Microbiome : définition, localisation et rôle dans le corps

Le microbiome est l’ensemble des gènes, des fonctions et des interactions liés aux micro-organismes présents dans et sur le corps humain. Il se trouve surtout dans le tube digestif, notamment dans le côlon, mais aussi sur la peau, dans la bouche, les voies respiratoires et le vagin. Comprendre sa différence avec le microbiote et adopter une alimentation variée peut aider à prendre soin de son équilibre général, sans remplacer un avis médical.

Qu’est-ce qu’un microbiome ?

Un microbiome est un écosystème composé de micro-organismes et de leur environnement. Chez l’être humain, il comprend notamment des bactéries, des virus, des champignons et des archées. Ces communautés vivent dans différents endroits du corps et interagissent avec leur habitat ainsi qu’avec nos propres cellules.

Découvrez le test du microbiome

Laboratoire européen certifié ISO • Stabilité de l'échantillon pendant le transport • Données sécurisées conformément au RGPD

Kit de test du microbiome

Le terme microbiome est souvent utilisé pour parler de l’ensemble des gènes portés par ces micro-organismes. Il peut aussi désigner plus largement leurs activités et leurs interactions. La terminologie n’est pas toujours employée de façon identique selon les publications, mais la distinction suivante reste utile :

Quelle est la différence entre microbiote et microbiome ?

• Le microbiote correspond à la communauté de micro-organismes elle-même, par exemple les bactéries, levures, virus et archées présents dans l’intestin.
• Le microbiome désigne généralement le patrimoine génétique de cette communauté et, dans un sens plus large, ses fonctions et son environnement.

Une comparaison simple peut aider : le microbiote représente les habitants d’une forêt, tandis que le microbiome englobe aussi leurs gènes, leurs activités et les conditions de vie de l’écosystème.

Consultez des exemples de recommandations de la plateforme InnerBuddies

Découvrez en avant-première les recommandations nutritionnelles, de compléments alimentaires, de journal alimentaire et de recettes qu'InnerBuddies peut générer en fonction de votre analyse du microbiome intestinal.

Voir des exemples de recommandations

Où se trouve le microbiome dans le corps ?

Le microbiome n’est pas situé dans un seul organe. Le corps abrite plusieurs écosystèmes microbiens, adaptés à des conditions différentes de température, d’humidité, d’acidité et de disponibilité des nutriments.

Le microbiome intestinal

L’intestin, et surtout le côlon, constitue le principal réservoir de micro-organismes du corps. Le microbiote intestinal participe à la transformation de certaines fibres alimentaires et produit des métabolites étudiés pour leur rôle dans le fonctionnement de l’organisme. Il interagit également avec la paroi intestinale et le système immunitaire. Ces relations sont complexes et ne permettent pas de conclure qu’une composition donnée garantit un état de santé particulier.

Les autres microbiomes du corps

• La peau : son microbiote fait partie de la barrière cutanée et évolue selon les zones du corps, l’âge, l’hygiène et l’environnement.
• La bouche : le microbiome oral comprend des communautés présentes sur les dents, la langue et les muqueuses. L’hygiène bucco-dentaire reste essentielle.
• Le vagin : cet écosystème est souvent riche en bactéries lactiques, mais sa composition varie selon les personnes et les périodes de la vie.
• Les voies respiratoires : elles hébergent également des micro-organismes, en quantité et diversité généralement différentes de celles observées dans l’intestin.

Quel est le rôle du microbiome ?

Le microbiome intestinal est associé à plusieurs fonctions importantes. Il ne fonctionne pas comme un organe isolé : son activité dépend de l’alimentation, de l’âge, du mode de vie, de l’environnement et d’autres facteurs individuels.

• Transformation des fibres : certaines bactéries utilisent des fibres que l’être humain ne digère pas complètement et produisent notamment des acides gras à chaîne courte.
• Interaction avec les défenses de l’organisme : le microbiote intestinal participe aux échanges avec la barrière intestinale et le système immunitaire.
• Production de certaines substances : des micro-organismes peuvent contribuer à la production ou à la transformation de vitamines et d’autres métabolites.
• Résistance à la colonisation : la présence de communautés microbiennes diversifiées peut limiter l’espace et les ressources disponibles pour certains micro-organismes indésirables.
• Communication intestin-cerveau : des signaux nerveux, immunitaires et métaboliques relient l’intestin au cerveau. Cette relation fait encore l’objet de recherches et ne signifie pas que le microbiome explique à lui seul l’humeur ou les capacités cognitives.

Quels sont les aliments bons pour le microbiome ?

Il n’existe pas un aliment unique capable d’améliorer à lui seul le microbiome. La diversité et la régularité de l’alimentation sont généralement plus importantes qu’un produit particulier. Pour soutenir le microbiote intestinal, vous pouvez essayer les habitudes suivantes :

Auto-évaluation en 2 minutes Un test du microbiome intestinal est-il utile pour vous ? Répondez à quelques questions rapides et découvrez si un test du microbiome est réellement utile pour vous. ✔ Prend seulement 2 minutes ✔ Basé sur vos symptômes et votre mode de vie ✔ Recommandation claire oui/non Vérifier si un test me convient →

1. Varier les végétaux : alternez légumes, fruits, légumineuses, céréales complètes, noix et graines afin d’apporter différents types de fibres.
2. Augmenter les fibres progressivement : une hausse trop rapide peut accentuer les gaz ou les ballonnements chez certaines personnes. Buvez suffisamment selon vos besoins et votre situation médicale.
3. Inclure des aliments fermentés si vous les tolérez : yaourt nature, kéfir, choucroute, kimchi ou miso peuvent contenir des micro-organismes vivants, mais leur composition varie selon la fabrication et la conservation.
4. Limiter la place des produits ultra-transformés : les remplacer régulièrement par des aliments peu transformés peut améliorer la qualité globale de l’alimentation.

Parmi les aliments riches en fibres, on peut citer les artichauts, asperges, poireaux, oignons, ail, lentilles, pois chiches, haricots, avoine, orge, pommes, baies, noix et graines. Si vous avez un intestin sensible, introduisez-les par petites portions et adaptez votre alimentation avec l’aide d’un professionnel si nécessaire.

Quels sont les symptômes d’un microbiote déséquilibré ?

Le mot dysbiose décrit une modification de la composition ou du fonctionnement d’une communauté microbienne. Il n’existe toutefois pas de liste de symptômes permettant, à elle seule, de diagnostiquer un mauvais microbiote. Des ballonnements, gaz, douleurs abdominales, constipation ou diarrhée peuvent avoir de nombreuses causes, comme une infection, une intolérance, un stress important ou une autre affection.

La fatigue, les changements d’humeur ou les difficultés de concentration sont également des signes non spécifiques. Si des symptômes persistent, s’aggravent ou s’accompagnent de sang dans les selles, de fièvre, de vomissements répétés, d’une perte de poids inexpliquée ou d’une douleur importante, consultez rapidement un professionnel de santé.

Devenez membre de la communauté InnerBuddies

Effectuez un test du microbiome intestinal tous les deux mois et suivez vos progrès tout en respectant nos recommandations

Prenez un abonnement InnerBuddies

Peut-on analyser ou améliorer son microbiome ?

Le microbiome évolue au fil du temps et peut être influencé par l’alimentation, l’activité physique, le sommeil, le stress, l’âge, l’environnement et certains médicaments. Une alimentation diversifiée, une activité régulière et un sommeil suffisant sont des mesures générales favorables à la santé, mais elles ne garantissent pas une composition microbienne précise.

Les tests du microbiome peuvent fournir des informations descriptives sur un échantillon à un moment donné. Ils ne permettent pas nécessairement de diagnostiquer une maladie ni de déterminer seuls le régime ou le traitement adapté. Vous pouvez consulter la page consacrée à l’analyse du microbiome pour mieux comprendre ce type d’approche, et demander conseil à un professionnel de santé pour interpréter toute question médicale.

FAQ sur le microbiome

Qu’est-ce qu’un microbiome ?

Le microbiome désigne généralement le patrimoine génétique des micro-organismes vivant dans et sur le corps, ainsi que leurs fonctions et leur environnement selon le contexte. Le microbiote, lui, correspond aux micro-organismes eux-mêmes.

Quelle est la différence entre microbiote et microbiome ?

Le microbiote est la communauté de bactéries, virus, champignons et autres micro-organismes. Le microbiome renvoie surtout à leurs gènes et peut aussi inclure leurs fonctions et les conditions de leur habitat.

Auto-évaluation en 2 minutes Un test du microbiome intestinal est-il utile pour vous ? Répondez à quelques questions rapides et découvrez si un test du microbiome est réellement utile pour vous. ✔ Prend seulement 2 minutes ✔ Basé sur vos symptômes et votre mode de vie ✔ Recommandation claire oui/non Vérifier si un test me convient →

Quels aliments peuvent soutenir le microbiome intestinal ?

Une alimentation variée comprenant des légumes, fruits, légumineuses, céréales complètes, noix et graines apporte différentes fibres. Les aliments fermentés peuvent également être inclus s’ils sont bien tolérés. Il est préférable d’augmenter les fibres progressivement plutôt que de modifier brusquement son alimentation.

Quels sont les symptômes d’un microbiote déséquilibré ?

Les troubles digestifs comme les ballonnements, les gaz, la constipation ou la diarrhée sont parfois associés à des changements du microbiote, mais ils ne sont pas spécifiques. Seul un professionnel de santé peut rechercher la cause de symptômes persistants ou préoccupants.

À retenir

Le microbiome est un ensemble d’écosystèmes microbiens présents dans tout le corps, avec une concentration particulièrement importante dans le côlon. Il participe à la transformation de certaines fibres et à de nombreuses interactions avec l’organisme. Pour le soutenir, privilégiez une alimentation diversifiée et introduisez les changements progressivement. En cas de symptômes persistants ou de problème de santé, demandez un avis médical.