Bakterie komensalne mogą wspierać dostępność energii poprzez ułatwianie uwalniania składników odżywczych z pokarmu, którego sam być może nie strawisz w całości. Mają również wpływ na metabolizm, kształtując to, jak organizm wykorzystuje tłuszcze, cukry i cząsteczki sygnałowe.
Odgrywają rolę w trawieniu, w tym w regularności wypróżnień i odczuciu komfortu. Gdy obecne są korzystne bakterie, środowisko jelitowe często staje się bardziej stabilne.
Długoterminowo zdrowsza równowaga bakterii komensalnych wiąże się z mniejszym ryzykiem problemów, takich jak zapalne dolegliwości jelitowe. Gdy równowaga zostaje zaburzona, inne bakterie mogą przejąć kontrolę i przyczynić się do objawów.