Het metabool syndroom ontstaat wanneer het lichaam minder gevoelig wordt voor insuline. Na verloop van tijd kunnen hogere insulinespiegels en een hoger bloedsuikergehalte ontstaan, wat invloed heeft op hoe vetten en suikers worden opgeslagen en gebruikt.
Vet kan zich ophopen in de lever en rond organen, vooral bij gewichtstoename. Dit kan de bloedlipiden veranderen (hogere triglyceriden, lager HDL) en de bloeddruk verhogen door ontsteking en veranderingen in bloedvaten.
De darmmicrobioom kan bijdragen door invloed uit te oefenen op de spijsvertering, galzuren en korte-keten vetzuren. Deze signalen helpen ontsteking en stofwisseling te reguleren, dus een minder ondersteunend darmmicrobioom kan insulineresistentie en veranderingen in lipiden waarschijnlijker maken.