Nell'intestino, i microrganismi scompongono il cibo che non digerisci bene. Alcuni microrganismi possono convertire l'idrogeno e l'anidride carbonica in metano. Questo è il motivo per cui il metano spesso compare quando c'è una fermentazione attiva nel colon.
La produzione di metano è comunemente associata a un gruppo di microrganismi chiamati metanogeni. Essi usano un "carburante" proveniente da altri batteri—come l'idrogeno prodotto durante la digestione. Quindi la produzione di metano dipende dall'equilibrio tra batteri fermentanti e metanogeni nel tuo intestino.
La dieta può spostare questo equilibrio. Un maggiore consumo di carboidrati fermentabili può aumentare la fermentazione, il che potrebbe innalzare i livelli di idrogeno e, in alcune persone, favorire la produzione di metano. Allo stesso tempo, i fattori ambientali dell'intestino (come il tempo di transito) possono modificare la frequenza con cui i percorsi di formazione del metano sono attivi.