Che cos’è un test di sequenziamento del DNA del microbioma intestinale

Il test analizza il DNA dei microrganismi presenti in un campione fecale; il tipo di sequenziamento determina quali informazioni può fornire. Il referto descrive alcuni aspetti del microbioma, ma da solo non formula diagnosi né dimostra la causa dei sintomi.

In pratica si parte da un campione, di solito fecale, che viene inviato al laboratorio per analizzare il materiale genetico dei microrganismi presenti. Il laboratorio estrae il DNA e lo sequenzia, poi elabora i dati e li raccoglie in un referto.

I referti possono includere l’identificazione tassonomica dei microrganismi rilevati e le loro abbondanze relative. Il contenuto varia però da test a test e da laboratorio a laboratorio: alcuni referti sono più sintetici, altri più dettagliati.

È importante distinguere la semplice rilevazione di sequenze genetiche dalla misurazione dell’attività biologica. Il DNA può indicare un potenziale genetico, ma non prova che una determinata funzione sia effettivamente attiva nell’intestino.

Per questo motivo è meglio non considerare il sequenziamento come una rilevazione completa e infallibile di tutti i microrganismi intestinali: offre un’immagine parziale, utile ma non esaustiva.

Come si svolge il test e quali tecniche vengono utilizzate

Le fasi generali sono simili nella maggior parte dei test. Prima si raccoglie e si invia il campione seguendo le istruzioni del laboratorio; poi il laboratorio estrae e sequenzia il DNA; infine i dati vengono analizzati con strumenti informatici e raccolti nel referto.

• Raccolta del campione secondo le istruzioni del laboratorio
• Analisi e sequenziamento del DNA microbico
• Elaborazione informatica e confronto con riferimenti
• Restituzione dei risultati nel formato previsto dal test

Il sequenziamento 16S rRNA si concentra su una specifica regione genetica ed è utilizzato soprattutto per identificare molti batteri. Il sequenziamento metagenomico, invece, analizza in modo più ampio il materiale genetico presente nel campione, senza garantire la rilevazione di ogni organismo o funzione.

Metodi, copertura, strumenti di analisi e contenuto del referto possono variare tra laboratori, quindi è utile leggere con attenzione le informazioni fornite insieme al test.

Sequenziamento 16S e sequenziamento metagenomico

In termini generali, i due metodi differiscono per l’ampiezza delle informazioni ottenibili. Il 16S è più mirato, mentre l’approccio metagenomico può restituire informazioni più estese sul DNA. Non esiste però un metodo da considerare sempre superiore per ogni esigenza.

L’analisi metagenomica può includere informazioni più ampie, ma l’interpretazione dipende anche dalla qualità del campione, dalla profondità del sequenziamento e dagli strumenti utilizzati.

Entrambi gli approcci vanno distinti dai metodi basati sulla coltura. Il sequenziamento non rileva necessariamente ogni microrganismo presente nel campione.

Che cosa possono mostrare i risultati e che cosa non dimostrano

A seconda del test, il referto può presentare diverse categorie di dati.

• Composizione microbica rilevata
• Abbondanze relative
• Indici di diversità, se inclusi nel referto
• Potenziale funzionale dedotto dai dati genetici, se previsto dal metodo

Le abbondanze relative sono confronti all’interno del campione e non necessariamente misure assolute della quantità di ciascun microrganismo.

Il microbioma è una componente della salute intestinale influenzata da molti fattori. Non è possibile attribuirgli da solo sintomi digestivi o non digestivi.

Le associazioni tra composizione microbica e salute non dimostrano causalità. Il test non diagnostica malattie o intolleranze.

Limiti, variabilità e interpretazione del test

Il microbioma varia da persona a persona e nel tempo. Alimentazione, farmaci e ambiente sono tra i fattori che possono influenzarlo, ma il loro effetto nel singolo caso non è prevedibile con certezza.

Anche aspetti tecnici possono influenzare i risultati: raccolta e conservazione del campione, profondità di sequenziamento, metodi bioinformatici e basi di riferimento utilizzate.

Non sempre esistono riferimenti clinici condivisi per interpretare ogni valore o per definire un microbioma ideale valido per tutti.

Per questi motivi il referto va considerato un’informazione da contestualizzare con la storia clinica e la valutazione di un professionista. Non è una base autonoma per diagnosi o per modificare una terapia.

Come valutare se il test è adatto alle proprie esigenze

Prima di scegliere un test, è utile chiarire quale domanda si vuole affrontare e quali decisioni realistiche potrebbero derivare dal referto.

Vale la pena verificare i metodi utilizzati, i risultati inclusi, i limiti dichiarati e il tipo di supporto interpretativo disponibile.

• Quale metodo di sequenziamento viene utilizzato?
• Quali dati sono inclusi nel referto e quali sono i relativi limiti?
• Come vengono spiegati i risultati e il loro contesto?
• Quale uso concreto e realistico si intende fare delle informazioni?
• È necessaria una valutazione sanitaria per i sintomi presenti?

In presenza di disturbi persistenti, gravi o preoccupanti, la valutazione sanitaria appropriata non dovrebbe essere rimandata o sostituita dal test del microbioma. È opportuno rivolgersi a un professionista sanitario qualificato.

È inoltre utile separare le informazioni su eventuali prodotti o servizi dalle affermazioni cliniche, così da valutare il test per ciò che può realmente offrire.