Où se trouve le microbiome ? Intestin, peau et bouche
Le microbiome se trouve dans plusieurs environnements du corps, notamment le tube digestif, la peau et la bouche. Il désigne généralement le patrimoine génétique des micro-organismes présents dans un milieu, ainsi que, selon les définitions, leurs interactions avec cet environnement. Sa composition varie d’une zone à l’autre et d’une personne à l’autre.
Le microbiome intestinal, particulièrement dense dans le côlon, est le plus étudié. Pour le soutenir au quotidien, la meilleure approche consiste généralement à privilégier une alimentation variée, riche en fibres, et à adapter progressivement ses habitudes.
Qu’est-ce qu’un microbiome ?
Un microbiome correspond à l’ensemble des gènes et des fonctions potentielles des micro-organismes vivant dans un environnement donné. Ces micro-organismes comprennent notamment des bactéries, des champignons, des virus et des archées. Dans le langage courant, le terme peut aussi désigner l’écosystème microbien dans son ensemble.
Le microbiome n’est pas un organe séparé. Il fait partie d’un environnement local, comme l’intestin, la peau ou la bouche, où les micro-organismes interagissent entre eux et avec les cellules de l’hôte. Ces interactions peuvent contribuer à la digestion, à la protection des barrières et à l’équilibre de certains milieux, sans garantir à elles seules un état de santé particulier.
Quelle est la différence entre microbiote et microbiome ?
Les deux termes sont proches, mais ils ne désignent pas exactement la même chose :
- Microbiote : ensemble des micro-organismes présents dans un environnement, par exemple les bactéries, levures et autres microbes de l’intestin.
- Microbiome : ensemble du matériel génétique de ces micro-organismes et, selon l’usage scientifique, les fonctions et interactions de leur écosystème.
En résumé, le microbiote correspond plutôt aux habitants, tandis que le microbiome décrit leurs gènes et leur potentiel fonctionnel. Les définitions peuvent toutefois varier selon les publications, et les deux mots sont parfois employés comme des synonymes dans le langage courant.
Où se trouve le microbiome dans le corps ?
Chaque surface ou cavité en contact avec l’environnement peut héberger une communauté microbienne adaptée à ses conditions locales. Les principaux microbiomes humains sont les suivants.
Le microbiome intestinal
Le tube digestif abrite une grande diversité de micro-organismes, avec une densité particulièrement importante dans le côlon. Le microbiome intestinal participe notamment à la fermentation de certaines fibres et à la production de métabolites, comme des acides gras à chaîne courte. Il interagit aussi avec la muqueuse intestinale et les défenses locales.
Ces fonctions peuvent contribuer au fonctionnement digestif, mais elles ne permettent pas de déduire l’état de santé d’une personne à partir de la seule composition de son microbiome.
Le microbiome de la peau
Le microbiome cutané se trouve à la surface de la peau. Sa composition varie selon les zones, par exemple les régions sèches, grasses ou humides. Ces communautés participent à l’écosystème de la barrière cutanée et interagissent avec l’environnement local. Les produits d’hygiène, le climat, l’âge et d’autres facteurs peuvent influencer cet équilibre.
Le microbiome buccal
La bouche, la salive, la langue, les dents et les gencives constituent plusieurs niches microbiennes. Leur équilibre est lié au contexte bucco-dentaire et à l’hygiène quotidienne. Une bonne hygiène bucco-dentaire et un suivi régulier par un professionnel restent importants pour la santé de la bouche.
Les voies respiratoires et le microbiome vaginal
Les voies respiratoires supérieures et le vagin hébergent également des communautés microbiennes spécifiques. Leur composition dépend de nombreux facteurs biologiques et environnementaux. Une gêne persistante, des douleurs, des pertes inhabituelles ou tout autre symptôme préoccupant doivent être évalués par un professionnel de santé plutôt qu’interprétés à partir d’un test du microbiome.
Quels aliments peuvent soutenir le microbiome intestinal ?
L’alimentation influence l’environnement intestinal et peut contribuer à la diversité des apports nutritionnels disponibles pour les micro-organismes. Les effets varient selon les personnes. Il n’existe pas une liste universelle d’aliments qui conviendrait à tout le monde.
- Fibres variées : légumes, fruits, légumineuses, noix, graines et céréales complètes apportent différents types de fibres.
- Sources de prébiotiques : ail, oignon, poireau, asperge, légumineuses et banane peu mûre contiennent des composés que certains micro-organismes peuvent utiliser.
- Aliments fermentés : yaourt, kéfir, choucroute non pasteurisée, kimchi ou certains autres aliments fermentés peuvent contenir des micro-organismes vivants. Leur présence et leur quantité varient selon le produit.
- Aliments riches en polyphénols : fruits rouges, thé, cacao non sucré et noix apportent des composés végétaux intéressants dans une alimentation équilibrée.
- Variété et progressivité : augmenter doucement la quantité de fibres et boire suffisamment peut être plus confortable qu’un changement brutal.
En cas de sensibilité digestive, il est préférable d’adapter les quantités progressivement. Une douleur importante, un changement durable du transit, du sang dans les selles, une perte de poids involontaire ou des symptômes qui s’aggravent justifient un avis médical.
C’est quoi l’alimentation microbiome ?
L’expression alimentation microbiome désigne généralement une façon de manger qui cherche à soutenir le microbiome intestinal grâce à la diversité des aliments, aux fibres et à certains aliments fermentés. Elle ne correspond pas à un régime médical standardisé.
Dans la pratique, cela peut signifier varier les légumes, fruits, légumineuses et céréales complètes, choisir des aliments peu transformés lorsque cela est possible et limiter les excès d’aliments très sucrés ou ultra-transformés. Il n’est pas nécessaire de supprimer systématiquement un groupe alimentaire sans raison médicale ou accompagnement professionnel.
Pourquoi le microbiome intestinal est-il étudié ?
Les micro-organismes intestinaux peuvent participer à plusieurs fonctions :
- la fermentation d’une partie des fibres alimentaires ;
- la production de certains métabolites, dont des acides gras à chaîne courte ;
- les interactions avec la barrière intestinale et les défenses locales ;
- la transformation de certains composants alimentaires et médicaments.
La relation entre microbiome et santé est complexe. Des ballonnements ou un transit irrégulier peuvent avoir de nombreuses causes et ne suffisent pas à identifier un déséquilibre du microbiome. Le terme dysbiose est utilisé dans la recherche, mais il ne constitue pas à lui seul un diagnostic expliquant tous les symptômes digestifs.
FAQ sur le microbiome
Qu’est-ce qu’un microbiome ?
Le microbiome désigne principalement le matériel génétique des micro-organismes d’un environnement et leurs fonctions potentielles. Selon le contexte, il peut aussi désigner l’écosystème microbien dans son ensemble.
Quelle est la différence entre microbiote et microbiome ?
Le microbiote correspond aux micro-organismes présents dans un milieu. Le microbiome désigne leurs gènes et, dans un sens plus large, les fonctions et interactions de cette communauté avec son environnement.
C’est quoi le microbiome de la peau ?
Le microbiome de la peau est la communauté microbienne et le patrimoine génétique associés à sa surface. Il varie selon les zones du corps et de nombreux facteurs, comme l’humidité, le sébum, l’âge et les produits utilisés.
C’est quoi l’alimentation microbiome ?
C’est une approche non standardisée qui met l’accent sur la variété alimentaire, les fibres, les prébiotiques et, selon la tolérance de chacun, certains aliments fermentés. Elle ne remplace pas un conseil médical ou diététique personnalisé.
Quels sont les aliments bons pour le microbiome intestinal ?
Les légumes, fruits, légumineuses, céréales complètes, noix et graines peuvent apporter des fibres variées. L’ail, l’oignon, le poireau, l’asperge et la banane peu mûre sont des exemples de sources de prébiotiques. Les aliments fermentés peuvent compléter l’alimentation, mais leur effet dépend du produit et de la personne.
Un test du microbiome est-il utile ?
Les tests réalisés à partir de selles peuvent décrire certains micro-organismes détectés dans un échantillon. Leur interprétation et leur utilité varient, et ils ne permettent pas nécessairement de diagnostiquer une maladie ou de déterminer seuls le régime à suivre. En cas de symptômes persistants ou préoccupants, un professionnel de santé doit être consulté.