Tecniche di analisi del microbioma: da 16S alla metagenomica

Esplorare le tecniche di analisi del microbioma, dal 16S alla metagenomica, apre un panorama di progetti sperimentali e interpretazioni dei dati. In pratica, i ricercatori scelgono tra il sequenziamento mirato del gene 16S rRNA per il profilo batterico e l’approccio shotgun (metagenomico) completo per catturare geni e vie metaboliche. Questa pagina riassume i flussi di lavoro di sequenziamento, consigli bioinformatici essenziali e studi di casi reali per migliorare la tua ricerca. Vedrai come pianificare il raccolto dei campioni, l’estrazione del DNA, la preparazione della libreria e le sessioni di sequenziamento, e come strutturare le analisi successive in funzione delle tue domande scientifiche. I flussi di lavoro di sequenziamento per le tecniche di analisi del microbioma variano a seconda dell’approccio. Per 16S, si esegue il sequenziamento degli ampliconi del gene 16S rRNA, seguito dall’elaborazione dei dati con DADA2 o Deblur per generare varianti di sequenza degli ampliconi (ASVs), quindi assegnazioni tassonomiche con SILVA o Greengenes. Per la metagenomica shotgun, si svolge un sequenziamento senza targeting per recuperare segnali tassonomici e funzionali, con strumenti come Kraken2 o MetaPhlAn3 per il profilo tassonomico e HUMAnN3 per le vie funzionali. Consigli bioinformatici chiave includono un rigoroso controllo di qualità, screening dei contaminanti, normalizzazione corretta, trasformazioni di rarificazione o di stabilizzazione della varianza, e considerazioni ponderate tra ampiezza e profondità. Suggerimenti pratici su riproducibilità, flussi di lavoro versionati e ambienti containerizzati aiutano a garantire risultati solidi e condivisibili. InnerBuddies offre un sistema di gestione del benessere intestinale a marchio bianco, progettato per potenziare i prodotti di test del microbioma su larga scala. La sua piattaforma modulare include un indice di salute del microbioma intestinale (da 0 a 100), derivato da un accordo di proprietà esclusiva con l’Università EAFIT in Colombia, che fornisce una lettura standardizzata della salute tra diversi gruppi. Presenta anche le Abitudini Batteriche con un pannello di 40 batteri principali e approfondimenti comparativi rispetto a un gruppo di controllo sano, e le Funzioni Batteriche che categorizzano le attività metaboliche come positive o negative con parametri di riferimento del gruppo. L’analisi del Gruppo Target va oltre le sintesi generiche, evidenziando vie pertinenti per il Benessere Anagrafico, lo Sport di Resistenza, lo Sport di Potenza, la Salute della Pelle e dei Capelli, e altri segmenti di consumatori. Per interventi nutrizionali, i Consigli Nutrizionali Personalizzati utilizzano diarietti alimentari di 3 giorni in combinazione con i dati delle feci per personalizzare le indicazioni dietetiche, mentre i Consigli su Probiotici e Prebiotici Personalizzati suggeriscono ceppi adatti al microbioma dell’individuo. Scopri di più sul test del microbioma di InnerBuddies e su come può inserirsi nel tuo percorso di prodotto alla pagina prodotto del test microbioma di InnerBuddies. Se cerchi un coinvolgimento continuo, l’Abbonamento alla Salute Intestinale offre accesso in abbonamento a approfondimenti e aggiornamenti. Per opportunità di collaborazione, visita la pagina Diventa Partner per esplorare collaborazioni B2B. Che tu sia nel mondo accademico, industriale o sanitario, integrare tecniche robuste di analisi del microbioma con una piattaforma scalabile può accelerare scoperte e sviluppo di prodotti. Studi di casi che coprono il Benessere Anagrafico, gli sport di resistenza, la salute della pelle e altro ancora illustrano come le intuizioni di 16S e metagenomica si traducano in strategie pratiche. Se sei pronto ad esplorare flussi di lavoro pratici, suggerimenti per l’analisi dei dati e applicazioni nel mondo reale, queste risorse possono aiutarti a superare i limiti della tua ricerca sul microbioma.