Microbiome intestinal : comprendre les bactéries bonnes ou mauvaises
Le microbiome intestinal rassemble des milliers de micro-organismes dont les rôles dépendent de leur espèce, de leur souche, de leur abondance et du contexte général. Une bactérie n’est donc pas toujours simplement bonne ou mauvaise. Cet article explique la différence entre bactéries potentiellement bénéfiques, bactéries associées à certaines infections et bactéries ambivalentes comme Alistipes, Parabacteroides et Bacteroides fragilis.
Pourquoi opposer les bonnes et les mauvaises bactéries est réducteur
Le microbiote intestinal participe à la fermentation de certains aliments, à la production de métabolites et à la résistance à la colonisation par des micro-organismes indésirables. Ces fonctions varient toutefois selon les espèces et les souches. Une bactérie habituellement présente dans l’intestin peut devenir opportuniste si elle atteint un autre site du corps ou si les défenses de l’hôte sont altérées.
Les résultats d’une analyse du microbiote doivent donc être interprétés avec prudence. L’abondance d’un genre ne constitue pas un diagnostic et ne remplace pas un examen médical.
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Les bactéries souvent associées à des fonctions utiles
Bifidobacterium
Les bifidobactéries sont particulièrement abondantes au début de la vie, notamment chez certains nourrissons allaités. Elles participent à la fermentation de glucides et sont généralement associées au fonctionnement normal de l’écosystème intestinal. Les effets d’un probiotique dépendent toutefois de la souche, de la dose et de la situation de la personne.
Lactobacillus
Les lactobacilles sont présents dans différents environnements, notamment certains aliments fermentés comme le yaourt. Ils peuvent produire de l’acide lactique et contribuer à l’équilibre de certains écosystèmes. Il ne faut cependant pas généraliser les effets d’une souche à toutes les bactéries du genre.
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Akkermansia muciniphila
Cette bactérie utilise certains composants du mucus intestinal. Sa présence est étudiée en lien avec le métabolisme et la barrière intestinale, mais une association observée dans une étude ne prouve pas qu’augmenter son abondance améliore la santé. Aucun aliment ou complément ne garantit un effet précis sur cette bactérie.
Faecalibacterium prausnitzii
Faecalibacterium prausnitzii peut produire du butyrate, un acide gras à chaîne courte utilisé notamment par les cellules du côlon. Cette fonction est intéressante pour la recherche sur le microbiote, sans permettre à elle seule de prédire l’état de santé d’une personne.
Les bactéries potentiellement pathogènes ou opportunistes
Fusobacterium
Certaines espèces de Fusobacterium, notamment Fusobacterium nucleatum, sont étudiées parce qu’elles sont retrouvées plus fréquemment dans certains tissus ou environnements associés au cancer colorectal. Ces observations ne signifient pas que la bactérie cause à elle seule un cancer, ni qu’un résultat de microbiote puisse dépister cette maladie. Le dépistage et le suivi reposent sur les recommandations médicales.
Clostridioides difficile
Clostridioides difficile, autrefois appelé Clostridium difficile, peut provoquer une infection intestinale, notamment après certains traitements antibiotiques. Une diarrhée importante, persistante ou accompagnée de fièvre, de sang ou de signes de déshydratation nécessite un avis médical rapide.
Alistipes et Parabacteroides : des bactéries ambivalentes
Les genres Alistipes et Parabacteroides font partie des bactéries dont le rôle varie selon l’espèce, la souche, l’environnement intestinal et l’état général de l’hôte. Leur abondance ne suffit pas à déterminer s’ils sont bénéfiques ou problématiques.
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Alistipes ne peut pas être classé comme une bonne ou une mauvaise bactérie de manière générale. Certaines études l’associent à des caractéristiques potentiellement favorables dans des contextes précis, tandis que d’autres observent une association avec des troubles ou des marqueurs défavorables. Ces résultats ne prouvent pas qu’Alistipes soit la cause d’une maladie. Il est plus pertinent d’examiner l’ensemble du microbiote, les symptômes et les données médicales disponibles.
Parabacteroides est-il bon ou mauvais ?
Parabacteroides est un habitant normal de l’intestin chez de nombreuses personnes. Il peut participer à la dégradation de certains glucides et à la production de métabolites. Comme d’autres bactéries à Gram négatif, il possède des composants cellulaires tels que les lipopolysaccharides, qui peuvent contribuer à une réponse inflammatoire lorsqu’ils se trouvent dans un contexte inapproprié. Des infections dues à des espèces de ce genre restent possibles mais ne permettent pas de conclure que sa présence intestinale est nuisible.
Qu’est-ce que Bacteroides fragilis ?
Bacteroides fragilis est une bactérie anaérobie qui peut faire partie du microbiote intestinal normal. Certaines souches, dites entérotoxinogènes, produisent une toxine et sont étudiées pour leur lien avec des troubles intestinaux. La bactérie peut aussi provoquer une infection opportuniste si elle se retrouve dans la circulation sanguine ou dans des tissus où elle ne devrait pas être présente. La simple détection de Bacteroides fragilis dans un échantillon intestinal ne signifie donc pas qu’une infection est présente.
Que signifie un niveau élevé de Bacteroidetes ?
Les Bacteroidetes, parfois désignés sous le nom taxonomique plus récent de Bacteroidota, constituent un grand groupe du microbiote intestinal. Il comprend notamment les genres Bacteroides et Parabacteroides. Un niveau élevé n’est ni automatiquement bon ni automatiquement mauvais.
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- Il peut refléter l’alimentation : de nombreuses bactéries de ce groupe dégradent des glucides complexes et des fibres, tandis que certaines espèces utilisent aussi des protéines ou des lipides.
- Il dépend de la méthode d’analyse : les résultats peuvent varier selon l’échantillon, le laboratoire et la méthode utilisée.
- Il ne se lit pas isolément : la diversité, les fonctions microbiennes, les symptômes, les médicaments et le contexte médical comptent également.
Le rapport entre Bacteroidetes et Firmicutes a été beaucoup étudié, mais il ne constitue pas un indicateur universel permettant de diagnostiquer l’obésité, une dysbiose ou une autre maladie.
Quels aliments nourrissent les Bacteroides et les Bacteroidetes ?
Les bactéries intestinales utilisent différents substrats. Il n’existe pas de menu garantissant une augmentation précise d’un genre bactérien, mais une alimentation variée fournit généralement davantage de matières premières à un écosystème diversifié.
- Légumes et fruits : ils apportent des fibres et des composés végétaux variés.
- Légumineuses : lentilles, pois chiches, haricots et pois fournissent des glucides fermentescibles.
- Céréales complètes : avoine, pain complet, orge et autres céréales contribuent à l’apport en fibres.
- Aliments végétaux variés : alterner les familles et les couleurs peut aider à diversifier les sources de fibres.
Augmentez les fibres progressivement et buvez suffisamment selon vos besoins. Si vous souffrez d’un trouble digestif diagnostiqué, si certains aliments déclenchent des symptômes ou si vous suivez un régime médical, demandez conseil à un professionnel de santé avant de modifier fortement votre alimentation.
Comment soutenir son microbiome au quotidien
- Variez les fruits, légumes, légumineuses, noix, graines et céréales complètes selon votre tolérance.
- Augmentez progressivement les fibres plutôt que de changer brutalement votre alimentation.
- Limitez la répétition d’aliments très transformés au profit d’aliments simples et diversifiés.
- N’utilisez pas d’antibiotiques sans prescription et ne modifiez pas un traitement sans en parler à un professionnel de santé.
- Interprétez une analyse du microbiote avec recul : elle ne pose pas, à elle seule, un diagnostic et ne détermine pas forcément un traitement.
Questions fréquentes
Qu’est-ce que Bacteroides fragilis ?
Bacteroides fragilis est une bactérie anaérobie qui peut vivre normalement dans l’intestin. Certaines souches produisent une toxine et la bactérie peut devenir opportuniste dans d’autres tissus. Sa détection intestinale ne suffit pas à conclure à une infection ou à une maladie.
Alistipes est-il une bonne bactérie ?
Son rôle est contextuel. Certaines observations sont potentiellement favorables et d’autres défavorables. Son abondance seule ne permet pas d’évaluer la santé intestinale.
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Pas nécessairement. Ce résultat peut refléter l’alimentation ou la méthode d’analyse. Il doit être interprété avec les autres données disponibles et, si nécessaire, avec l’aide d’un professionnel de santé.
Quels aliments nourrissent les Bacteroides ?
Les fibres des légumes, fruits, légumineuses et céréales complètes peuvent fournir des substrats à de nombreuses bactéries du groupe Bacteroidetes. L’objectif est la diversité alimentaire, pas l’augmentation ciblée d’une seule bactérie.
En conclusion
Le microbiome intestinal fonctionne comme un écosystème. Alistipes, Parabacteroides et Bacteroides fragilis illustrent pourquoi une bactérie ne peut pas toujours être classée comme bonne ou mauvaise. Une alimentation diversifiée et riche en fibres peut soutenir un microbiote varié, mais aucun résultat isolé ne remplace une évaluation médicale. Consultez un professionnel si vos symptômes sont persistants, sévères, s’aggravent ou vous préoccupent.
Pour aller plus loin
- Rolhion, N. et Chassaing, B. Quand les bactéries pathogènes rencontrent le microbiote intestinal. Philosophical Transactions of the Royal Society B, 2016. Lire la publication
- Venkova, T., Yeo, C. C. et Espinosa, M. The good, the bad and the ugly: multiple roles of bacteria in human life. Frontiers in Microbiology, 2018. Lire la publication
- Gut Microbiota for Health. Gut microbiota: the good, the bad and the ugly. Consulter la ressource