Projet Holomicrobiome : définition, financement et rôle d'InnerBuddies
Le projet Holomicrobiome est un programme de recherche néerlandais doté de 200 millions d'euros, financé par le Fonds national de croissance (Groeifonds). Il étudie les microbiomes de l'être humain, des animaux, des plantes, des sols et de l'environnement comme un ensemble interconnecté, afin d'explorer des applications futures en santé, en agriculture et en durabilité. InnerBuddies participe à ce consortium grâce à son expertise du microbiome intestinal et des sols agricoles. Cet article explique ce qu'est le holomicrobiome, comment le programme est financé, quels sont ses objectifs et ses partenaires, et quel rôle y joue InnerBuddies.
Qu'est-ce que le microbiome ?
Un microbiome désigne l'ensemble des micro-organismes — bactéries, champignons et virus — présents dans un environnement donné, ainsi que leurs interactions avec cet environnement. Il existe par exemple le microbiome intestinal, le microbiome du sol ou les microbiomes associés aux plantes et à l'eau.
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Ces communautés microbiennes évoluent selon de nombreux facteurs : alimentation, milieu de vie, pratiques agricoles ou conditions environnementales. Leur composition varie d'une personne, d'un sol ou d'un écosystème à l'autre. Les recherches cherchent à comprendre les associations entre ces micro-organismes et le fonctionnement de leur environnement : l'analyse d'un microbiome ne permet pas à elle seule de poser un diagnostic médical.
- Le microbiome intestinal humain est étudié pour son lien avec la digestion et certaines fonctions de l'organisme.
- Le microbiome du sol contribue aux cycles des nutriments et à la qualité biologique des terres.
- Les microbiomes des plantes et des animaux participent aux interactions entre les organismes et leur milieu.
- Les microbiomes environnementaux, notamment dans l'eau et les sols, sont liés au fonctionnement des écosystèmes.
Que signifie le terme holomicrobiome ?
Le terme holomicrobiome décrit une approche qui considère plusieurs microbiomes comme des éléments interconnectés. Au lieu d'étudier séparément le microbiome intestinal, le sol, les plantes ou l'eau, cette perspective examine leurs relations et leurs influences réciproques.
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Cette vision ne signifie pas que tous les microbiomes fonctionnent de la même manière. Elle invite les chercheurs à étudier les échanges, les facteurs communs et les effets possibles des changements dans un écosystème sur d'autres systèmes. Le concept relie ainsi la santé humaine, l'alimentation, l'agriculture et l'environnement, tout en restant un domaine de recherche en développement.
Le projet Holomicrobiome en bref
- Financement : 200 millions d'euros réservés en mars 2024 par le gouvernement néerlandais via le Groeifonds (Fonds national de croissance).
- Coordination : ministère néerlandais de l'Agriculture, de la Nature et de la Qualité des aliments (LNV).
- Recherche : appels à projets scientifiques organisés par la NWO (Organisation néerlandaise pour la recherche scientifique), dont un appel prévu en 2026.
- Partenaires : consortium public-privé réunissant universités, centres médicaux universitaires, instituts de recherche et entreprises, dont l'Athena Institute de la VU Amsterdam, NIZO, DSM, Danone, Arla Foods, GenZai et InnerBuddies.
- Objectif : étudier ensemble les microbiomes humains, animaux, végétaux et environnementaux pour mieux comprendre leurs interactions.
En quoi consiste le projet Holomicrobiome Groeifonds ?
Selon la présentation du projet, le gouvernement néerlandais a réservé 200 millions d'euros en mars 2024 dans le cadre du Fonds national de croissance, le Groeifonds. Cette initiative repose sur un consortium public-privé consacré, sur le long terme, à l'étude des relations entre différents microbiomes.
Le projet est coordonné par le ministère néerlandais de l'Agriculture, de la Nature et de la Qualité des aliments (LNV). Pour en savoir plus sur le dispositif de financement, consultez le Fonds national de croissance néerlandais.
Objectifs principaux
- Cartographier et caractériser les microbiomes de différents écosystèmes.
- Analyser les interactions entre les microbiomes humains, animaux, végétaux et environnementaux.
- Développer des modèles et des outils pour mieux prévoir certaines évolutions des écosystèmes.
- Explorer des applications pour la santé, l'agriculture durable et la gestion de l'environnement.
- Favoriser la collaboration entre la recherche scientifique et le secteur privé.
Des partenaires publics et privés
Le consortium associe des acteurs de la recherche et des entreprises susceptibles de transformer les connaissances scientifiques en outils ou en applications. Parmi les participants figurent l'Athena Institute de la VU Amsterdam, l'institut de recherche NIZO, ainsi que des entreprises comme DSM, Danone, Arla Foods, GenZai et InnerBuddies.
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InnerBuddies apporte au consortium son expérience des analyses personnalisées du microbiome intestinal. Cette expertise contribue à la dimension humaine du projet et à l'étude des liens possibles entre alimentation, environnement et communautés microbiennes.
Grâce à son projet dérivé InnerSoils, consacré à la santé des sols agricoles, InnerBuddies travaille également sur un microbiome non humain. Cette double perspective, centrée sur l'intestin et les sols, s'inscrit pleinement dans l'approche du holomicrobiome. Pour les clients des tests du microbiome intestinal d'InnerBuddies, cette participation illustre l'inscription de l'entreprise dans un programme scientifique plus large, dont les résultats devront encore être validés par la recherche.
Pourquoi relier microbiomes, alimentation et environnement ?
Le microbiome du sol intervient dans les cycles biologiques et la disponibilité de certains nutriments pour les plantes. Son étude peut contribuer à mieux comprendre la qualité et la résilience des sols, sans garantir à elle seule un rendement agricole ou une qualité nutritionnelle donnée.
Les aliments proviennent d'écosystèmes agricoles et influencent l'exposition de l'être humain à différents micro-organismes et composés. Les chercheurs étudient donc les relations entre pratiques agricoles, alimentation, microbiome intestinal et environnement. Ces travaux explorent des associations et des mécanismes possibles : ils ne constituent pas des recommandations médicales personnalisées.
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Enfin, la santé des sols, des plantes, des animaux, des êtres humains et des milieux naturels dépend de facteurs biologiques, sociaux et environnementaux. Une approche interdisciplinaire peut aider à identifier des solutions plus cohérentes pour la durabilité, en tenant compte des effets à long terme et des limites de chaque intervention.
Ce que le projet peut apporter à terme
Le projet Holomicrobiome pourrait améliorer la compréhension des interactions microbiennes et soutenir le développement d'outils de recherche dans plusieurs secteurs, de l'agriculture à la santé publique. Les résultats devront être évalués selon des méthodes rigoureuses avant toute application en santé humaine ou toute recommandation destinée au grand public.
Un test du microbiome intestinal fournit des informations sur un échantillon et dans un contexte donné. Il ne suffit pas à déterminer l'état de santé général d'une personne, à diagnostiquer une maladie ou à remplacer l'avis d'un professionnel de santé. En cas de symptômes persistants, sévères ou préoccupants, consultez un professionnel de santé qualifié.
Questions fréquentes
Qu'est-ce que le microbiome ?
Un microbiome est l'ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons, virus) vivant dans un environnement donné, ainsi que leurs interactions avec celui-ci, comme le microbiome intestinal ou le microbiome du sol.
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Le holomicrobiome est une approche scientifique qui étudie plusieurs microbiomes comme des systèmes interconnectés plutôt que séparément.
Qui finance le projet Holomicrobiome ?
Le programme est financé à hauteur de 200 millions d'euros par le Fonds national de croissance néerlandais (Groeifonds), avec une coordination assurée par le ministère de l'Agriculture (LNV) et des appels à projets gérés par la NWO.
Quel est le rôle d'InnerBuddies ?
InnerBuddies contribue au consortium grâce à son expertise du microbiome intestinal humain et, via son projet InnerSoils, de la santé des sols agricoles.
À retenir
- Un microbiome est une communauté de micro-organismes associée à un environnement.
- Le holomicrobiome est une approche qui étudie les relations entre plusieurs microbiomes.
- Le projet néerlandais Holomicrobiome est financé à hauteur de 200 millions d'euros par le Groeifonds.
- Le consortium public-privé réunit des partenaires dont la VU Amsterdam, NIZO et InnerBuddies.
- Les recherches sont prometteuses, mais elles ne permettent pas encore de tirer des conclusions médicales individuelles à partir d'un microbiome seul.