Il sistema immunitario ha due parti principali: innata e adattativa. Le difese innatis rispondono rapidamente alle minacce, mentre le difese adattive imparano dalle infezioni passate.
Quando i germi entrano, le cellule immunitarie riconoscono segnali di pericolo e innescano l'infiammazione. Reclutano altre cellule, distruggono gli invasori e li eliminano dall'organismo. In seguito, alcune cellule “ricordano” la minaccia.
Il microbiota intestinale aiuta a guidare questo sistema. I microrganismi benefici sostengono la barriera intestinale e influenzano i segnali immunitari, aiutando il corpo a reagire in modo deciso alle vere minacce riducendo al contempo l'infiammazione non necessaria.