Fermentacja przekształca cukry pokarmowe lub białka w nowe związki. Typowe skutki to kwas mlekowy, kwas octowy, dwutlenek węgla i alkohol. Te przemiany mogą poprawić smak i trwałość, a także ułatwić wchłanianie składników odżywczych u niektórych osób.
Wiele fermentowanych produktów zawiera żywe mikroby, podczas gdy inne dostarczają głównie „pozostałości mikroorganizmów”, takich jak kwasy organiczne i enzymy. Trawienie w żołądku i jelicie cienkim zmniejszy liczbę żywych mikroorganizmów, ale związki, które pozostawią po sobie, mogą wciąż wpływać na środowisko jelitowe.
W jelicie grubym te związki mogą wpływać na to, które mikroby najlepiej rosną. Może to pomóc przesunąć równowagę w stronę organizmów wspierających trawienie i funkcję bariery jelitowej, choć odpowiedzi różnią się między osobami.