Le métabolisme microbien se produit principalement dans le côlon, où de nombreux microbes rencontrent des glucides non digérés, des fibres et certains composés liés à la bile. Ils utilisent des enzymes pour les décomposer en molécules plus petites.
Ensuite, les microbes « fermentent » certaines fibres, produisant des acides gras à chaîne courte (AGCC) comme l’acétate, le propionate et le butyrate. Ces AGCC aident à nourrir les cellules intestinales, soutiennent la barrière intestinale et influencent la façon dont votre corps gère l'énergie.
Le métabolisme microbien dépend également des signaux chimiques. Par exemple, les microbes interagissent avec les acides biliaires et peuvent en modifier les formes, ce qui peut influencer la digestion et l’inflammation. Lorsque les habitudes alimentaires changent, la communauté microbienne et ses produits peuvent aussi évoluer.