Augmentation de l'abondance bactérienne et diversité du microbiome : Résultats de l'étude InnerBuddies
Résultats des tests des conseils personnalisés sur les ingrédients V1 d'InnerBuddies dans le cadre d'une étude sur les amis et la famille
En 2022, InnerBuddies a mené une étude interne, le test « Friends & Family », pour évaluer l'impact de ses recommandations nutritionnelles personnalisées basées sur l'analyse du microbiome intestinal. Cet article présente les résultats mesurés, les leçons apprises et fournit des explications claires sur des concepts essentiels comme l'abondance bactérienne et la diversité du microbiote.
L'abondance bactérienne : qu'est-ce que c'est et que signifient les plages ?
Dans l'étude du microbiome, l'abondance bactérienne fait référence à la quantité de bactéries présentes dans un échantillon donné, comme un échantillon de selles. Elle peut être exprimée de deux façons principales :
- L'abondance relative : Elle indique la proportion (souvent en pourcentage) que représente un type de bactérie par rapport à la communauté bactérienne totale. La somme de toutes les abondances relatives d'un échantillon est égale à 100%.
- L'abondance absolue : Elle mesure la quantité totale ou le nombre absolu de cellules bactériennes (par exemple, le nombre de copies de gènes par gramme). Ces valeurs ne totalisent pas 100%.
Dans notre test, nous utilisons des mesures d'abondance relative. Nous comparons l'abondance des 35 principales bactéries d'InnerBuddies dans l'échantillon d'un individu avec les plages de référence établies à partir de notre cohorte saine. Si l'abondance d'une bactérie bénéfique est inférieure à la plage normale, nos conseils visent à l'augmenter. Inversement, pour les bactéries dites « négatives », le but est de les réduire si elles sont au-dessus de la plage.
Qu'est-ce que le conseil personnalisé sur les ingrédients InnerBuddies V1 ?
L'un des produits d'InnerBuddies est le conseil personnalisé sur les ingrédients. Dans la version 1 de ce conseil, la configuration est la suivante :
- Nous mesurons l'abondance des 35 principales bactéries d'InnerBuddies dans l'échantillon de microbiome intestinal (selles) de l'individu.
- Nous comparons cette abondance avec la plage minimale et maximale correspondante de notre cohorte saine de référence.
- Les bactéries sont classées en catégories « positives », « négatives » et « autres pertinentes ». Notre système identifie celles qui sont en dehors de leur plage saine.
- Ces bactéries sont liées à 7 catégories de santé intestinale scientifiquement validées. Si une catégorie nécessite une attention, des conseils sur des groupes d'aliments spécifiques sont générés pour aider à rééquilibrer le microbiome.
- Pour chaque aliment recommandé, une dose journalière conseillée est indiquée, basée sur les connaissances de notre équipe de diététiciens.
Configuration du test Famille et amis
L'équipe d'InnerBuddies souhaitait tester en interne l'efficacité des conseils sur les ingrédients. Nous avons organisé le test Friends & Family avec la configuration suivante :
- 50 participants au départ, 40 ont terminé l'étude complète.
- La période de test a duré 4 semaines en septembre 2022.
- 4 échantillons de selles ont été collectés par participant : un échantillon de base pour générer les conseils, un au début, un à mi-parcours (semaine 2) et un à la fin du test (semaine 4).
- Les participants recevaient un menu hebdomadaire personnalisé, préparé par nos diététiciens et basé sur leurs conseils spécifiques.
- Un questionnaire de fin d'étude a permis de recueillir les retours d'expérience et d'évaluer l'adhésion aux conseils.
Les retours des participants étaient positifs, avec des mentions d'un meilleur bien-être et de plus d'énergie. Certains participants ont dû abandonner en cours de route, principalement en raison de difficultés à intégrer le régime alimentaire dans leur quotidien.
Résultats mesurés : diversité et abondance bactérienne
Le test était une étude interne, non un essai clinique formel. Les participants ont été classés en trois groupes selon leur niveau d'adhésion aux conseils (VERT : élevé, JAUNE : satisfaisant, ORANGE : limité).
Indicateurs de diversité du microbiome
Indicateurs de diversité sur la période de test pour les 3 différents groupes de test
Nous avons observé une augmentation du nombre de genres bactériens différents (nombre d'OTU) tout au long des 4 semaines, tandis que l'uniformité de la population bactérienne (régularité de Pielou) restait stable. Le groupe VERT (meilleure adhésion) présentait une uniformité plus élevée que les groupes JAUNE et ORANGE.
L'indice de Shannon, qui combine uniformité et richesse, est un indicateur clé de la diversité globale du microbiome.
Indice de Shannon sur la période de test réparti sur les 3 groupes de test différents
Les trois groupes ont réussi à augmenter leur indice de Shannon de manière significative. L'augmentation était plus marquée dans le groupe VERT, suivie du groupe JAUNE, puis du groupe ORANGE. Cela suggère qu'une meilleure adhésion aux conseils personnalisés est corrélée à une plus grande diversité du microbiome intestinal, un facteur souvent associé à un meilleur état de santé général dans la littérature scientifique.
Évolution de l'abondance des bactéries spécifiques
| INDICATEURS DE DIVERSITÉ | CHANGEMENT |
| Indice de Shannon | + 5,17% |
| Nombre d'OTU | + 9,22% |
| Régularité de Pielou | + 3,64% |
| ABONDANCE DES BACTÉRIES | |
| BACTÉRIES POSITIVES (moyenne) | + 8,85% |
| Akkermansia | + 96,69% |
| Ruminococcaceae | + 178,12% |
| Lactobacillus | + 24,56% |
| Bifidobacterium | + 23,54% |
| BACTÉRIES NÉGATIVES | |
| Escherichia-Shigella | - 16,78% |
| Klebsiella | - 34,27% |
Comme le montre ce tableau, nos conseils personnalisés en ingrédients, lorsqu'ils sont suivis, semblent permettre d'orienter favorablement la composition du microbiome intestinal en seulement 4 semaines, avec une augmentation notable des bactéries bénéfiques et une réduction des bactéries moins désirables.
FAQ : Questions fréquentes sur l'abondance bactérienne
Qu'est-ce que l'abondance bactérienne ?
L'abondance bactérienne désigne la quantité de bactéries dans un échantillon. Elle peut être exprimée de manière relative (proportion par rapport à l'ensemble de la communauté, totalisant 100%) ou absolue (nombre total de cellules). Nos analyses utilisent principalement l'abondance relative pour comparer vos résultats à une cohorte de référence saine.
Les abondances relatives totalisent-elles toujours 100% ?
Oui, par définition, la somme des abondances relatives de toutes les bactéries détectées dans un échantillon est égale à 100%. C'est ce qui permet de comprendre la répartition et l'importance relative de chaque groupe au sein de l'écosystème intestinal.
Que signifie une « plage » d'abondance bactérienne ?
Une plage d'abondance définit les valeurs considérées comme « normales » ou « saines » pour une bactérie spécifique, basées sur une population de référence (notre cohorte saine). Elle est définie par un minimum et un maximum. Si l'abondance mesurée est en dehors de cette plage, cela peut indiquer un déséquilibre que nos conseils cherchent à corriger.
Quelle est la prochaine étape ?
InnerBuddies travaille actuellement sur une version mise à jour de ses recommandations. Avec la V2, nous visons plusieurs améliorations :
- Passage des bactéries aux voies bactériennes : Nous nous concentrerons sur les fonctions biologiques (voies) plutôt que sur les bactéries individuelles, pour des interventions encore plus ciblées.
- Approche plus universelle : Les fonctions bactériennes sont plus stables que les espèces bactériennes à travers les régimes alimentaires et les cultures, rendant nos conseils potentiellement plus adaptables.
- Explications plus claires : Cela nous permettra de mieux expliquer le « pourquoi » derrière chaque recommandation, en les reliant directement à des fonctions biologiques spécifiques.
Nous prévoyons de rendre cette mise à jour V2 disponible au premier trimestre 2025 et préparons déjà des essais cliniques en collaboration avec des universités pour valider scientifiquement ces nouvelles approches.