Techniques de séquençage du microbiome : du 16S à la métagénomique shotgun

De 16S à la métagénomique shotgun, vous pouvez explorer le fonctionnement du séquençage du microbiome, comparer les méthodes et choisir l'approche qui convient le mieux à votre recherche — cliquez pour en savoir plus. Comprendre les techniques de séquençage du microbiome aide à adapter la conception de l'étude à vos objectifs, à votre budget et à vos délais. Les techniques traditionnelles de séquençage du microbiome, comme le profilage du gène 16S rRNA, ciblent les bactéries, tandis que le séquençage shotgun du génome entier analyse tout le matériel génétique d'un échantillon pour révéler des informations taxonomiques, fonctionnelles et même au niveau des souches. Votre choix influence l’analyse en aval, l’interprétation des données et les applications potentielles. Le séquençage 16S est un moyen économique de réaliser un sondage sur un grand nombre d’échantillons. En amplifiant une région courte du gène 16S rRNA, cette méthode fournit des profils microbiens rapides avec une résolution généralement au niveau du genre — voire parfois de l’espèce. Elle nécessite des ressources informatiques relativement modestes et des pipelines plus simples, ce qui en fait une solution idéale pour des enquêtes communautaires larges et des études exploratoires initiales. Cependant, le 16S offre une vision limitée sur la fonction et ne détecte généralement pas les membres non bactériens, il ne peut donc pas révéler directement les capacités métaboliques ou les différences précises entre souches. Si votre recherche se concentre sur des changements globaux dans la composition de la communauté sur un grand nombre d’échantillons, cette technique de séquençage du microbiome est souvent un bon point de départ. La métagénomique shotgun offre des insights plus approfondis à une résolution plus fine. En séquençant tout l'ADN d’un échantillon, elle permet d’attribuer des taxons au niveau de l’espèce ou de la souche, ainsi qu’un profilage direct des gènes et des voies métaboliques, capturant bactéries, virus, fungi et archaea. Cette approche révèle le potentiel fonctionnel et les interactions métaboliques, ce qui est précieux pour des études reliant le microbiome à la santé, la nutrition personnalisée ou des stratégies probiotiques ciblées. Les compromis incluent des coûts plus élevés, une préparation de bibliothèque plus complexe, des besoins informatiques plus importants et une sensibilité accrue à la contamination par l'ADN de l’hôte. Pour des questions de recherche portant sur les mécanismes et les voies fonctionnelles, la métagénomique shotgun est souvent la technique de séquençage du microbiome privilégiée. Pour les équipes et organisations qui développent des programmes de santé intestinale, InnerBuddies offre une plateforme puissante pour opérationnaliser les insights du séquençage. Notre système d'exploitation pour la santé du microbiome en marque blanche est modulaire et riche en fonctionnalités, conçue pour alimenter vos propres produits de test du microbiome. Des fonctionnalités comme l’indice de santé du microbiome (0–100)—soutenu par un accord exclusif avec l’Université EAFIT—ainsi que des insights exploitables sur les abondances bactériennes et les fonctions bactériennes vous aident à benchmarker par rapport à un cohort sain. L’analyse de groupes cibles et les conseils nutritionnels et probiotiques/prébiotiques personnalisés traduisent les résultats du séquençage en recommandations pratiques adaptées à la vieillesse saine, au sport d’endurance, à la santé de la peau et des cheveux, et plus encore. Pour voir ces capacités en action, explorez la page du test microbiome d’InnerBuddies : Test microbiome InnerBuddies, ou découvrez l’accès à notre Adhésion à la santé intestinale. Si vous envisagez un modèle basé sur des partenaires, notre programme B2B peut vous aider à co-créer des solutions avec vos clients : Devenir partenaire InnerBuddies.