16S contre Métatranscriptomique : Taxonomie ou Fonction - Quelle méthode de microbiome devriez-vous utiliser ?

Lors de la planification d'une étude sur le microbiome, vous êtes souvent confronté à un choix : 16s vs. métatranscriptomique. La première approche consiste à identifier qui est présent en séquençant le gène 16S rRNA pour profiler la taxonomie, tandis que la seconde explore l'expression génétique active pour révéler la fonction en temps réel. Votre décision doit se baser sur si vos questions portent sur qui est là et comment la communauté est composée, ou sur ce que les microbes font réellement et comment ils réagissent à l'alimentation, aux médicaments ou aux facteurs hôtes. Pour les équipes créant des tests destinés aux consommateurs ou des études de recherche scalables, aligner le choix de la méthode avec la taxonomie versus la fonction permet de mieux contrôler le coût, la capacité de traitement et l'interprétabilité. Choisir la méthode 16s est idéal pour un profilage taxonomique large sur de nombreux échantillons, une sélection rapide de cohortes, et des projets contraints par le budget. Elle offre une vision stable de la structure et de la diversité de la communauté, et peut alimenter des tableaux de bord comparant les abondances à une référence saine. Toutefois, le 16s a ses limites : résolution parfois restreinte, souvent limité aux bactéries et aux archées, et absence de lecture directe de l'activité microbienne ou des voies métaboliques. Dans de nombreux contextes, vous déduisez les fonctions potentielles à partir d'associations connues plutôt que de les observer directement, ce qui rend cette approche mieux adaptée aux questions centrées sur la taxonomie. La métatranscriptomique, en revanche, excelle lorsque vous avez besoin d'un aperçu direct de la fonction : quelles voies sont activement exprimées, comment les microbes répondent à l'alimentation ou aux interventions, et comment l'activité microbienne se corrèle avec les résultats chez l'hôte. Elle offre une fenêtre sur l'activité métabolique en temps réel et la physiologie microbienne que la seule taxonomie ne peut fournir. Les inconvénients sont réels : coûts plus élevés, workflows en laboratoire plus complexes, exigences accrues en traitement des données, et sensibilité à la qualité de l'ARN et à la manipulation des échantillons. Les résultats peuvent être plus rares et plus difficiles à interpréter sur de grandes cohortes, d'où la nécessité d'une conception expérimentale soignée. De nombreux projets trouvent une valeur dans une approche combinée — en utilisant le 16s pour établir la taxonomie et la métatranscriptomique pour éclairer les changements fonctionnels. InnerBuddies propose un système d'exploitation de la santé intestinale en marque blanche qui peut alimenter aussi bien des analyses basées sur la taxonomie que sur la fonction. La plateforme est modulaire et conçue pour soutenir des insights complets, y compris un Indice de Santé du Microbiome (de 0 à 100) développé dans le cadre d’un accord exclusif avec l’Université EAFIT en Colombie, et une vue accessible des 40 principales bactéries avec des comparaisons à une cohorte saine. Sur le plan fonctionnel, les Fonctions Bactériennes sont classées et étiquetées comme positives ou négatives, permettant un suivi clair des changements dans les voies métaboliques importantes pour les groupes cibles. L’analyse par groupe cible — couvrant le vieillissement en bonne santé, l’endurance et la puissance sportive, la santé de la peau et des cheveux, et plus encore — aide à transformer des données complexes en recommandations exploitables, tandis que les conseils nutritionnels personnalisés s’appuient sur des carnets alimentaires de 3 jours pour adapter les recommandations à chaque microbiome. Si vous cherchez à combiner la taxonomie et la fonction dans la pratique, InnerBuddies peut intégrer ces deux flux de données en une expérience cohérente et conviviale. En savoir plus sur la fiche produit : Page produit InnerBuddies, ou explorer l’engagement continu avec un abonnement sur Page d'abonnement InnerBuddies. Si vous êtes une entreprise à la recherche d’un partenaire en marque blanche, visitez notre page B2B à Page B2B InnerBuddies pour devenir partenaire.