16S rispetto alla metatranscriptomica: tassonomia o funzione - quale metodo microbiologico dovresti usare?

Quando pianifica uno studio sul microbioma, spesso si trova di fronte a una scelta: 16s vs. metatranscriptomics. Il primo metodo mappa chi c'è tramite il sequenziamento del gene 16S rRNA per profilare la tassonomia, mentre il secondo indaga l'espressione genica attiva per rivelare la funzione in tempo reale. La decisione dovrebbe basarsi sul fatto che le domande riguardano chi è presente e come è composta la comunità, o cosa fanno effettivamente i microbi e come rispondono alla dieta, ai farmaci o ai fattori dell'ospite. Per i team che sviluppano test rivolti ai consumatori o studi di ricerca scalabili, allineare la scelta del metodo tra tassonomia e funzione aiuta a controllare costi, throughput e interpretabilità. Scegliere 16s è ideale per una profilazione tassonomica ampia su molti campioni, lo screening rapido dei gruppi di coorte e progetti con budget limitati. Fornisce una visione stabile della struttura e della diversità della comunità, e può alimentare dashboard che confrontano le abbondanze con un riferimento sano. Tuttavia, il 16s presenta alcuni compromessi: risoluzione limitata in alcuni casi, spesso ristretto a batteri e archaea, e nessuna lettura diretta dell’attività microbica o delle vie metaboliche. In molti contesti, si inferiscono le funzioni potenziali da associazioni note piuttosto che osservarle direttamente, rendendo questo approccio più adatto a domande centrate sulla tassonomia. Il metatranscriptomics, al contrario, eccelle quando si necessita di un insight diretto sulla funzione: quali vie sono attivamente espresse, come i microbi rispondono alla dieta o agli interventi, e come l’attività microbica si correlazioni con gli esiti dell’ospite. Offre una finestra sull’attività metabolica in tempo reale e sulla fisiologia microbica che la sola tassonomia non può fornire. Gli svantaggi sono concreti e significativi: costi più elevati, workflow di laboratorio più complessi, maggiori richieste di elaborazione dati e sensibilità alla qualità dell’RNA e alla manipolazione dei campioni. I risultati possono essere più scarsi e più difficili da interpretare su grandi coorti, quindi è essenziale un’attenta progettazione sperimentale. Molti progetti trovano valore in un approccio combinato—usando 16s per stabilire la tassonomia e il metatranscriptomics per evidenziare i cambiamenti funzionali. InnerBuddies offre un Sistema Operativo per la Salute del Gut a marchio bianco che può supportare prodotti che spaziano da analisi focalizzate sulla tassonomia a quelle sulle funzioni. La piattaforma è modulare ed è progettata per sostenere approfondimenti completi, incluso un indice di salute del microbioma intestinale (da 0 a 100), basato su un accordo di proprietà esclusiva con l’Università di EAFIT in Colombia, e una vista accessibile dei 40 principali batteri con confronti con coorti sane. Sul lato funzionale, le funzioni batteriche sono categorizzate e contrassegnate come positive o negative, permettendo di tracciare chiaramente i cambiamenti nelle vie metaboliche rilevanti per i gruppi target. L’analisi del Gruppo Target—che copre Invecchiamento Sano, Endurance e Power Sport, Salute della Pelle & dei Capelli, e altri—aiuta a tradurre dati complessi in indicazioni pratiche, mentre consigli nutrizionali personalizzati sfruttano diari alimentari di 3 giorni per adattare le raccomandazioni al microbioma di ogni individuo. Se si desidera valutare come combinare in modo pratico tassonomia e funzione, InnerBuddies può integrare entrambe le fonti di dati in un’esperienza coerente e adatta ai consumatori. Per saperne di più, visita la pagina del prodotto: Pagina del prodotto InnerBuddies, o esplora il coinvolgimento continuo con un abbonamento su Pagina abbonamento InnerBuddies. Se sei un’azienda interessata a un partner a marchio bianco, visita la nostra pagina B2B: Pagina B2B InnerBuddies per diventare partner.