Séquençage du microbiome intestinal : comprendre son analyse
Le séquençage du microbiome intestinal consiste à analyser le matériel génétique des micro-organismes présents dans un échantillon de selles. Il peut fournir des informations sur la diversité et la composition relative du microbiote, mais il ne permet pas, à lui seul, de poser un diagnostic ou de déterminer exactement l’état de santé d’une personne.
Dans ce guide, découvrez ce qu’est le microbiome, comment fonctionne une analyse du microbiote intestinal, quelles sont les principales méthodes de séquençage et comment interpréter leurs résultats avec prudence.
Microbiome, microbiote et flore intestinale : quelles différences ?
Le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement donné, par exemple l’intestin. Le microbiome peut désigner soit cet écosystème dans son ensemble, soit le matériel génétique de ses micro-organismes, selon le contexte. L’expression « flore intestinale » est encore courante, mais « microbiote intestinal » est plus précise sur le plan scientifique.
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L’intestin abrite une communauté complexe composée notamment de bactéries, d’archées, de virus et de champignons. Sa composition varie d’une personne à l’autre et peut évoluer avec l’alimentation, l’âge, l’environnement, certains médicaments et d’autres facteurs. Le microbiote est associé à plusieurs fonctions, comme la fermentation de certaines fibres et la production de métabolites. Ces associations ne signifient pas qu’un résultat de test explique à lui seul un symptôme ou une maladie.
Quel est le but du séquençage du microbiome ?
Le but du séquençage est de lire certaines séquences d’ADN présentes dans un échantillon afin d’identifier les groupes de micro-organismes détectés et d’estimer leur abondance relative. En recherche, ces données servent à comparer des communautés microbiennes, à étudier leurs gènes et à mieux comprendre leurs liens possibles avec l’alimentation ou certains phénomènes biologiques.
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Pour un particulier, une analyse peut donner des indications générales sur la diversité microbienne et certaines capacités génétiques estimées. Elle peut servir de point de départ pour discuter de l’alimentation et de l’hygiène de vie avec un professionnel. Elle ne remplace pas un examen clinique, une analyse médicale validée ni l’avis d’un médecin.
Comment fonctionne une analyse du microbiote intestinal ?
- Prélèvement : un échantillon de selles est recueilli à l’aide du matériel fourni par le laboratoire.
- Extraction : l’ADN microbien est séparé des autres composants de l’échantillon.
- Préparation : le laboratoire prépare le matériel génétique pour la lecture, selon la méthode choisie.
- Séquençage : une plateforme de séquençage lit des millions de fragments d’ADN.
- Analyse bioinformatique : les séquences sont comparées à des bases de données afin d’estimer les micro-organismes et les fonctions génétiques associées.
- Rapport : les résultats sont présentés sous forme de graphiques, de tableaux et parfois de recommandations générales.
Un prélèvement de selles représente une photographie partielle du microbiote à un moment donné. Les résultats peuvent dépendre du prélèvement, du transport, de la méthode d’extraction, de la base de données utilisée et des outils d’analyse.
Les principales méthodes de séquençage
Séquençage 16S
Le séquençage du gène 16S cible une région de l’ADN principalement utilisée pour étudier les bactéries et les archées. Il est souvent moins coûteux et permet de comparer la structure générale de communautés bactériennes. Selon la qualité des données et la région ciblée, l’identification peut être plus fiable au niveau de la famille ou du genre qu’au niveau de l’espèce.
Métagénomique shotgun
La métagénomique shotgun lit de nombreux fragments de l’ensemble de l’ADN présent dans l’échantillon. Elle peut fournir une vue plus large des bactéries, des archées, des champignons et de certains virus, selon le protocole employé. Elle permet également d’étudier des gènes associés à des fonctions biologiques, mais ces fonctions restent des capacités génétiques estimées : elles ne prouvent pas que ces gènes sont actifs dans l’organisme.
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La transcriptomique, la métabolomique et la protéomique peuvent compléter le séquençage. Elles étudient respectivement certains ARN, les molécules produites et les protéines présentes. Ces approches sont surtout utilisées dans la recherche et ne sont pas nécessairement incluses dans un test commercial du microbiote.
Que peut révéler un profilage du microbiote ?
Selon la méthode et le laboratoire, un rapport peut présenter :
- la richesse et la diversité des micro-organismes détectés ;
- les groupes microbiens les plus abondants, exprimés généralement en proportions relatives ;
- la comparaison avec une population de référence ;
- des gènes ou des voies métaboliques potentiellement associés à la transformation de certains nutriments ;
- des indicateurs de diversité alpha, qui décrivent un échantillon, et de diversité bêta, qui comparent plusieurs échantillons.
Ces indicateurs doivent être interprétés dans leur contexte. Il n’existe pas nécessairement un profil intestinal unique considéré comme idéal pour tout le monde, et l’abondance d’un micro-organisme ne suffit pas à conclure qu’il est bénéfique ou nocif.
Déséquilibre du microbiote : symptômes et limites d’interprétation
Le terme dysbiose est utilisé pour décrire une modification de la composition ou du fonctionnement d’une communauté microbienne. Sa définition varie selon les études et les méthodes utilisées. Des symptômes comme les ballonnements, les changements du transit ou l’inconfort abdominal peuvent avoir de nombreuses causes et ne permettent pas, à eux seuls, d’identifier un déséquilibre du microbiote.
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En cas de symptômes persistants, intenses, qui s’aggravent, ou accompagnés de sang dans les selles, de fièvre, de vomissements répétés ou d’une perte de poids inexpliquée, consultez rapidement un professionnel de santé. Un test commercial du microbiote ne doit pas retarder une consultation ni remplacer les examens recommandés.
Comment utiliser les résultats de façon raisonnable ?
- Vérifiez la méthode employée, le type d’échantillon et la portée réelle du rapport.
- Considérez le résultat comme une information complémentaire, et non comme un diagnostic.
- Évitez d’exclure de nombreux aliments ou de prendre des probiotiques et compléments uniquement sur la base d’un score.
- Privilégiez une alimentation variée et riche en fibres lorsque cela est compatible avec votre situation, en augmentant progressivement les quantités si nécessaire.
- Discutez des résultats avec un médecin, un diététicien ou un autre professionnel qualifié, surtout en cas de maladie, de grossesse, de traitement ou de symptômes persistants.
Les habitudes générales favorables à la santé intestinale comprennent aussi une activité physique adaptée, un sommeil suffisant et l’usage raisonné des médicaments. Elles ne garantissent pas un résultat particulier et doivent être adaptées aux besoins de chacun.
Faire un test du microbiote en France
Certains laboratoires proposent un test du microbiote à domicile avec un prélèvement de selles et un rapport en ligne. Avant de commander, vérifiez la méthode de séquençage, les micro-organismes recherchés, les conditions de conservation et de transport, la politique de confidentialité des données génétiques, ainsi que les qualifications des personnes qui commentent les résultats.
Les tests destinés au grand public ne sont généralement pas des examens diagnostiques et leur prise en charge par l’Assurance Maladie n’est pas automatique. Le prix, les délais et le niveau d’accompagnement dépendent du laboratoire et de la formule choisie. Le test du microbiote InnerBuddies peut être consulté pour connaître les modalités proposées.
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C’est quoi un microbiome ?
Le microbiome désigne, selon le contexte, l’écosystème microbien d’un environnement et le matériel génétique des micro-organismes qui le composent. Le microbiome intestinal correspond à la communauté microbienne et à ses gènes dans l’intestin.
Quels sont les symptômes d’un déséquilibre du microbiome ?
Il n’existe pas de liste de symptômes permettant de confirmer à elle seule une dysbiose. Des ballonnements, des douleurs abdominales ou des changements du transit peuvent avoir des causes diverses. Si ces signes sont persistants ou préoccupants, demandez un avis médical.
Quel est le but du séquençage ?
Le séquençage sert à lire du matériel génétique pour identifier des micro-organismes ou des gènes dans un échantillon. Pour le microbiome intestinal, il aide à décrire une communauté microbienne, mais ses résultats doivent être interprétés avec les limites de la méthode et le contexte de la personne.
Quel est le prix du séquençage du génome humain ?
Le séquençage du génome humain est différent du séquençage du microbiome intestinal. Son prix varie fortement selon la technologie, la couverture, l’analyse demandée et le cadre du test. Il n’existe donc pas de tarif unique à indiquer ici. Demandez un devis détaillé à un laboratoire et vérifiez si un accompagnement génétique est prévu lorsque le test a une portée médicale.