Microbiote intestinal : définition, importance et différence avec le microbiome

Le microbiote intestinal (autrefois appelé flore intestinale) désigne l'ensemble des micro-organismes — bactéries, virus, archées et champignons — qui vivent dans notre tube digestif. On estime que le corps humain abrite environ 100 000 milliards de microbes, dont la majorité se trouve dans l'intestin. Mais un terme proche revient souvent : le microbiome. Sont-ils identiques ? Pas tout à fait.

Comprendre la nuance entre ces deux concepts permet de mieux interpréter les informations sur la santé intestinale et de faire des choix éclairés pour son bien-être.

Quelle est la différence entre microbiote et microbiome ?

Ces deux termes sont souvent utilisés de manière interchangeable, mais ils renvoient à des réalités distinctes :

• Microbiote : l'ensemble des micro-organismes vivants (bactéries, virus, champignons, archées) présents dans un environnement donné, ici l'intestin. Ce sont les "habitants".
• Microbiome : le microbiote plus l'ensemble de leur matériel génétique (ADN, ARN) et des molécules qu'ils produisent. C'est le "patrimoine génétique" des habitants.

Exemple concret : Si le microbiote intestinal est une forêt avec tous ses arbres, plantes et animaux, le microbiome est cette forêt plus l'ADN de chaque espèce, les interactions entre elles et les substances qu'elles produisent. Le microbiome donne une vision plus complète de l'écosystème.

Les synonymes du microbiote intestinal

Selon les époques et les contextes, le microbiote intestinal peut être désigné par différents noms :

• Flore intestinale — terme historique encore très utilisé dans le langage courant
• Microflore intestinale — variante du précédent
• Microbiote intestinal — terme scientifique actuel recommandé
• Microbiome intestinal — voir la nuance expliquée ci-dessus

Dans cet article, nous utilisons principalement microbiote intestinal, le terme le plus précis et le plus employé dans la recherche contemporaine.

Pourquoi le microbiote intestinal est-il important ?

Le microbiote intestinal fait l'objet de recherches approfondies en raison de ses nombreux effets sur l'organisme. Les scientifiques ont découvert que les génomes des bactéries intestinales (le microbiome) sont environ 150 fois plus grands que le génome humain, ce qui signifie que nos microbes portent bien plus de gènes que nos propres cellules.

Les microbes intestinaux remplissent plusieurs fonctions essentielles :

• Ils participent à la production de certaines vitamines
• Ils aident à empêcher la prolifération de bactéries nocives
• Ils contribuent à entraîner et réguler le système immunitaire
• Ils fermentent les aliments non digérés pour produire des métabolites bénéfiques

Parmi ces métabolites, les acides gras à chaîne courte (AGCC) — acétate, propionate et butyrate — sont essentiels. Ils constituent la principale source d'énergie des cellules de la paroi du côlon, soutiennent la fonction de barrière intestinale et participent à la régulation de l'inflammation.

Le microbiote intestinal est également impliqué dans le maintien de l'intégrité de la paroi intestinale et dans la protection contre les agents pathogènes. En somme, il agit comme un véritable organe à part entière, pesant environ 1 à 2 kg.

Quels facteurs influencent le microbiote intestinal ?

Dès la naissance, notre microbiote intestinal se constitue et évolue sous l'influence de nombreux facteurs :

• Le mode d'accouchement (voie naturelle ou césarienne)
• L'allaitement (maternel ou au lait maternisé)
• L'exposition précoce aux antibiotiques
• L'environnement de vie (ville ou campagne)
• La présence d'animaux de compagnie
• La diversité de l'alimentation
• Un mode de vie actif

Un microbiote intestinal diversifié est généralement associé à une meilleure santé. À l'inverse, une faible diversité peut être liée à certains déséquilibres, appelés dysbiose.

L'alimentation, un levier majeur

L'un des facteurs les plus importants sur lesquels nous pouvons agir est l'alimentation. Les fibres végétales, par exemple, résistent à la digestion dans l'intestin grêle et arrivent dans le côlon où les bactéries les utilisent comme substrat. Par un processus appelé fermentation bactérienne, elles produisent alors des métabolites bénéfiques pour l'organisme.

Les légumes, les fruits, les légumineuses, les céréales complètes et les aliments fermentés sont particulièrement intéressants pour nourrir un microbiote intestinal équilibré.

Mode de vie et environnement

Vivre à la campagne, être entouré d'animaux ou pratiquer une activité physique régulière sont autant de facteurs qui peuvent contribuer à enrichir la diversité du microbiote intestinal. L'exercice physique, par exemple, stimule la libération de sérotonine, un neurotransmetteur qui participe au maintien de l'intégrité intestinale.

Questions fréquentes sur le microbiote intestinal

Le microbiote intestinal est-il le même pour tout le monde ?

Non, chaque personne possède un microbiote intestinal unique, façonné par son mode de vie, son alimentation, son environnement et son histoire médicale. Bien qu'il existe jusqu'à 1 000 espèces de bactéries intestinales connues, chaque individu en héberge entre 250 et 300.

Peut-on améliorer son microbiote intestinal ?

Oui, plusieurs habitudes peuvent soutenir un microbiote intestinal équilibré : une alimentation riche en fibres variées, la consommation d'aliments fermentés, un sommeil de qualité, une activité physique régulière et la réduction du stress.

Qu'est-ce que la dysbiose ?

La dysbiose désigne un déséquilibre du microbiote intestinal, caractérisé par une perte de diversité ou une prolifération de certaines bactéries au détriment d'autres. Elle est associée à divers troubles digestifs et à certaines pathologies inflammatoires.

Quelle est la différence entre un test du microbiote et un test du microbiome ?

Un test du microbiote analyse les types et l'abondance des micro-organismes présents dans l'intestin. Un test du microbiome va plus loin en analysant également le matériel génétique de ces micro-organismes, offrant une vision plus complète de leurs fonctions potentielles.

Testez votre microbiote intestinal : comprendre votre écosystème digestif

Les recherches récentes sur le microbiote intestinal ont mis en lumière l'impact profond de ces milliards de micro-organismes sur notre santé globale. De la fonction digestive au bien-être mental, l'équilibre de votre microbiote intestinal joue un rôle clé dans le maintien de l'équilibre de l'organisme.

Analyser votre microbiote intestinal peut fournir des informations précieuses sur la composition de votre écosystème interne. Un test de selles permet d'évaluer la diversité bactérienne, l'abondance relative des différentes espèces et d'identifier d'éventuels déséquilibres.

À quoi sert un test du microbiote intestinal ?

• Santé digestive : Un déséquilibre du microbiote peut contribuer à des inconforts tels que ballonnements, constipation ou diarrhée. L'analyse peut aider à identifier les causes possibles.
• Nutrition personnalisée : La composition de votre microbiote influence la façon dont votre corps réagit aux aliments. Un test peut orienter vers des choix alimentaires adaptés.
• Soutien immunitaire : Le microbiote intestinal joue un rôle dans la régulation du système immunitaire. Connaître sa composition peut aider à mieux comprendre ses défenses naturelles.
• Bien-être mental : Des études suggèrent un lien entre la santé intestinale et l'humeur, via ce qu'on appelle l'axe intestin-cerveau.

Un test du microbiote intestinal, comme celui proposé par InnerBuddies, vous permet d'obtenir un rapport détaillé sur votre écosystème intestinal et de bénéficier de recommandations personnalisées pour soutenir votre santé.

Références

1. Sender, R., Fuchs, S., & Milo, R. (2016). Révisées les estimations du nombre de cellules humaines et bactériennes dans le corps. PLoS Biology, 14(8), e1002533.
2. Consortium du réseau de recherche sur le microbiome humain intégratif (iHMP) (2014). Le projet sur le microbiome humain intégratif. Cell Host & Microbe, 16(3), 276–289.
3. Hill, C.J., et al. (2017). Évolution de la composition du microbiote intestinal de la naissance à 24 semaines dans la cohorte INFANTMET. Microbiome, 5(1), 4.
4. Bell, V., et al. (2018). Une santé, des aliments fermentés et un microbiote intestinal. Aliments, 7(12), 195.