Abbondanza batterica: significato, intervalli e risultati dello studio
L’abbondanza batterica descrive quanto è rappresentato un determinato batterio in un campione del microbioma. Può essere espressa come percentuale rispetto alla comunità rilevata, cioè abbondanza relativa, oppure come quantità stimata di cellule o copie di DNA, cioè abbondanza assoluta. Non esiste un unico valore “normale” valido per tutte le persone: il risultato dipende dal metodo di analisi, dal campione e dalla popolazione di riferimento.
In questo articolo spieghiamo come interpretare gli intervalli di abbondanza e riassumiamo i risultati del test interno Friends & Family condotto da InnerBuddies nel 2022. I dati sono esplorativi e non costituiscono una prova clinica dell’efficacia di un intervento nutrizionale.
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Come si è svolto il test Friends & Family
Il test ha valutato la prima versione del protocollo di consigli personalizzati sugli ingredienti, indicata come V1. Sono state coinvolte 50 persone tra familiari e amici; 40 hanno completato il periodo di osservazione di quattro settimane, nel settembre 2022.
- Campioni: per ciascun partecipante erano previsti quattro campioni di feci: un campione basale raccolto a giugno per generare i consigli, uno all’inizio del test, uno alla settimana 2 e uno alla settimana 4.
- Piano alimentare: i dietologi di InnerBuddies hanno preparato un menu settimanale fisso per ogni partecipante, basato sui consigli personalizzati derivati dall’analisi del microbioma.
- Aderenza: i partecipanti sono stati suddivisi nei gruppi VERDE, GIALLO e ARANCIONE in base a quanto avevano seguito i consigli. Alcuni hanno riferito una percezione di maggiore benessere ed energia, ma queste impressioni non dimostrano un effetto causale.
Che cos’è l’abbondanza batterica?
Nel microbioma intestinale, l’abbondanza batterica indica la presenza di un determinato taxon, per esempio un genere o una specie, all’interno del campione analizzato. Il termine può riferirsi a una proporzione oppure a una quantità. Per questo, prima di confrontare due risultati, è importante sapere quale misura è stata utilizzata.
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Abbondanza relativa
L’abbondanza relativa è la percentuale che un batterio rappresenta rispetto alle sequenze o ai microrganismi rilevati nel campione. Nei test basati sulla composizione, come molte analisi del gene 16S rRNA, le percentuali dei gruppi inclusi nell’analisi sono generalmente normalizzate a un totale del 100%. Questo dato mostra come è distribuita la comunità, ma non dice da solo quante cellule batteriche siano presenti in totale.
Abbondanza assoluta
L’abbondanza assoluta stima la quantità effettiva di batteri, cellule o copie di DNA in una determinata massa o volume, ad esempio per grammo di campione. Può essere valutata con tecniche come qPCR o ddPCR, a seconda del protocollo. Un aumento della percentuale relativa di un batterio non significa necessariamente che sia aumentato anche il suo numero assoluto: potrebbe essere cambiata la quantità degli altri batteri.
Come si definiscono gli intervalli di riferimento
Un intervallo di riferimento del microbioma è un insieme di valori osservati in una popolazione definita, spesso descritta come coorte di riferimento. Non equivale automaticamente a un intervallo clinico o a una soglia diagnostica.
Gli intervalli possono cambiare in base a:
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- livello di classificazione, per esempio famiglia, genere o specie;
- popolazione analizzata, area geografica, età e abitudini alimentari;
- farmaci, condizioni di salute e altri fattori individuali;
- modo in cui sono raccolti, conservati e filtrati i campioni.
Di conseguenza, un valore basso o alto rispetto a una coorte non permette da solo di stabilire se una persona sia malata o abbia bisogno di un trattamento. Anche esempi pubblicati per batteri come Faecalibacterium prausnitzii o i bifidobatteri non devono essere considerati soglie universali.
Nel test V1 abbiamo utilizzato l’abbondanza relativa di 35 batteri chiave e abbiamo confrontato il campione di ciascun partecipante con i valori minimo e massimo osservati nella coorte di riferimento interna. Questo confronto serviva a individuare differenze rispetto a quel gruppo, non a formulare diagnosi.
Risultati osservati nel test interno
I partecipanti con maggiore aderenza ai consigli, appartenenti al gruppo VERDE, hanno mostrato i cambiamenti medi più marcati negli indicatori di diversità. Poiché il test era interno, non pubblicato e non progettato come studio clinico controllato, i risultati devono essere interpretati come osservazioni preliminari.
- Indice di Shannon: variazione media del +5,17%. Tiene conto sia della ricchezza sia della distribuzione dei gruppi batterici.
- Numero di OTU: variazione del +9,22% nel conteggio delle unità tassonomiche operative utilizzate nell’analisi.
- Uniformità di Pielou: variazione media del +3,64%, un indice della distribuzione più o meno uniforme dei gruppi rilevati.
Nel confronto tra inizio e fine del test sono state inoltre osservate variazioni relative in alcuni gruppi:
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| Gruppo o batterio | Variazione relativa osservata |
|---|---|
| Ruminococcaceae | +178,12% |
| Akkermansia | +96,69% |
| Hafnia-Obesumbacterium | +52,61% |
| Lactobacillus | +24,56% |
| Bifidobatteri | +23,54% |
| Roseburia | +19,97% |
| Butyricicoccus | +19,26% |
| Klebsiella | -34,27% |
| Escherichia-Shigella | -16,78% |
Queste percentuali descrivono variazioni di abbondanza relativa nel gruppo analizzato. Non indicano che ogni partecipante abbia avuto lo stesso cambiamento, né dimostrano che un batterio sia sempre “buono” o “cattivo”. Il significato biologico dipende dal contesto, dalla specie, dalla funzione e dalle condizioni individuali.
Come interpretare un risultato del microbioma
- Controlla il tipo di misura: verifica se il valore è relativo o assoluto.
- Considera il metodo: risultati ottenuti con tecniche diverse non sono sempre direttamente confrontabili.
- Leggi la coorte di riferimento: età, area geografica, criteri di salute e dimensione del gruppo influenzano gli intervalli.
- Osserva l’insieme: un singolo batterio non descrive da solo la salute intestinale o la qualità della dieta.
- Valuta i sintomi separatamente: un test del microbioma non sostituisce una valutazione sanitaria.
Domande frequenti sull’abbondanza batterica
Qual è una quantità batterica normale?
Non esiste un conteggio normale universale per tutti i batteri intestinali. La risposta dipende dal batterio, dal tipo di campione, dal metodo usato e dalla popolazione di riferimento. Un risultato fuori dall’intervallo di una coorte non è, da solo, una diagnosi.
Quali sono i batteri più abbondanti nel corpo umano?
Dipende dalla sede del microbioma. I batteri presenti nell’intestino non sono gli stessi che si trovano principalmente nella bocca o sulla pelle. Nell’intestino, gruppi appartenenti soprattutto ai phyla Bacteroidota e Bacillota sono spesso rappresentati in modo rilevante, ma la composizione varia notevolmente tra individui e metodi di analisi. È più utile interpretare il profilo completo del campione che cercare un singolo batterio dominante.
I batteri si possono vedere a 40×?
In genere, la microscopia a 40× non permette di identificare in modo affidabile la maggior parte dei batteri intestinali. Molti sono troppo piccoli e richiedono ingrandimenti maggiori, preparazione del campione e spesso colorazioni o tecniche specialistiche. I test del microbioma basati sul DNA non osservano direttamente i batteri al microscopio.
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Nei dati composizionali normalizzati, la somma dei gruppi inclusi è generalmente pari al 100%. Filtri, categorie non classificate e arrotondamenti possono però modificare la visualizzazione. Questo totale non equivale alla quantità assoluta di batteri nel campione.
Dal singolo batterio alla funzione
Un possibile sviluppo della versione V2 consiste nello spostare l’attenzione dall’abbondanza di singoli batteri alle funzioni o ai percorsi biologici che possono svolgere. Per esempio, più gruppi diversi possono contribuire a processi simili, mentre lo stesso genere può includere specie con caratteristiche differenti. Questo approccio può rendere l’interpretazione più contestualizzata, ma richiede validazione e non consente di prevedere automaticamente effetti sulla salute.
Nota importante: questo articolo riporta i risultati di un test interno Friends & Family, non di uno studio clinico pubblicato e sottoposto a revisione paritaria. Le informazioni sono di carattere educativo e non costituiscono diagnosi o consulenza medica. Se i sintomi sono persistenti, intensi, in peggioramento o preoccupanti, consulta un professionista sanitario qualificato.