Abbondanza batterica: significato, valori e come leggerla
L’abbondanza batterica indica quanto un determinato batterio è rappresentato in un campione del microbioma intestinale. Può descrivere una proporzione, chiamata abbondanza relativa, oppure una quantità stimata, chiamata abbondanza assoluta. Non esiste un conteggio normale universale valido per tutte le persone: il significato dipende dal batterio analizzato, dal tipo di campione, dal metodo di laboratorio e dalla popolazione di riferimento.
In questa guida trovi un modo pratico per leggere i risultati del microbioma, la differenza tra percentuali e quantità, il significato di un valore espresso in CFU e i limiti del test interno Friends & Family condotto da InnerBuddies nel 2022.
Che cos’è l’abbondanza batterica?
Nel microbioma intestinale, l’abbondanza batterica descrive la presenza di un taxon, per esempio una famiglia, un genere o una specie, nel campione analizzato. Il termine non indica necessariamente che un batterio sia benefico o dannoso. Per interpretarlo bisogna considerare la specie, la funzione possibile, il contesto del campione e il metodo con cui è stato rilevato.
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Abbondanza relativa
L’abbondanza relativa è la percentuale che un batterio o gruppo rappresenta rispetto a tutti i gruppi rilevati e inclusi nell’analisi. Nei dati composizionali normalizzati, la somma delle categorie visualizzate è generalmente pari al 100%.
Una percentuale relativa mostra come è distribuita la comunità, ma non dice da sola quante cellule batteriche siano presenti. Se la percentuale di un gruppo aumenta, ciò può dipendere dalla sua crescita effettiva oppure dalla diminuzione relativa di altri gruppi.
Abbondanza assoluta
L’abbondanza assoluta è una stima della quantità effettiva di cellule batteriche o copie di DNA in una determinata massa o volume, per esempio per grammo di campione. A seconda del protocollo, può essere valutata con tecniche come qPCR o ddPCR.
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Un valore relativo e uno assoluto non sono direttamente intercambiabili. Per confrontare due risultati è quindi importante controllare unità di misura, metodo analitico, tipo di campione e momento della raccolta.
Che cosa significa un valore espresso in CFU?
CFU significa unità formanti colonia. È una misura usata in microbiologia per stimare quante unità vitali e coltivabili possono formare colonie in condizioni di laboratorio. Una CFU non corrisponde necessariamente a una singola cellula: una colonia può derivare da una cellula o da un piccolo gruppo di cellule.
Un risultato di 10 CFU indica che, nelle condizioni e nella quantità di campione analizzate, sono state stimate 10 unità formanti colonia. Da solo non dice se il valore sia normale, basso o alto. Per interpretarlo servono il batterio esaminato, il volume o la massa del campione, la tecnica utilizzata, il limite di rilevazione e un eventuale intervallo di riferimento validato.
I CFU derivano da una coltura e non sono la stessa cosa delle letture ottenute da sequenziamento del DNA. Per questo non devono essere confrontati direttamente con una percentuale di abbondanza relativa o con una stima di copie genetiche.
Come si definiscono gli intervalli di riferimento?
Un intervallo di riferimento del microbioma raccoglie i valori osservati in una popolazione definita, chiamata spesso coorte di riferimento. Non equivale automaticamente a un intervallo clinico o a una soglia diagnostica.
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- metodo di laboratorio, come sequenziamento 16S, metagenomica o qPCR;
- livello di classificazione, per esempio famiglia, genere o specie;
- età, area geografica, alimentazione e caratteristiche della popolazione analizzata;
- farmaci, condizioni di salute e altri fattori individuali;
- raccolta, conservazione, estrazione e filtraggio del campione;
- limiti tecnici, categorie non classificate e arrotondamenti.
Un valore al di fuori dell’intervallo osservato in una coorte non stabilisce da solo che una persona sia malata o debba seguire un trattamento. Anche valori pubblicati per batteri come Faecalibacterium prausnitzii o per i bifidobatteri non devono essere considerati soglie universali.
Che cosa significa quando un batterio è abbondante?
Dire che un batterio è abbondante significa che rappresenta una quota rilevante del campione oppure che è stato rilevato in una quantità elevata secondo il metodo usato. Il significato cambia se si parla di abbondanza relativa o assoluta.
Un batterio può sembrare più abbondante in termini relativi perché altri gruppi sono diminuiti. Inoltre, la presenza di un genere non descrive necessariamente tutte le specie che appartengono a quel genere. È quindi più prudente valutare il profilo complessivo, la qualità dei dati e gli eventuali sintomi separatamente, senza classificare automaticamente un batterio come buono o cattivo.
Come si è svolto il test interno Friends & Family
Il test ha valutato la prima versione del protocollo di consigli personalizzati sugli ingredienti, indicata come V1. Sono state coinvolte 50 persone tra familiari e amici; 40 hanno completato il periodo di osservazione di quattro settimane nel settembre 2022.
- Campioni: erano previsti quattro campioni di feci per partecipante: un campione basale raccolto a giugno per generare i consigli, uno all’inizio del test, uno alla settimana 2 e uno alla settimana 4.
- Piano alimentare: i dietologi di InnerBuddies hanno preparato un menu settimanale fisso per ogni partecipante, basato sui consigli personalizzati derivati dall’analisi del microbioma.
- Aderenza: i partecipanti sono stati suddivisi nei gruppi VERDE, GIALLO e ARANCIONE in base a quanto avevano seguito i consigli.
Alcune persone hanno riferito una percezione di maggiore benessere ed energia. Queste impressioni, però, non dimostrano un effetto causale del piano alimentare o dei consigli personalizzati.
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Risultati osservati nel test V1
Nel gruppo VERDE, che aveva mostrato la maggiore aderenza ai consigli, sono stati osservati i cambiamenti medi più marcati negli indicatori di diversità batterica. Il test era interno, non pubblicato e non progettato come studio clinico controllato. I risultati sono quindi esplorativi e non dimostrano l’efficacia di un intervento nutrizionale.
- Indice di Shannon: variazione media del 5,17%. Considera sia la ricchezza sia la distribuzione dei gruppi batterici.
- Numero di OTU: variazione del 9,22% nel conteggio delle unità tassonomiche operative usate nell’analisi.
- Uniformità di Pielou: variazione media del 3,64%, relativa alla distribuzione più o meno uniforme dei gruppi rilevati.
Nel confronto tra l’inizio e la fine del test sono state osservate anche le seguenti variazioni relative:
| Gruppo o batterio | Variazione relativa osservata |
|---|---|
| Ruminococcaceae | +178,12% |
| Akkermansia | +96,69% |
| Hafnia-Obesumbacterium | +52,61% |
| Lactobacillus | +24,56% |
| Bifidobatteri | +23,54% |
| Roseburia | +19,97% |
| Butyricicoccus | +19,26% |
| Klebsiella | -34,27% |
| Escherichia-Shigella | -16,78% |
Le percentuali riportano medie o variazioni relative del gruppo analizzato. Non significano che ogni partecipante abbia avuto lo stesso cambiamento. Non permettono inoltre di stabilire da sole un effetto sulla salute, perché possono dipendere dalla composizione iniziale, dalla variabilità individuale e dal metodo di analisi.
Come leggere un risultato del test del microbioma
- Identifica la misura: controlla se il risultato è espresso come percentuale, CFU, cellule stimate o copie di DNA.
- Verifica il metodo: sequenziamento, coltura, qPCR e altre tecniche misurano aspetti diversi e non sono sempre confrontabili.
- Leggi la coorte di riferimento: considera dimensione, età, area geografica e criteri con cui è stata selezionata.
- Valuta i limiti: controlla campione, data di raccolta, qualità del dato, categorie non classificate e soglia di rilevazione.
- Osserva il profilo completo: un singolo batterio non descrive da solo la salute intestinale o la qualità della dieta.
- Considera i sintomi separatamente: un test del microbioma non sostituisce una valutazione da parte di un professionista sanitario.
Domande frequenti sull’abbondanza batterica
Qual è una quantità batterica normale?
Non esiste un conteggio normale universale per tutti i batteri intestinali. La risposta dipende dal batterio, dal campione, dal metodo e dalla popolazione di riferimento. Un valore fuori dall’intervallo di una coorte non è, da solo, una diagnosi.
Che cosa significa 10 CFU?
Significa che il test ha stimato 10 unità formanti colonia nelle condizioni di coltura e nella quantità di campione analizzata. Senza sapere quale batterio è stato misurato e quale metodo è stato usato, il numero non può essere classificato come normale o anomalo.
Controllo rapido in 2 minuti Un test del microbioma intestinale è utile per te? Rispondi a poche domande veloci e scopri se un test del microbioma è davvero utile per te. ✔ Richiede solo 2 minuti ✔ Basato sui tuoi sintomi e stile di vita ✔ Raccomandazione chiara sì/no Scopri se il test è adatto a meI batteri si possono vedere a 40×?
In genere, la microscopia a 40× non consente di identificare in modo affidabile la maggior parte dei batteri intestinali. Molti sono troppo piccoli e richiedono maggiore ingrandimento, preparazione del campione, colorazioni o tecniche specialistiche. I test basati sul DNA rilevano materiale genetico e non osservano direttamente i batteri al microscopio.
La somma dell’abbondanza relativa è sempre 100%?
Nei dati composizionali normalizzati, la somma dei gruppi inclusi nell’analisi è generalmente pari al 100%. Filtri, categorie non classificate e arrotondamenti possono modificare il totale visualizzato. Questo 100% rappresenta la distribuzione relativa e non la quantità assoluta di batteri nel campione.
Dall’abbondanza alla funzione
Un possibile sviluppo della versione V2 consiste nello spostare l’attenzione dall’abbondanza di singoli batteri alle funzioni o ai percorsi biologici che possono svolgere. Più gruppi diversi possono contribuire a processi simili, mentre lo stesso genere può comprendere specie con caratteristiche differenti.
Questo approccio può rendere l’interpretazione più contestualizzata, ma richiede validazione. La presenza stimata di una funzione non permette di prevedere automaticamente effetti sulla salute.
Nota importante: questo articolo riporta i risultati di un test interno Friends & Family, non di uno studio clinico pubblicato e sottoposto a revisione paritaria. Le informazioni hanno finalità educative e non costituiscono diagnosi o consulenza medica. Se i sintomi sono persistenti, intensi, in peggioramento o preoccupanti, consulta un professionista sanitario qualificato.