Les acides biliaires commencent dans le foie, puis se rendent dans l'intestin grêle pour aider à digérer les graisses. Après avoir rempli leur rôle, une grande partie du mélange d'acides biliaires se déplace vers le côlon, où les bactéries intestinales peuvent le modifier.
Dans le côlon, certaines bactéries transforment les acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires via des enzymes qui modifient leur structure. Cette étape peut aussi influencer la réabsorption des acides biliaires et leur durée de séjour dans l'intestin.
Comme les acides biliaires façonnent l'environnement intestinal, les acides biliaires secondaires peuvent influencer les microbes qui s'épanouissent. À leur tour, ces microbes continuent de modifier les acides biliaires, créant une boucle de rétroaction entre la chimie des acides biliaires et le microbiome.