Abondance bactérienne : comprendre les résultats du microbiote

L’abondance bactérienne correspond à la quantité de bactéries détectées dans un échantillon, souvent un échantillon de selles lorsqu’il est question du microbiote intestinal. Elle peut être exprimée en proportion, appelée abondance relative, ou en quantité mesurée, appelée abondance absolue. Il n’existe pas une valeur normale unique pour tout le monde : l’interprétation dépend de l’échantillon, de la méthode utilisée et du contexte.

Dans cet article, vous trouverez une explication pratique des résultats d’abondance bactérienne, des unités comme les UFC, des notions de diversité et des limites du test interne Friends & Family d’InnerBuddies. Ces résultats sont exploratoires et ne constituent ni un diagnostic ni une preuve qu’un conseil alimentaire a causé un changement du microbiote.

Qu’est-ce que l’abondance bactérienne ?

L’abondance bactérienne désigne la quantité d’un groupe bactérien détectée dans une communauté microbienne. Elle peut être présentée de deux façons principales :

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• Abondance relative : proportion d’un groupe par rapport à l’ensemble des bactéries détectées. Lorsque tous les groupes sont inclus et normalisés, les proportions totalisent généralement 100 %.
• Abondance absolue : quantité mesurée avec une unité définie, par exemple un nombre de cellules, de copies de gènes ou d’unités formant colonie par gramme d’échantillon.

Par exemple, une abondance relative de 5 % signifie qu’un groupe représente environ 5 % des bactéries détectées selon la méthode d’analyse. Cela ne signifie pas nécessairement que la quantité réelle de ce groupe est identique chez deux personnes ou à deux moments différents.

Que signifie une abondance bactérienne élevée ?

Dire qu’une bactérie est abondante signifie qu’elle représente une part importante des bactéries détectées ou qu’elle est présente en grande quantité selon la mesure choisie. Cette observation n’est pas automatiquement positive ou négative. Son interprétation dépend notamment de la zone étudiée, des autres groupes présents, de la méthode d’analyse et de la population de comparaison.

Une hausse de l’abondance relative d’un groupe peut aussi s’expliquer par la diminution relative d’autres groupes. Elle ne prouve donc pas toujours que le nombre absolu de cette bactérie a augmenté. Pour cette raison, un résultat isolé ne suffit pas à évaluer l’état de santé d’une personne.

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Que signifie 10 UFC ?

UFC signifie unités formant colonie. Cette unité est utilisée dans certaines méthodes de culture pour estimer le nombre de microorganismes capables de former des colonies dans des conditions de laboratoire données. Une valeur de 10 UFC ne se lit pas seule : il faut connaître l’unité complète, par exemple UFC par gramme ou UFC par millilitre, le type d’échantillon et la méthode employée.

Les UFC ne correspondent pas nécessairement au nombre total de bactéries présentes. Certaines bactéries peuvent ne pas se développer dans les conditions de culture utilisées. Les résultats de séquençage, de culture et d’autres analyses ne sont donc pas directement interchangeables. En cas de résultat de laboratoire qui vous inquiète, demandez son interprétation au professionnel de santé qui l’a prescrit.

Existe-t-il un nombre normal de bactéries ?

Il n’existe pas de nombre normal unique applicable à tous les microbiotes. Les valeurs varient selon le site du corps, l’âge, l’alimentation, les médicaments, l’environnement, le moment du prélèvement et la technique d’analyse. Une plage de référence doit toujours être interprétée en fonction de la population et du protocole qui ont servi à l’établir.

Dans la version V1 du conseil InnerBuddies, l’abondance relative de 35 groupes bactériens était comparée à des plages établies à partir d’une cohorte de référence décrite comme saine. Une valeur située en dehors de cette plage ne constitue pas, à elle seule, la preuve d’une maladie, d’un déséquilibre ou de la nécessité d’un traitement.

Comment fonctionnait le conseil personnalisé sur les ingrédients V1 ?

1. Les 35 principaux groupes bactériens suivis par InnerBuddies étaient mesurés dans un échantillon de selles.
2. Les résultats étaient comparés aux valeurs minimale et maximale observées dans la cohorte de référence.
3. Les groupes étaient classés en catégories positives, négatives ou autres groupes pertinents selon le modèle utilisé.
4. Les écarts identifiés étaient reliés à sept catégories de santé intestinale utilisées par le système.
5. Lorsque cela était jugé pertinent, des conseils portant sur des groupes d’aliments étaient proposés, avec une quantité quotidienne indicative élaborée par l’équipe de diététiciens.

Ces recommandations étaient destinées à orienter l’alimentation. Elles ne remplaçaient pas l’avis d’un médecin ou d’un diététicien, notamment en cas de maladie, d’allergie, de grossesse, d’intolérance ou de régime médical spécifique.

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Comment s’est déroulé le test Friends & Family ?

• 50 personnes ont commencé le test et 40 l’ont terminé.
• La période d’observation a duré quatre semaines, en septembre 2022.
• Quatre échantillons de selles étaient prévus pour chaque participant : un échantillon de référence pour générer les conseils, puis des échantillons au début, à la deuxième semaine et à la quatrième semaine.
• Les participants recevaient un menu hebdomadaire personnalisé préparé par les diététiciens d’InnerBuddies.
• Un questionnaire final recueillait leur expérience et leur niveau d’adhésion.

Certains participants ont abandonné, principalement parce qu’il leur était difficile d’intégrer les recommandations dans leur quotidien. Certains ont déclaré ressentir un meilleur bien-être ou davantage d’énergie à la fin du test. Ces impressions étaient déclaratives et ne permettent pas d’attribuer ces changements aux conseils.

Résultats observés après quatre semaines

Les participants ayant terminé le test ont été répartis selon leur niveau d’adhésion : VERT pour une adhésion élevée, JAUNE pour une adhésion satisfaisante et ORANGE pour une adhésion limitée. Cette classification n’était pas une randomisation. Les groupes ne peuvent donc pas être comparés comme dans un essai clinique contrôlé.

Diversité du microbiome intestinal

Le nombre d’unités taxonomiques opérationnelles, ou OTU, a augmenté au fil des quatre semaines dans les données analysées. La régularité de Pielou est restée globalement stable. Le groupe VERT présentait une régularité plus élevée que les groupes JAUNE et ORANGE.

L’indice de Shannon combine la richesse et la régularité des groupes détectés. Les trois groupes ont enregistré une hausse de cet indice pendant le test, plus marquée dans le groupe VERT, puis dans les groupes JAUNE et ORANGE. Une diversité plus élevée est souvent étudiée pour décrire un écosystème microbien, mais elle ne suffit pas à évaluer à elle seule l’état de santé d’une personne.

Variations d’abondance rapportées

Indicateur	Variation moyenne rapportée
Indice de Shannon	+5,17 %
Nombre d’OTU	+9,22 %
Régularité de Pielou	+3,64 %
Groupes bactériens classés comme positifs, moyenne	+8,85 %
Akkermansia	+96,69 %
Ruminococcaceae	+178,12 %
Lactobacillus	+24,56 %
Bifidobacterium	+23,54 %
Escherichia-Shigella	-16,78 %
Klebsiella	-34,27 %

Ces pourcentages correspondent aux mesures rapportées dans ce test interne et doivent être lus avec prudence. Une variation relative importante peut refléter une faible valeur de départ, des différences de mesure ou un changement dans la proportion d’autres groupes. Les termes classés comme positifs ou négatifs décrivent la classification du modèle dans cette étude ; ils ne constituent pas un jugement médical sur une personne.

Peut-on voir les bactéries à un grossissement de 40× ?

Un grossissement de 40× peut parfois montrer des structures ou des amas dans une préparation adaptée, mais il ne permet généralement pas d’identifier ni de compter de façon fiable les différentes bactéries intestinales. L’analyse du microbiote repose plutôt sur des méthodes de laboratoire comme le séquençage, la culture ou d’autres techniques spécialisées. Une observation au microscope ne suffit pas à déterminer la composition ou l’état du microbiote.

Quelles bactéries peuvent être abondantes dans l’intestin ?

La réponse dépend de la personne, de la zone étudiée et de la méthode d’analyse. Dans des échantillons intestinaux, des groupes appartenant notamment aux genres Bacteroides, Faecalibacterium ou Ruminococcus peuvent être abondants, mais leur proportion varie fortement. Il est plus utile d’examiner l’ensemble du profil et son contexte que de rechercher une liste universelle des bactéries les plus abondantes.

Questions fréquentes sur l’abondance bactérienne

Quel est le nombre normal de bactéries ?

Il n’existe pas de nombre normal unique. Les valeurs de référence dépendent du site du corps, de l’échantillon, de la méthode et de la population étudiée. Un résultat isolé ne permet pas de poser un diagnostic.

Que signifie une bactérie abondante ?

Une bactérie abondante représente une proportion importante des bactéries détectées ou atteint une quantité élevée selon l’unité utilisée. Cette observation doit être interprétée avec les autres résultats et les limites de la méthode ; elle n’est pas automatiquement synonyme de problème ou de bénéfice.

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Que signifie 10 UFC ?

10 UFC signifie 10 unités formant colonie, mais la signification pratique dépend de l’unité complète, de l’échantillon et de la méthode de laboratoire. Cette valeur ne correspond pas forcément au nombre total de bactéries présentes.

Peut-on voir les bactéries à 40× ?

Un grossissement de 40× peut montrer certaines structures ou certains amas, mais il ne permet généralement pas d’identifier ni de compter de manière fiable les bactéries du microbiote intestinal. Des analyses spécialisées sont nécessaires.

Les abondances relatives totalisent-elles 100 % ?

Lorsqu’elles couvrent l’ensemble des bactéries détectées et sont normalisées, les abondances relatives totalisent généralement 100 %. Des catégories non classées ou des différences de méthode peuvent modifier la présentation des résultats.

Que signifie une plage d’abondance bactérienne ?

Une plage est un intervalle de comparaison défini à partir d’une population et d’une méthode données. Une valeur en dehors de cet intervalle ne signifie pas automatiquement qu’un problème de santé est présent.

À retenir

• L’abondance relative décrit une proportion ; l’abondance absolue décrit une quantité.
• Une bactérie abondante n’est pas automatiquement bénéfique ou problématique.
• Il n’existe pas une valeur normale identique pour tous les microbiotes.
• Dans ce test interne de quatre semaines, plusieurs indicateurs de diversité ont augmenté, avec des variations d’abondance pour certains groupes.
• Les observations suggèrent une association avec l’adhésion aux conseils, mais elles ne prouvent pas un lien de cause à effet.

Un test du microbiote ne remplace pas une consultation médicale. En cas de symptômes digestifs persistants, sévères, qui s’aggravent ou vous inquiètent, demandez conseil à un professionnel de santé qualifié.