Je verzamelt thuis een monster, meestal ontlasting, met behulp van een kit. Vervolgens stuur je het naar een laboratorium voor DNA-gebaseerde analyse. Hiermee kun je identificeren welke microben aanwezig zijn en in welke relatieve hoeveelheden.
Vervolgens vergelijkt het laboratorium je resultaten met referentiedatasets. Het kan de diversiteit schatten (hoeveel verschillende microben je hebt) en zoeken naar verschuivingen die verband houden met voeding, vertering en ontstekingssignalen. Sommige tests geven ook functionele aanwijzingen, zoals hoe microben vezels kunnen verwerken.
Tot slot worden de resultaten meestal samengevat in gemakkelijk leesbare categorieën. Vanaf daar kunnen clinici of voedingsadviezen aanbevelingen doen voor voeding en leefstijl die gericht zijn op het ondersteunen van gunstige microben, wat mogelijk kan verbeteren hoe je darmen voedsel afbreken.