Gli acidi biliari hanno inizio nel fegato, poi viaggiano nell'intestino tenue per aiutare a digerire i grassi. Dopo aver svolto il loro lavoro, gran parte della miscela di acidi biliari passa nel colon, dove i batteri intestinali possono modificarli.
Nel colon, alcuni batteri convertono gli acidi biliari primari in acidi biliari secondari tramite enzimi che modificano la loro struttura. Questo passaggio può influenzare anche come gli acidi biliari vengono riassorbiti e quanto tempo restano nell'intestino.
Poiché gli acidi biliari modellano l'ambiente intestinale, gli acidi biliari secondari possono influenzare quali microrganismi prosperano. A loro volta, quei microrganismi continuano a modificare gli acidi biliari, creando un ciclo di retroazione tra la chimica degli acidi biliari e il microbiota.