I percorsi Metacyc raggruppano enzimi e reazioni in percorsi definiti. Ad esempio, un passaggio trasforma un nutriente in un intermedio, che diventa ingresso per il passaggio successivo.
Nell'intestino, i microrganismi usano questi percorsi per scomporre carboidrati, proteine e grassi. Quando i microbi hanno i substrati giusti, possono produrre metaboliti chiave che sostengono la funzione dell'intestino.
Metacyc viene anche utilizzato per collegare i microbi ai metaboliti. Questo aiuta a mettere in relazione “ciò che c'è nel tuo intestino” con “quale lavoro metabolico sta avvenendo”, utile quando si interpretano i risultati di laboratorio basati sul microbioma.