Options de séquençage du microbiome : un guide rapide pour choisir la bonne méthode

Lorsqu'il s'agit d'options de séquençage du microbiome, les chercheurs pèsent généralement le séquençage du gène 16S rRNA, la métagénomique shotgun, et les panels de séquençage ciblé. Le séquençage 16S rRNA est abordable et rapide, idéal pour explorer la composition bactérienne large, mais il est généralement limité à une résolution au niveau du genre et ne fournit pas directement de données fonctionnelles. La métagénomique shotgun séquence tout l'ADN d'un échantillon, permettant une taxonomie au niveau des espèces et parfois des souches, ainsi que des insights sur les voies métaboliques, mais à un coût plus élevé et avec une analyse de données plus exigeante. Les panels de séquençage ciblé offrent une solution intermédiaire, en se concentrant sur des gènes ou des voies prédéfinis afin de équilibrer coût et informations fonctionnelles exploitables. Votre choix doit s'aligner avec votre objectif principal : profilage taxonomique, inférence fonctionnelle, ou les deux, ainsi qu'avec votre budget et l'ampleur de votre projet. Les coûts et la précision varient selon ces options de séquençage du microbiome. Le séquençage 16S peut coûter quelques dollars à une dizaine de dollars par échantillon lorsqu'on batch de nombreux échantillons, tandis que la métagénomique shotgun peut coûter beaucoup plus par échantillon en raison de la profondeur de séquençage et des besoins en traitement de données. La précision dépend de la profondeur de lecture, des bases de données de référence et des choix de pipeline ; la shotgun fournit des données plus riches, mais requiert une QC rigoureuse et un soutien en bio-informatique. Lors de la planification d'une étude, clarifiez les questions auxquelles vous souhaitez répondre (qui est là, ce qu'ils font, et comment cela se rapporte à la santé ou aux résultats produits), la résolution requise, et comment les résultats seront utilisés dans des contextes cliniques, grand public ou de recherche. Pour transformer les options de séquençage du microbiome en un produit pratique, InnerBuddies propose un système d'exploitation pour la santé intestinale en marque blanche conçu pour alimenter votre programme de tests microbiome. La plateforme inclut un Indice de Santé du Microbiome Intestinal (0–100), basé sur un accord IP exclusif avec l'Université EAFIT en Colombie, ainsi que les Abondances Bactériennes pour un top 40 de taxa avec une référence de cohorte saine et des Fonctions bactériennes classées comme positives ou négatives. Elle fournit également une Analyse de Groupe Cible pour des domaines tels que le Vieillissement Sain, le Sport d'Endurance, et la Santé de la Peau & des Cheveux, ainsi que des conseils Nutritionnels Personnalisés et des recommandations probiotiques et prébiotiques personnalisées basées sur l'alimentation et les données de selles. InnerBuddies sert à la fois des solutions de tests intestinaux pour le grand public et des partenariats B2B, avec toutes les options B2B également accessibles directement aux consommateurs. En savoir plus sur leur solution de test microbiome sur la page produit ici : Page produit du test microbiome InnerBuddies. Pour les équipes évaluant comment mettre en œuvre à grande échelle des options de séquençage du microbiome, envisagez de combiner la génération de données avec une plateforme qui traduit les résultats en actions concrètes. Si vous explorez une solution en marque blanche ou un programme prêt à l'emploi pour le grand public, consultez les opportunités B2B ou les services d'adhésion d'InnerBuddies : Page B2B d'InnerBuddies et Adhésion à la santé intestinale InnerBuddies.