Przewlekłe zapalenie pojawia się, gdy aktywność układu odpornościowego utrzymuje się na wysokim poziomie zbyt długo. Zamiast wracać do normalnego stanu po urazie lub infekcji, sygnały takie jak cytokiny nadal rosną. Może to prowadzić do utrzymującego się podrażnienia i stresu dla tkanek.
Zapalenie wiąże się również ze zmianami w przepływie krwi i metabolizmie. Z czasem organizm może przekierować zasoby na stałą obronę, co może wpływać na wykorzystanie energii i procesy naprawcze. U niektórych osób rozwija się „niski poziom” zapalenia, który wciąż powoduje długoterminowe szkody.
Mikrobiom jelitowy odgrywa rolę, ponieważ pomaga kontrolować układ odpornościowy. Gdy równowaga mikrobiologiczna jest zaburzona, więcej cząsteczek zapalnych może łatwiej przechodzić przez błonę jelitową. To może zachęcać do aktywacji układu odpornościowego i pogarszać zapalenie, zwłaszcza w jelitach.