organizm wykorzystuje tłuszcze i cukry, co może tłumaczyć, dlaczego problemy jelitowe czasem pokrywają się z kwestiami wagi i metabolizmu.
Z czasem dysbioza jelitowa (zaburzenie równowagi mikrobiomu) może wiązać się z problemami takimi jak częste wzdęcia, działania niepożądane związane z antybiotykami i zapalenie. U niektórych osób długotrwała nierównowaga została powiązana z wyższym ryzykiem wystąpienia pewnych schorzeń, choć to nie historia o jednej przyczynie.