Souches microbiotiques : définition et rôle dans le microbiote intestinal
Le microbiote intestinal abrite des milliards de bactéries qui participent à la digestion, à la protection contre les micro-organismes indésirables et à la production de métabolites essentiels. Ces bactéries se regroupent en espèces, puis en souches microbiotiques, des variants génétiques qui peuvent avoir des effets différents sur la santé.
Comprendre ce que sont les souches microbiotiques permet de mieux interpréter une analyse du microbiote, de choisir un probiotique adapté et de savoir pourquoi certaines bactéries intestinales sont bénéfiques tandis que d’autres peuvent devenir opportunistes.
Qu’est-ce qu’une souche bactérienne ?
Une souche bactérienne est une population issue d’une même espèce bactérienne, mais génétiquement identifiable. Par exemple, Lactobacillus rhamnosus est une espèce, tandis que Lactobacillus rhamnosus GG est une souche précise. Deux souches d’une même espèce peuvent avoir des propriétés différentes et des effets variables sur l’organisme.
Dans le microbiote intestinal, on parle de souches microbiotiques pour désigner les souches bactériennes naturellement présentes dans l’intestin. Certaines sont très étudiées pour leurs effets bénéfiques, d’autres sont surveillées car elles peuvent devenir opportunistes.
Différence entre souches microbiotiques et probiotiques
Les souches microbiotiques désignent les bactéries qui vivent dans l’intestin. Les probiotiques sont des micro-organismes vivants administrés en quantité suffisante pour apporter un bénéfice pour la santé. Un probiotique est donc une souche sélectionnée, souvent d’origine intestinale, mais toutes les souches microbiotiques ne sont pas des probiotiques.
Les probiotiques les plus documentés appartiennent aux genres Lactobacillus, Bifidobacterium et Saccharomyces. Leur effet dépend de la souche, de la dose et du contexte de prise.
Souches bénéfiques et souches opportunistes
Parmi les souches microbiotiques, certaines soutiennent l’équilibre de l’intestin : elles participent à la fermentation des fibres, produisent des acides gras à chaîne courte comme le butyrate et contribuent à la résistance à la colonisation par des micro-organismes indésirables.
D’autres, dites souches opportunistes, sont normalement présentes en faible quantité dans l’intestin sans causer de problème. Elles peuvent proliférer lorsque l’écosystème est perturbé, par exemple après une prise d’antibiotiques, lors d’une inflammation ou chez une personne immunodéprimée. C’est le cas de certaines souches d’Escherichia coli, d’Enterococcus, de Klebsiella ou de Clostridioides difficile.
Ce guide explique les principales familles de souches microbiotiques, les aliments qui les soutiennent et les bonnes pratiques pour préserver l’équilibre du microbiote intestinal.
