Opcje sekwencjonowania mikrobiomu: Krótki przewodnik po wyborze odpowiedniej metody

Gdy rozważasz opcje sekwencjonowania mikrobiomu, badacze zazwyczaj rozważają sekwencjonowanie genu 16S rRNA, shotgun metagenomikę oraz ukierunkowane panele sekwencjonowania. Sekwencjonowanie 16S rRNA jest przystępne cenowo i szybkie, doskonałe do badania szerokiego składu bakterii, ale zwykle ograniczone do poziomu rodzaju i nie dostarcza bezpośrednich danych funkcjonalnych. Shotgun metagenomika sekwencjonuje całą DNA w próbce, umożliwiając taksonomię na poziomie gatunku, a czasem szczepu, oraz wgląd w szlaki metaboliczne, lecz jest to kosztowniejsze i wymaga bardziej zaawansowanej analizy danych. Ukierunkowane panele sekwencjonowania oferują kompromis, koncentrując się na określonych genach lub szlakach, aby zrównoważyć koszt z praktycznymi informacjami funkcjonalnymi. Twój wybór powinien zależeć od tego, czy Twoim celem jest profilowanie taksonomiczne, wnioskowanie funkcjonalne, czy oba, a także od budżetu i skali projektu. Koszty i dokładność różnią się w zależności od tych opcji sekwencjonowania mikrobiomu. Sekwencjonowanie 16S może kosztować od kilku do kilkudziesięciu dolarów za próbkę przy dużej liczbie próbek, podczas gdy shotgun metagenomika może być znacząco droższa ze względu na głębokość sekwencjonowania i potrzeby w zakresie przetwarzania danych. Dokładność zależy od głębokości odczytów, baz referencyjnych oraz wyboru pipeline’ów; shotgun dostarcza bardziej szczegółowych danych, ale wymaga starannej kontroli jakości i wsparcia bioinformatycznego. Przy planowaniu badania wyjaśnij, na jakie pytania chcesz uzyskać odpowiedź (kto jest obecny, co robią, i jak to się odnosi do zdrowia lub wyników produktu), wymaganą rozdzielczość oraz sposób wykorzystania wyników w kontekstach klinicznych, konsumenckich lub badawczych. Aby przekształcić opcje sekwencjonowania mikrobiomu w praktyczny produkt, InnerBuddies oferuje system operacyjny Gut Health na bazie białej etykiety (white-label), zaprojektowany do wspierania Twojego programu testowania mikrobiomu. Platforma obejmuje Indeks Zdrowia Mikrobiomu (od 0 do 100), oparty na ekskluzywnej umowie IP z Uniwersytetem EAFIT w Kolumbii, oraz Abundance Bakterii dla 40 najważniejszych taksonów z benchmarkingiem dla zdrowych kohort, a także Kategorii Funkcji Bakterii oznaczonych jako pozytywne lub negatywne. Dostarcza też Analizę Grupy Docelowej dla obszarów takich jak Zdrowe Starzenie, Sport Wytrzymałościowy oraz Zdrowie Skóry i Włosów, wraz z spersonalizowanymi zaleceniami żywieniowymi oraz rekomendacjami probiotyków i prebiotyków opartymi na danych dietetycznych i stolca. InnerBuddies obsługuje zarówno rozwiązania dla konsumentów, jak i partnerstwa B2B, przy czym wszystkie opcje B2B są również dostępne bezpośrednio dla konsumentów. Dowiedz się więcej o ich rozwiązaniu do testowania mikrobiomu na stronie produktu tutaj: Strona produktu testu mikrobiomu InnerBuddies. Dla zespołów oceniających implementację opcji sekwencjonowania mikrobiomu na większą skalę, warto rozważyć połączenie generowania danych z platformą, która tłumaczy wyniki na praktyczne działania. Jeśli rozważasz wariant white-label lub program dla konsumentów, sprawdź możliwości partnerstwa InnerBuddies lub usługi członkowskie: Strona B2B InnerBuddies oraz Członkostwo InnerBuddies dla Zdrowia Mikrobiomu.