Czym jest zapalny wzorzec mikrobiomu jelitowego?
Zapalny wzorzec mikrobiomu to układ zmian w składzie lub funkcji drobnoustrojów, który w badaniach bywa powiązany z zapaleniem jelit. Nie ma jednego uniwersalnego „podpisu” bakterii, który samodzielnie potwierdzałby stan zapalny. Wyniki zależą między innymi od choroby, miejsca pobrania próbki, diety, leków i zastosowanej metody badania.
Mikrobiom jelitowy obejmuje bakterie, wirusy, grzyby i inne mikroorganizmy. Współpracuje z układem odpornościowym i uczestniczy w przemianach składników odżywczych. Gdy zmienia się jego równowaga, może wystąpić dysbioza, ale samo określenie „dysbioza” nie jest rozpoznaniem konkretnej choroby ani dowodem, że mikrobiom wywołał zapalenie.
Jakie bakterie mogą wiązać się z zapaleniem?
W badaniach nad nieswoistymi chorobami zapalnymi jelit (IBD), czyli chorobą Leśniowskiego-Crohna i wrzodziejącym zapaleniem jelita grubego, często opisywano zmiany obejmujące większy udział niektórych bakterii z typu Proteobacteria (nazwa używana także w klasyfikacji Pseudomonadota) oraz mniejszą liczebność części bakterii wytwarzających krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe. Przykładami badanych drobnoustrojów są niektóre szczepy Escherichia coli, w tym szczepy adhezyjno-inwazyjne (AIEC), a także bakterie z rodziny Enterobacteriaceae.
W niektórych badaniach przy zapaleniu obserwowano mniejszą liczebność Faecalibacterium prausnitzii i wybranych Bifidobacterium. Nie oznacza to jednak, że pojedynczy gatunek jest zawsze korzystny lub szkodliwy: znaczenie zależy od szczepu, środowiska jelitowego i pozostałych mikroorganizmów. Fusobacterium nucleatum badano w kontekście różnych chorób, w tym raka jelita grubego, ale jego wykrycie nie jest testem diagnostycznym ani dowodem przyczyny choroby.
Są to zależności obserwowane w badaniach, a nie samodzielne kryteria diagnostyczne. Obecność określonej bakterii w próbce kału nie potwierdza, że jelito jest objęte zapaleniem.
Co pokazują badania mikrobiomu?
Badanie mikrobiomu może opisywać wykryte drobnoustroje lub ich materiał genetyczny, względne proporcje taksonów, a w niektórych metodach także geny i potencjalne funkcje mikroorganizmów. Wynik zależy od technologii: sekwencjonowanie 16S rRNA daje głównie przegląd bakterii, a metagenomika może dostarczyć szerszych informacji o ich genach.
Takie badanie nie mierzy bezpośrednio stanu zapalnego i zwykle nie pozwala zdiagnozować IBD, IBS ani ustalić przyczyny objawów. Interpretację należy odróżniać od klinicznych badań markerów zapalnych, które oceniają inne cechy organizmu.